48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4072 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2626  hypothetical protein  76.84 
 
 		 487 aa  747    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0739443  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4072  hypothetical protein  100 
 
 		 488 aa  991    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00713132  unclonable  0.00000101691 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3222  type VI secretion-associated protein  78.48 
 
 		 487 aa  749    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2129  ImpA domain-containing protein  77.25 
 
 		 487 aa  751    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3721  ImpA domain-containing protein  30.33 
 
 		 482 aa  198  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0056  ImpA domain-containing protein  32.77 
 
 		 480 aa  192  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1208  ImpA domain-containing protein  25.37 
 
 		 469 aa  178  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0018  hypothetical protein  24.79 
 
 		 469 aa  173  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2517  type VI secretion-associated protein  27.99 
 
 		 467 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3243  type VI secretion-associated protein, VC_A0119 family  27.35 
 
 		 474 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1082  type VI secretion-associated protein, VC_A0119 family  27.1 
 
 		 475 aa  156  8e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.424761  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1219  ImpA domain-containing protein  28.24 
 
 		 470 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.192362 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0398  type VI secretion-associated protein  27.59 
 
 		 462 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0325  ImpA domain-containing protein  27.59 
 
 		 462 aa  153  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0229  ImpA domain-containing protein  28.54 
 
 		 470 aa  150  6e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.865531  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0227  ImpA domain-containing protein  28.33 
 
 		 470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2795  type VI secretion-associated protein, VC_A0119 family  25.68 
 
 		 479 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1100  type VI secretion-associated protein, family  27.39 
 
 		 470 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0235  ImpA domain protein  28 
 
 		 470 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05864  hypothetical protein  23.4 
 
 		 533 aa  99.4  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3167  hypothetical protein  27.78 
 
 		 789 aa  89.7  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0089  ImpA domain-containing protein  24.6 
 
 		 520 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000442  uncharacterized protein ImpA  25.52 
 
 		 522 aa  80.9  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.859338  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5596  ImpA-like  24.06 
 
 		 520 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3616  hypothetical protein  25.46 
 
 		 518 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.432292  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5272  ImpA, N-terminal  24.03 
 
 		 524 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43050  hypothetical protein  26.76 
 
 		 518 aa  68.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33519  normal  0.19244 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0275  ImpA-like  28.46 
 
 		 790 aa  66.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0634  ImpA-like protein  24.61 
 
 		 523 aa  65.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.217357 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3246  type VI secretion-associated protein  23 
 
 		 528 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.644399  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5434  hypothetical protein  22.12 
 
 		 518 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1799  ImpA domain-containing protein  23.76 
 
 		 530 aa  58.5  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.288057 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1125  putative type VI secretion protein VasJ  29.51 
 
 		 513 aa  56.6  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0873  ImpA-like N-terminal family protein  30.99 
 
 		 598 aa  52.4  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2990  ImpA domain-containing protein  22.85 
 
 		 533 aa  51.6  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000813522 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0530  ImpA-like N-terminal family protein  31.69 
 
 		 627 aa  51.6  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.961016  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2590  type VI secretion-associated protein  22.17 
 
 		 533 aa  51.2  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2120  ImpA-related N-terminal family protein  31.69 
 
 		 635 aa  50.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.570001  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2022  ImpA-related N-terminal family protein  31.69 
 
 		 623 aa  50.8  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.975565  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2492  ImpA domain-containing protein  22.85 
 
 		 533 aa  50.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0796  ImpA domain-containing protein  22.27 
 
 		 534 aa  49.7  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1180  putative nucleobase:cation symporter  20.11 
 
 		 426 aa  48.9  0.0002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3656  type VI secretion-associated protein  24.32 
 
 		 527 aa  47.4  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.983598  normal  0.3606 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0601  hypothetical protein  30.99 
 
 		 630 aa  47  0.0007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1668  ImpA-related N-terminal family protein  30.99 
 
 		 653 aa  47  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.894506  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0747  hypothetical protein  30.99 
 
 		 642 aa  47  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.449212  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0712  hypothetical protein  30.99 
 
 		 638 aa  47  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2497  ImpA family type VI secretion-associated protein  31.19 
 
 		 364 aa  44.3  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>