More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4753 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4753  N-methylproline demethylase, putative  100 
 
 
678 aa  1402    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0821533  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4887  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  76.11 
 
 
702 aa  1112    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3416  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  73.3 
 
 
678 aa  1058    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.623509  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2849  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  49.63 
 
 
677 aa  683    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3681  putative NADH-dependent oxidase  70.76 
 
 
688 aa  886    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0197334  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1528  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  70.93 
 
 
681 aa  1009    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.124714 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4913  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  75.81 
 
 
678 aa  1109    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0309437  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3137  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  70.04 
 
 
681 aa  1000    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.226158  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4825  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  75.37 
 
 
678 aa  1104    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3207  hypothetical protein  73.75 
 
 
678 aa  1069    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.519422 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1197  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  76.4 
 
 
678 aa  1109    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.415933  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4001  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  46.68 
 
 
680 aa  619  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.504416  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3746  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  46.82 
 
 
680 aa  617  1e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0759587 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4041  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  46.38 
 
 
680 aa  617  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.117135  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2478  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  46.53 
 
 
680 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.155193  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3398  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  46.53 
 
 
680 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242456  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8007  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.71 
 
 
686 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632121  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4053  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.9 
 
 
686 aa  580  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.697936  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1000  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  45.94 
 
 
678 aa  568  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0319472  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5525  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.61 
 
 
686 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0215393  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0495  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.71 
 
 
686 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1582  NADH-flavin oxidoreductase / NADH oxidase family protein  43.81 
 
 
687 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0276819  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5066  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  43.96 
 
 
687 aa  561  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.671736  normal  0.0284931 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0743  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  43.38 
 
 
687 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.309731  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4017  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  43.55 
 
 
686 aa  556  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.662358  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0474  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  43.38 
 
 
687 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.368918  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2110  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  43.38 
 
 
687 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.889569  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0707  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  43.38 
 
 
687 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1865  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  43.81 
 
 
687 aa  558  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.715282  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0831  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  43.38 
 
 
687 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1003  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  43.38 
 
 
687 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1976  oxidoreductase, FAD/FMN-binding  43.38 
 
 
687 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3300  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  43.38 
 
 
687 aa  554  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789807  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0058  stachydrine utilization oxidoreductase protein  43.96 
 
 
687 aa  550  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5223  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  41.84 
 
 
686 aa  550  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.493589  normal  0.033231 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4782  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.57 
 
 
686 aa  547  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.204736 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4819  NADH:-lavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.36 
 
 
687 aa  547  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0396  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase family protein  42.42 
 
 
686 aa  544  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71260  putative FMN oxidoreductase  42.27 
 
 
686 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6185  putative FMN oxidoreductase  42.27 
 
 
686 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.114781  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0310  oxidoreductase, FMN-binding  42.13 
 
 
686 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.019532  hitchhiker  0.00413942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0333  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.13 
 
 
686 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4897  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  41.98 
 
 
686 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.616438  normal  0.772066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0331  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.13 
 
 
686 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0907336  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4951  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  44.89 
 
 
684 aa  535  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0574  NADH-flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.94 
 
 
687 aa  526  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3549  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.94 
 
 
687 aa  528  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5203  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.65 
 
 
687 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5019  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.94 
 
 
687 aa  525  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467216  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0990  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.36 
 
 
694 aa  523  1e-147  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3286  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.65 
 
 
687 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4494  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.94 
 
 
687 aa  525  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231835  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5082  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.65 
 
 
687 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.582774  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2724  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.19 
 
 
688 aa  512  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.388153  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5465  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  42.96 
 
 
690 aa  501  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.663425  normal  0.914634 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4278  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.59 
 
 
661 aa  306  1.0000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5721  putative oxidoreductase  32.4 
 
 
648 aa  292  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65940  putative oxidoreductase  30.96 
 
 
648 aa  289  9e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3631  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.44 
 
 
650 aa  289  1e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.453694  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2869  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  31.42 
 
 
650 aa  278  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3558  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.91 
 
 
653 aa  277  4e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.102726  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2820  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  31.27 
 
 
650 aa  276  9e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2254  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  34.19 
 
 
664 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.274029  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1844  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  34.99 
 
 
671 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.71592  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3861  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  33.04 
 
 
651 aa  274  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5997  putative NADH-dependent flavin oxidoreductase  33.57 
 
 
667 aa  270  7e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00579337 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3858  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.72 
 
 
646 aa  266  5.999999999999999e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0569722  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1044  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.44 
 
 
665 aa  266  7e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0849595 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2912  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.68 
 
 
650 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0968  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.73 
 
 
644 aa  261  3e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.132179  normal  0.162387 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1488  NADH:flavin oxidoreductase  31.34 
 
 
656 aa  256  9e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0127844  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4279  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  32.06 
 
 
647 aa  246  9e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1303  NADH:flavin oxidoreductase  29.45 
 
 
671 aa  244  5e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.292118  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1983  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  28.45 
 
 
667 aa  243  6e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1019  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.77 
 
 
667 aa  240  5.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0385776 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3973  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.34 
 
 
671 aa  238  3e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3616  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  33.13 
 
 
711 aa  229  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.667421  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0146  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  26.62 
 
 
654 aa  225  3e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4819  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  28.49 
 
 
661 aa  224  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2421  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  31.67 
 
 
668 aa  224  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2146  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  27.79 
 
 
706 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.566036  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3855  2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)  30.23 
 
 
672 aa  219  1e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.720902  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4536  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  31.65 
 
 
682 aa  219  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.519189  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3717  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  30.42 
 
 
674 aa  218  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1479  NADH:flavin oxidoreductase  26.76 
 
 
650 aa  219  2e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3142  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.61 
 
 
645 aa  217  5.9999999999999996e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1595  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.92 
 
 
667 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1323  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  28.41 
 
 
674 aa  211  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.680365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4685  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  27.49 
 
 
587 aa  209  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2110  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  28.37 
 
 
725 aa  209  1e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.824421  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0181  2,4-dienoyl-CoA reductase  28.65 
 
 
711 aa  208  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.126042 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1743  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  27.94 
 
 
937 aa  206  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0863  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  27.94 
 
 
674 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1344  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  27.94 
 
 
674 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460987  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2056  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  27.81 
 
 
668 aa  205  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00143237  normal  0.0776584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2144  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  28.73 
 
 
671 aa  205  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000426277  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2497  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  28.55 
 
 
967 aa  204  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.126013  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1337  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  28.41 
 
 
673 aa  204  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0711436  hitchhiker  0.000184584 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2991  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  25.83 
 
 
645 aa  204  3e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0194  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  29.03 
 
 
711 aa  204  4e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>