More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4689 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  100 
 
 		 294 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  99.32 
 
 		 294 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  93.54 
 
 		 294 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  83.67 
 
 		 294 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  67.48 
 
 		 290 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  63.1 
 
 		 299 aa  347  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  60.88 
 
 		 297 aa  341  7e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5424  hypothetical protein  62.77 
 
 		 297 aa  318  7e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.233376  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  43.35 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  38.38 
 
 		 289 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  42.01 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05241  ABC-type hemin transport system periplasmic component  38.52 
 
 		 289 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  41.83 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  36.33 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  41.26 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  41.26 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3239  periplasmic binding protein  37.28 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.720856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0219  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  42.05 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  40.93 
 
 		 302 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  35.54 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0324  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB  36.04 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295814  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  38.26 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  34.95 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  38.17 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  33.56 
 
 		 331 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  36.02 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  36.88 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  34.08 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  33.57 
 
 		 343 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0962  periplasmic binding protein  31.9 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  33.92 
 
 		 343 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  38.36 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  39.69 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  38.36 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  36.86 
 
 		 283 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  38.01 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  38.01 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  38.01 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  38.01 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  39.55 
 
 		 360 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  36.43 
 
 		 357 aa  139  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3620  periplasmic binding protein  34.98 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  35.36 
 
 		 294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2339  periplasmic binding protein  35.52 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  36.68 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  36.13 
 
 		 312 aa  135  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  36.64 
 
 		 362 aa  135  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0786  periplasmic binding protein  36 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.683071  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  33.22 
 
 		 278 aa  132  6e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  34.42 
 
 		 276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  33.6 
 
 		 276 aa  128  9.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  33.58 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  33.05 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0853  periplasmic binding protein  33.59 
 
 		 280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0182  periplasmic binding protein  38.78 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0861033 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1442  periplasmic binding protein  32.59 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181866  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  31.45 
 
 		 276 aa  125  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  33.86 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  32.95 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  30.38 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  31.7 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2460  periplasmic binding protein  34.24 
 
 		 272 aa  123  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  34.08 
 
 		 279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  34.08 
 
 		 279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  34.08 
 
 		 279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  36.82 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1605  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000278278 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  34.66 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  28.15 
 
 		 303 aa  115  6e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  35.48 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4588  periplasmic binding protein  34.12 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  31.88 
 
 		 282 aa  113  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  31.94 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  32.93 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  29.81 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  30.47 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  30.48 
 
 		 329 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  33.07 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  35.63 
 
 		 270 aa  99.4  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25.67 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4192  periplasmic binding protein  33.71 
 
 		 320 aa  94.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0568253  normal  0.138797 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01536  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  28.91 
 
 		 318 aa  94  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  27.66 
 
 		 268 aa  93.6  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2324  periplasmic binding protein  30.09 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0524222  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 309 aa  92.4  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  33.74 
 
 		 271 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  31.06 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  28.52 
 
 		 338 aa  89.7  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  29.46 
 
 		 380 aa  89.7  5e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  29.06 
 
 		 351 aa  89  9e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  33.92 
 
 		 276 aa  88.6  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  28.52 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.52 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.47 
 
 		 483 aa  85.1  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  28.78 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  26.22 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>