231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4506 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4506  nitroreductase  100 
 
 		 185 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1405  nitroreductase  99.46 
 
 		 185 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000113316  normal  0.729658 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4012  nitroreductase  97.84 
 
 		 185 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147997  hitchhiker  0.000154736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3795  nitroreductase  93.51 
 
 		 185 aa  355  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000177685 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1828  nitroreductase  74.05 
 
 		 186 aa  272  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1480  nitroreductase  66.85 
 
 		 188 aa  259  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0228393  normal  0.126132 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3592  nitroreductase  65.22 
 
 		 186 aa  254  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0449801  normal  0.683239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1802  nitroreductase family protein  62.5 
 
 		 186 aa  249  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.649607  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1919  hypothetical protein  63.59 
 
 		 186 aa  234  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22710  hypothetical protein  62.5 
 
 		 186 aa  229  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0282238 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15580  Nitroreductase  63.04 
 
 		 186 aa  211  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.978849  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1354  nitroreductase  50.81 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000836569  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1665  nitroreductase  51.83 
 
 		 182 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2304  nitroreductase  51.22 
 
 		 182 aa  176  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0131618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1833  nitroreductase  48.6 
 
 		 182 aa  175  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0967243  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1891  nitroreductase  50.3 
 
 		 182 aa  175  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2494  nitroreductase  50.61 
 
 		 182 aa  175  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.838709  hitchhiker  0.00693244 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2374  nitroreductase  50.61 
 
 		 182 aa  174  6e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.611093  normal  0.915737 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1808  nitroreductase  51.22 
 
 		 182 aa  174  6e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2478  nitroreductase  51.22 
 
 		 182 aa  174  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.981358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2747  nitroreductase  48.33 
 
 		 182 aa  174  9e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1800  nitroreductase  51.22 
 
 		 182 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.493936  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1847  nitroreductase  50.61 
 
 		 182 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2708  nitroreductase family protein  49.39 
 
 		 182 aa  170  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1617  nitroreductase  45.36 
 
 		 183 aa  170  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1532  nitroreductase  50.29 
 
 		 182 aa  170  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1740  nitroreductase  48.17 
 
 		 182 aa  168  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1457  nitroreductase family protein  47.67 
 
 		 182 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01646  putative nitroreductase  44.26 
 
 		 183 aa  162  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00644737  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002916  protein ydjA  41.67 
 
 		 182 aa  158  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2721  hypothetical protein  44.51 
 
 		 183 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.6916  hitchhiker  0.00284611 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2315  nitroreductase  47.4 
 
 		 182 aa  156  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1682  hypothetical protein  44.26 
 
 		 183 aa  156  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.5074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1967  hypothetical protein  44.51 
 
 		 183 aa  155  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1426  hypothetical protein  41.52 
 
 		 183 aa  154  7e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00297236  normal  0.808801 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01734  predicted oxidoreductase  41.52 
 
 		 183 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00353733  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1877  nitroreductase  41.52 
 
 		 183 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000380394  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1867  hypothetical protein  41.52 
 
 		 183 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0147803  decreased coverage  0.00000404862 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1849  hypothetical protein  41.52 
 
 		 183 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000672951  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2485  hypothetical protein  41.52 
 
 		 183 aa  154  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175131  normal  0.297695 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1988  hypothetical protein  41.52 
 
 		 183 aa  154  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00470911  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2020  hypothetical protein  41.52 
 
 		 183 aa  153  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000242439  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01722  hypothetical protein  41.52 
 
 		 183 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00796019  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2590  nitroreductase family protein  39.59 
 
 		 198 aa  152  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.236049  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2090  hypothetical protein  45.73 
 
 		 183 aa  152  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.363519  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1971  hypothetical protein  43.65 
 
 		 183 aa  151  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2345  hypothetical protein  45.12 
 
