More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4979 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  100 
 
 
262 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  97.33 
 
 
262 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  88.17 
 
 
262 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  72.52 
 
 
262 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  55.43 
 
 
270 aa  296  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  51.63 
 
 
252 aa  241  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 
483 aa  125  6e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  33.5 
 
 
260 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  36.42 
 
 
260 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  27.91 
 
 
259 aa  95.5  7e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  28.34 
 
 
262 aa  95.5  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.95 
 
 
264 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 
258 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.82 
 
 
255 aa  92  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  30.81 
 
 
251 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  27.94 
 
 
252 aa  90.1  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 
457 aa  88.6  9e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 
258 aa  88.6  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
280 aa  87  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  29.03 
 
 
254 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  28.91 
 
 
274 aa  82.8  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 
258 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 
270 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  26.15 
 
 
303 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  26.29 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  30.05 
 
 
288 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  29.38 
 
 
264 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  25.21 
 
 
250 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
265 aa  79  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.49 
 
 
264 aa  79  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  32.93 
 
 
258 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 
236 aa  78.6  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  28.05 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  32.34 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  29.7 
 
 
297 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  26.63 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  26.63 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  26.64 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  24.28 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  24.28 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.22 
 
 
262 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  29.61 
 
 
257 aa  73.2  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  29.09 
 
 
298 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  27.98 
 
 
264 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  24.52 
 
 
270 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  23.46 
 
 
1301 aa  70.1  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  28.8 
 
 
255 aa  70.1  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  27.41 
 
 
261 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  30.43 
 
 
245 aa  69.7  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  23.71 
 
 
245 aa  69.7  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  22.45 
 
 
243 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.87 
 
 
263 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  27.6 
 
 
248 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 
246 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  26.8 
 
 
250 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.63 
 
 
264 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
266 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.71 
 
 
258 aa  67  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
272 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  28 
 
 
256 aa  67  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  23.53 
 
 
269 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
272 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
286 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
272 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 
266 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  31.93 
 
 
312 aa  65.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 
256 aa  65.5  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.81 
 
 
266 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 
262 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  21.22 
 
 
253 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  28.74 
 
 
268 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  24.78 
 
 
268 aa  64.7  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 
245 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  22.84 
 
 
275 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  21.4 
 
 
253 aa  63.5  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
241 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  26.19 
 
 
293 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  23.01 
 
 
258 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 
266 aa  62.4  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  21.99 
 
 
251 aa  62  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  19.59 
 
 
253 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.92 
 
 
265 aa  61.6  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  26.09 
 
 
262 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  24.88 
 
 
265 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  19.51 
 
 
253 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 
258 aa  60.8  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  24.08 
 
 
263 aa  60.8  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  25.1 
 
 
250 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.59 
 
 
283 aa  61.2  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  25.31 
 
 
255 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  24.53 
 
 
273 aa  60.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  27.85 
 
 
267 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  23.01 
 
 
502 aa  60.1  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.46 
 
 
265 aa  60.1  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0820  extracellular solute-binding protein  21.46 
 
 
252 aa  59.7  0.00000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 
274 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.43 
 
 
253 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>