193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4056 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1787  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 
264 aa  540  1e-152  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.717183  normal  0.757673 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4056  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 
264 aa  540  1e-152  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3655  endonuclease/exonuclease/phosphatase  96.59 
 
 
264 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0227458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2538  endonuclease/exonuclease/phosphatase  80.56 
 
 
260 aa  404  1e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24830  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  66.79 
 
 
276 aa  347  1e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.669671  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3504  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  69.75 
 
 
237 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2645  endonuclease/exonuclease/phosphatase  69.05 
 
 
261 aa  338  4e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150024  normal  0.299573 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2495  endonuclease/exonuclease/phosphatase  66.27 
 
 
257 aa  334  9e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3265  endonuclease/exonuclease/phosphatase  66.27 
 
 
257 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.585826  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3278  endonuclease/exonuclease/phosphatase  65.43 
 
 
261 aa  329  3e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5036  aminoacyl-tRNA hydrolase  64.52 
 
 
265 aa  328  4e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0185176 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2631  endonuclease/exonuclease/phosphatase  65.22 
 
 
257 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.363839 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3150  hypothetical protein  66.53 
 
 
245 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0048  hypothetical protein  63.52 
 
 
256 aa  324  1e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00965819  normal  0.1661 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  62.04 
 
 
267 aa  320  1e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36680  hypothetical protein  65.57 
 
 
245 aa  320  2e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21271  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2284  endonuclease/exonuclease/phosphatase  63.49 
 
 
262 aa  318  4e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0656369  hitchhiker  0.000754964 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2515  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  60.63 
 
 
256 aa  319  4e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.764021  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4298  endonuclease/exonuclease/phosphatase  58.59 
 
 
259 aa  313  1e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0014  endonuclease/exonuclease/phosphatase  60 
 
 
277 aa  313  1e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0013  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  61.16 
 
 
242 aa  312  3e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3616  endonuclease/exonuclease/phosphatase  62.86 
 
 
287 aa  310  1e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2424  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  58.23 
 
 
253 aa  308  5e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123297  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00757  predicted DNase  58.2 
 
 
253 aa  303  2e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3724  endonuclease/exonuclease/phosphatase  59.43 
 
 
279 aa  303  2e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.236792  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0844  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  58.2 
 
 
253 aa  303  2e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00774  hypothetical protein  58.2 
 
 
253 aa  303  2e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2852  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  58.2 
 
 
253 aa  303  2e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.350943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0854  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  58.2 
 
 
253 aa  303  2e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2853  endonuclease/exonuclease/phosphatase  58.2 
 
 
253 aa  303  2e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512011 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0813  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  58.2 
 
 
253 aa  303  2e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0192282  normal  0.85473 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3007  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  59.02 
 
 
279 aa  302  4e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0938  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  57.79 
 
 
253 aa  301  5e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1281  endonuclease/exonuclease/phosphatase  56.97 
 
 
253 aa  296  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2562  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  56.97 
 
 
253 aa  295  7e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0940  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  57.38 
 
 
252 aa  292  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00426171  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0961  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  57.38 
 
 
252 aa  292  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0908  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  57.38 
 
 
252 aa  292  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0916506  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0876  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  57.38 
 
 
252 aa  292  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0848  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  57.38 
 
 
252 aa  292  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0606  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.4 
 
 
250 aa  256  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.374942  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2380  endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.38 
 
 
251 aa  238  9e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3642  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  48.15 
 
 
249 aa  228  6e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.748827  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3767  endonuclease/exonuclease/phosphatase  46.25 
 
 
252 aa  217  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0769557 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0534  hypothetical protein  40.71 
 
 
257 aa  209  3e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0510  hypothetical protein  40.32 
 
 
257 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0445  endonuclease / exonuclease / phosphatase family protein  44.92 
 
 
251 aa  206  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.625659 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1028  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  42.28 
 
 
255 aa  204  1e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1158  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  41.87 
 
 
255 aa  203  2e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.426304  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1391  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.89 
 
 
250 aa  194  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2238  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.18 
 
 
251 aa  192  5e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0469  hypothetical protein  42.21 
 
 
248 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0344  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.8 
 
 
248 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0359  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.98 
 
 
248 aa  184  2e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0080  hypothetical protein  38.59 
 
 
302 aa  182  4e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0086  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.59 
 
 
257 aa  182  5e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0570  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.27 
 
 
250 aa  177  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.98478  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0442  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.43 
 
 
262 aa  174  1e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0381  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.51 
 
 
251 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.853038  normal  0.111284 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3633  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.97 
 
 
252 aa  164  1e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0240015  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5450  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.64 
 
 
257 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0806  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.56 
 
 
255 aa  157  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.636912  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0877  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.56 
 
 
255 aa  157  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.76 
 
 
245 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  hitchhiker  0.00270426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4120  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.55 
 
 
250 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4016  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.23 
 
 
276 aa  141  1e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.34924e-06 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1299  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.02 
 
 
252 aa  140  2e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1072  hypothetical protein  38.34 
 
 
270 aa  133  4e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.348031  normal  0.384131 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3071  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.56 
 
 
271 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.51453 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2438  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.56 
 
 
271 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3052  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.56 
 
 
271 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6399  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.69 
 
 
271 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2962  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.85 
 
 
271 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3096  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.85 
 
 
271 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0235  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.42 
 
 
270 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102348  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3049  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.77 
 
 
271 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.687036  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0429  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.42 
 
 
270 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0125577  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2960  hypothetical protein  30.42 
 
 
270 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3386  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.42 
 
 
270 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0247  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  30.42 
 
 
270 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.324157  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2128  hypothetical protein  30.42 
 
 
270 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.26 
 
 
265 aa  98.6  9e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0496  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.67 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0213  hypothetical protein  32.63 
 
 
230 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3294  hypothetical protein  31.3 
 
 
230 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3204  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.36 
 
 
259 aa  94.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.66 
 
 
231 aa  93.6  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5307  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.42 
 
 
244 aa  91.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  32.37 
 
 
273 aa  91.3  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5411  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.68 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.746518 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0384  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.48 
 
 
265 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4337  putative metal-dependent hydrolase  30.37 
 
 
265 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0102  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.69 
 
 
265 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.64 
 
 
258 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.49 
 
 
263 aa  85.5  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.49 
 
 
263 aa  85.5  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.62 
 
 
264 aa  85.5  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2772  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.75 
 
 
261 aa  82.4  8e-15  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.472556  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.73 
 
 
281 aa  82  9e-15  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0209  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.52 
 
 
283 aa  81.6  1e-14  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>