46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4079 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4079  hypothetical protein  100 
 
 
265 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185425  hitchhiker  0.000116946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3230  hypothetical protein  74.72 
 
 
265 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2618  hypothetical protein  76.02 
 
 
265 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890059  normal  0.147502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2121  hypothetical protein  76.42 
 
 
265 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.492075  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0025  putative lipoprotein  33.33 
 
 
158 aa  83.6  3e-15  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.567085  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0051  hypothetical protein  35.19 
 
 
190 aa  83.2  4e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1202  hypothetical protein  28.35 
 
 
163 aa  74.7  1e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2523  hypothetical protein  34.55 
 
 
176 aa  73.2  4e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365008  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3727  hypothetical protein  35.78 
 
 
177 aa  71.6  1e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.161314  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3249  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  32.43 
 
 
173 aa  70.1  3e-11  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1076  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  31.53 
 
 
174 aa  69.3  5e-11  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.556943  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2801  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  29.36 
 
 
178 aa  65.5  9e-10  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0151  putative lipoprotein  30.23 
 
 
154 aa  53.5  4e-06  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0107069  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0240  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  27.2 
 
 
174 aa  53.5  4e-06  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1105  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  27.2 
 
 
177 aa  52.8  5e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00960  putative lipoprotein  29.07 
 
 
154 aa  53.1  5e-06  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0194597  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0232  type VI secretion lipoprotein  27.2 
 
 
174 aa  52.4  7e-06  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0306  type VI secretion lipoprotein  29.07 
 
 
163 aa  52.4  8e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.157499  normal  0.0453584 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0318  type VI secretion lipoprotein, family  29.07 
 
 
163 aa  52.4  8e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0341521  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0234  type VI secretion lipoprotein  27.2 
 
 
174 aa  52.4  8e-06  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1224  type VI secretion lipoprotein family protein  27.2 
 
 
177 aa  52.4  8e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.804985 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0312  type VI secretion lipoprotein, family  29.07 
 
 
163 aa  52  9e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.544183 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0301  SciN protein  29.07 
 
 
163 aa  52  9e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.589759 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0983  hypothetical protein  29.07 
 
 
167 aa  50.4  3e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2995  hypothetical protein  28.87 
 
 
193 aa  50.1  4e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  4.78166e-07 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2487  hypothetical protein  28.87 
 
 
193 aa  50.1  4e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2997  putative lipoprotein  27.43 
 
 
176 aa  49.7  5e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2585  hypothetical protein  31.76 
 
 
193 aa  49.3  6e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.788173  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1676  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  26.44 
 
 
172 aa  49.3  6e-05  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.973088  hitchhiker  0.0062275 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6676  putative lipoprotein  28.57 
 
 
179 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.915611  normal  0.974139 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1802  hypothetical protein  28.42 
 
 
181 aa  48.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.56234  normal  0.0484163 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1116  putative type VI secretion protein VasD  28.26 
 
 
162 aa  48.1  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0319  putative lipoprotein  33.09 
 
 
181 aa  46.2  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0802  hypothetical protein  33.8 
 
 
193 aa  46.2  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0392  putative lipoprotein  33.09 
 
 
181 aa  46.2  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3910  hypothetical protein  26.74 
 
 
167 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374434  normal  0.782471 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2467  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  23.26 
 
 
164 aa  44.3  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2808  hypothetical protein  28.92 
 
 
154 aa  44.3  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.58047e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3477  hypothetical protein  29.07 
 
 
168 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2376  hypothetical protein  25.93 
 
 
156 aa  44.3  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2319  hypothetical protein  21.98 
 
 
155 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00471412  hitchhiker  0.00131937 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000013  type VI secretion lipoprotein/VasD  20.95 
 
 
151 aa  43.1  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3025  putative lipoprotein  27.18 
 
 
180 aa  43.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6111  hypothetical protein  25.58 
 
 
168 aa  42.7  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.24398 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3843  putative lipoprotein  29.11 
 
 
199 aa  42.7  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00099713  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4054  hypothetical protein  25 
 
 
197 aa  42.4  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.78046e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>