More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4627 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  98.63 
 
 		 293 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  95.17 
 
 		 293 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 295 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  70.69 
 
 		 300 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  70.34 
 
 		 297 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 297 aa  271  8.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  45.89 
 
 		 294 aa  255  8e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 320 aa  254  9e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  45.89 
 
 		 294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  47.12 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.86 
 
 		 298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0340  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 296 aa  228  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0324  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 319 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  43.99 
 
 		 311 aa  215  7e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 296 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 296 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 296 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 308 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 308 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  37.72 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  37.72 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  37.72 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  37.72 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  37.72 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0921  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 296 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.422562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0884  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 296 aa  195  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000164987  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0901  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228882 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3051  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000517942  normal  0.0334887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3026  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2928  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0645759  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1336  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.916876  normal  0.272272 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1401  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  28.52 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 295 aa  175  8e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 293 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 295 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 295 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0291  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  33.56 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1324  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>