 		 183 aa  151  5.9999999999999996e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000126395  hitchhiker  0.00560319 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1981  hypothetical protein  45.12 
 
 		 183 aa  151  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000959579  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2209  hypothetical protein  44.81 
 
 		 183 aa  149  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.601257  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1101  nitroreductase  43.5 
 
 		 193 aa  147  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2267  hypothetical protein  42.54 
 
 		 183 aa  147  9e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2050  hypothetical protein  42.42 
 
 		 183 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.658191  normal  0.425687 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1390  hypothetical protein  42.42 
 
 		 183 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.184229  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1423  hypothetical protein  42.42 
 
 		 183 aa  144  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.566409 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1407  hypothetical protein  42.42 
 
 		 183 aa  144  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0175478  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1879  hypothetical protein  40.85 
 
 		 183 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000572902  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0566  hypothetical protein  40 
 
 		 182 aa  143  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.121072  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7221  nitroreductase  47.67 
 
 		 221 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0968  hypothetical protein  47.06 
 
 		 191 aa  142  4e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4233  nitroreductase  44.75 
 
 		 209 aa  141  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.064349  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03042  hypothetical protein  42.22 
 
 		 182 aa  140  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0850  nitroreductase  46.47 
 
 		 191 aa  140  8e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.811499  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1763  nitroreductase  41.05 
 
 		 190 aa  132  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2199  nitroreductase  39.43 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1923  nitroreductase family protein  44.51 
 
 		 207 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1783  nitroreductase family protein  41.99 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2050  nitroreductase family protein  41.99 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0775  nitroreductase family protein  41.99 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1068  nitroreductase family protein  41.99 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0671  nitroreductase family protein  41.99 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2043  nitroreductase family protein  41.99 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.144976  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2674  nitroreductase  37.3 
 
 		 194 aa  125  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2036  nitroreductase  38.25 
 
 		 187 aa  125  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378927  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0762  nitroreductase family protein  41.44 
 
 		 207 aa  124  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0266  nitroreductase  42.86 
 
 		 187 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0909  nitroreductase family protein  40.85 
 
 		 184 aa  122  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.968398  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1668  nitroreductase  37.16 
 
 		 187 aa  122  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145589  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02400  nitroreductase  41.1 
 
 		 191 aa  121  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.305369  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1095  nitroreductase  35.23 
 
 		 219 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.42931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0698  nitroreductase  44.24 
 
 		 193 aa  120  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129667 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2163  nitroreductase  40.94 
 
 		 169 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0519328 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3262  nitroreductase  39.89 
 
 		 191 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.0279896 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1495  hypothetical protein  42.37 
 
 		 187 aa  118  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0669321 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0930  nitroreductase  37.72 
 
 		 235 aa  117  7e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00302341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04578  nitroreductase family  43.11 
 
 		 191 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1618  nitroreductase  43.64 
 
 		 195 aa  117  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5206  hypothetical protein  37.43 
 
 		 187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6294  nitroreductase  39.34 
 
 		 187 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167962  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1061  nitroreductase  39.88 
 
 		 208 aa  114  6.9999999999999995e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.425769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3888  nitroreductase  39.05 
 
 		 169 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3637  nitroreductase  39.46 
 
 		 192 aa  112  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1287  aldehyde dehydrogenase  34.09 
 
 		 219 aa  110  9e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7274  nitroreductase  36.81 
 
 		 206 aa  109  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573924  normal  0.0842376 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2220  nitroreductase family protein  34.22 
 
 		 194 aa  108  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605376  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0173  nitroreductase  37.65 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000256246 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3123  nitroreductase  41.57 
 
 		 187 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0450  nitroreductase  36.59 
 
 		 187 aa  103  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.58966 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2042  nitroreductase  32.07 
 
 		 194 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1818  nitroreductase  36.36 
 
 		 208 aa  103  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3921  nitroreductase  37.16 
 
 		 300 aa  103  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159011  normal  0.0804264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>