43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4100 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 129 aa  257  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  97.67 
 
 		 129 aa  250  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  87.6 
 
 		 129 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  71.32 
 
 		 129 aa  181  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  58.72 
 
 		 120 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2898  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  55.96 
 
 		 120 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.294834 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  56.92 
 
 		 149 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 130 aa  78.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3181  transcriptional regulator, putative  55.38 
 
 		 149 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.387057  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 123 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 123 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  42 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 179 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  39 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 106 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 116 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  43.37 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  45.31 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  39.18 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4463  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 117 aa  53.5  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2905  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 134 aa  52.8  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0131008  normal  0.248064 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 185 aa  48.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 175 aa  47  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 152 aa  45.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  39.68 
 
 		 118 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  29.81 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  36.92 
 
 		 240 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  36.92 
 
 		 240 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1700  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 156 aa  41.2  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 120 aa  40.4  0.008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  32.98 
 
 		 145 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>