More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4519 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 		 452 aa  921    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  73.29 
 
 		 452 aa  688    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  97.79 
 
 		 452 aa  881    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  99.78 
 
 		 452 aa  920    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  88.4 
 
 		 457 aa  830    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  64.6 
 
 		 451 aa  609  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  52.91 
 
 		 450 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  50.11 
 
 		 445 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.95 
 
 		 450 aa  415  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.27 
 
 		 450 aa  411  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  36.56 
 
 		 574 aa  283  6.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  36.67 
 
 		 574 aa  280  4e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.48 
 
 		 457 aa  270  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.48 
 
 		 456 aa  269  7e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  36.18 
 
 		 469 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.12 
 
 		 471 aa  267  4e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  35 
 
 		 469 aa  266  4e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.34 
 
 		 471 aa  262  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  36.12 
 
 		 471 aa  261  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.74 
 
 		 475 aa  261  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.59 
 
 		 472 aa  260  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.87 
 
 		 471 aa  260  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.87 
 
 		 471 aa  260  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.61 
 
 		 470 aa  259  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.35 
 
 		 470 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.12 
 
 		 468 aa  258  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.16 
 
 		 442 aa  257  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.28 
 
 		 472 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  35.48 
 
 		 445 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.06 
 
 		 473 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.06 
 
 		 473 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  34.82 
 
 		 436 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.06 
 
 		 472 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  34.44 
 
 		 436 aa  250  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.83 
 
 		 441 aa  249  8e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  32.94 
 
 		 437 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  33.1 
 
 		 440 aa  243  7e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.04 
 
 		 501 aa  239  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.19 
 
 		 484 aa  236  7e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  37.38 
 
 		 430 aa  236  8e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  33.49 
 
 		 423 aa  228  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  33.1 
 
 		 425 aa  228  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.63 
 
 		 609 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.34 
 
 		 607 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.58 
 
 		 466 aa  219  5e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.95 
 
 		 636 aa  219  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.98 
 
 		 658 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.84 
 
 		 491 aa  211  2e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.59 
 
 		 471 aa  207  4e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  34.01 
 
 		 492 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.86 
 
 		 431 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.4 
 
 		 451 aa  199  7e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.49 
 
 		 633 aa  199  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.54 
 
 		 472 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.16 
 
 		 484 aa  193  5e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.49 
 
 		 472 aa  189  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.88 
 
 		 450 aa  189  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.25 
 
 		 444 aa  184  4.0000000000000006e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.9 
 
 		 450 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.7 
 
 		 440 aa  173  6.999999999999999e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.95 
 
 		 476 aa  169  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.05 
 
 		 475 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.93 
 
 		 456 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.22 
 
 		 519 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.98 
 
 		 443 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.87 
 
 		 524 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  25.42 
 
 		 559 aa  146  9e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.75 
 
 		 566 aa  143  5e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.41 
 
 		 467 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.94 
 
 		 464 aa  129  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.63 
 
 		 456 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.77 
 
 		 455 aa  113  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.41 
 
 		 522 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  24.88 
 
 		 472 aa  106  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.12 
 
 		 460 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  24.52 
 
 		 456 aa  104  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.36 
 
 		 442 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.42 
 
 		 472 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.39 
 
 		 487 aa  103  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  24.44 
 
 		 438 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.24 
 
 		 452 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  25 
 
 		 442 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.97 
 
 		 472 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  24.29 
 
 		 452 aa  102  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.52 
 
 		 428 aa  102  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.27 
 
 		 494 aa  100  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.48 
 
 		 463 aa  100  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.25 
 
 		 518 aa  100  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.8 
 
 		 472 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.48 
 
 		 466 aa  99.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.13 
 
 		 463 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  23.26 
 
 		 461 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2299  outer membrane efflux protein  25.06 
 
 		 514 aa  98.2  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  27.9 
 
 		 466 aa  98.2  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.58 
 
 		 538 aa  98.2  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.99 
 
 		 483 aa  97.4  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.65 
 
 		 562 aa  96.7  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  23.8 
 
 		 425 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.49 
 
 		 489 aa  96.3  9e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.88 
 
 		 497 aa  95.5  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>