More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4740 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  83.63 
 
 		 790 aa  1390    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  61.28 
 
 		 800 aa  1003    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  100 
 
 		 787 aa  1636    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  79.44 
 
 		 793 aa  1303    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  58.79 
 
 		 824 aa  961    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  59.01 
 
 		 784 aa  938    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  59.31 
 
 		 811 aa  1014    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  61.44 
 
 		 810 aa  1031    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  61.45 
 
 		 776 aa  1016    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  66.88 
 
 		 796 aa  1127    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  58.12 
 
 		 783 aa  947    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  57.91 
 
 		 815 aa  974    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  65.75 
 
 		 793 aa  1100    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  57.91 
 
 		 815 aa  971    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  57.11 
 
 		 765 aa  941    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  58.18 
 
 		 829 aa  998    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  72.68 
 
 		 780 aa  1176    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  56.81 
 
 		 813 aa  940    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  87.85 
 
 		 788 aa  1453    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  59.01 
 
 		 784 aa  938    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  59.83 
 
 		 821 aa  1019    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  56.63 
 
 		 770 aa  896    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  49.49 
 
 		 761 aa  776    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  58.8 
 
 		 827 aa  971    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  59.54 
 
 		 825 aa  1008    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  65.74 
 
 		 791 aa  1103    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  59.44 
 
 		 824 aa  1011    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  60 
 
 		 780 aa  988    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  59.81 
 
 		 817 aa  989    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  45.79 
 
 		 769 aa  701    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  58.33 
 
 		 809 aa  986    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  42.52 
 
 		 791 aa  611  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  41.72 
 
 		 790 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  41.61 
 
 		 796 aa  601  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  35.56 
 
 		 771 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  34.53 
 
 		 760 aa  412  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  34.12 
 
 		 760 aa  403  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  34.88 
 
 		 804 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  34.15 
 
 		 776 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  32.93 
 
 		 802 aa  383  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  33.62 
 
 		 770 aa  382  1e-104  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  29.31 
 
 		 899 aa  377  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  33.58 
 
 		 783 aa  371  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  32.13 
 
 		 797 aa  359  9e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  33.37 
 
 		 811 aa  358  1.9999999999999998e-97  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  32.02 
 
 		 860 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  35.54 
 
 		 875 aa  329  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  33.92 
 
 		 899 aa  321  3e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  34.49 
 
 		 583 aa  311  4e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  30.82 
 
 		 787 aa  265  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  29.31 
 
 		 753 aa  191  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  29.88 
 
 		 1115 aa  174  5.999999999999999e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.29 
 
 		 1188 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  27.77 
 
 		 912 aa  167  5e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  28.4 
 
 		 1108 aa  167  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.81 
 
 		 1169 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  27.73 
 
 		 1170 aa  164  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.32 
 
 		 1174 aa  163  9e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  28.5 
 
 		 1113 aa  163  1e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  29.51 
 
 		 1130 aa  162  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  28.04 
 
 		 1129 aa  160  6e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  29.39 
 
 		 1005 aa  160  9e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  28.67 
 
 		 889 aa  159  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.95 
 
 		 1169 aa  158  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.59 
 
 		 1137 aa  158  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.63 
 
 		 1167 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  27.73 
 
 		 1125 aa  157  8e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.05 
 
 		 1082 aa  157  8e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  27.91 
 
 		 1115 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.16 
 
 		 1068 aa  154  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.8 
 
 		 1080 aa  154  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  27.39 
 
 		 1119 aa  154  8e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.33 
 
 		 1068 aa  153  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  27.09 
 
 		 933 aa  152  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  26.37 
 
 		 1137 aa  152  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.54 
 
 		 1157 aa  151  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  27.94 
 
 		 932 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  27.31 
 
 		 1138 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  28.12 
 
 		 932 aa  148  4.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  26.34 
 
 		 945 aa  147  5e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  28.21 
 
 		 907 aa  147  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  27.7 
 
 		 1138 aa  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  27.26 
 
 		 931 aa  144  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  27.75 
 
 		 1137 aa  143  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  28.62 
 
 		 1141 aa  142  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  27.15 
 
 		 934 aa  141  3.9999999999999997e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  27.27 
 
 		 936 aa  142  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  26.21 
 
 		 936 aa  139  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.9 
 
 		 1124 aa  139  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2088  EcoEI R domain protein  33.79 
 
 		 546 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  28.9 
 
 		 1131 aa  137  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  27.59 
 
 		 1133 aa  137  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  26.7 
 
 		 1233 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.3 
 
 		 1126 aa  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  26.92 
 
 		 917 aa  134  6e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  27.39 
 
 		 1137 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  26.43 
 
 		 1137 aa  132  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  25.44 
 
 		 1137 aa  132  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  26.84 
 
 		 925 aa  131  5.0000000000000004e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  26.37 
 
 		 921 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>