More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4019 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_27190  DNA topoisomerase III  83.04 
 
 		 650 aa  1076    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4019  DNA topoisomerase III  100 
 
 		 653 aa  1335    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3295  DNA topoisomerase III  58.47 
 
 		 655 aa  733    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.17428  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2478  DNA topoisomerase III  82.08 
 
 		 662 aa  1061    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  63.55 
 
 		 671 aa  808    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  61.92 
 
 		 676 aa  790    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1473  DNA topoisomerase III  59.29 
 
 		 673 aa  786    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199053 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2244  DNA topoisomerase III  82.17 
 
 		 656 aa  1038    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.275193  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2923  DNA topoisomerase III  58.63 
 
 		 654 aa  726    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  60.9 
 
 		 670 aa  783    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3001  DNA topoisomerase III  61.55 
 
 		 655 aa  780    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514044  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3364  DNA topoisomerase III  83.8 
 
 		 647 aa  1035    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  62.11 
 
 		 666 aa  795    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3423  DNA topoisomerase III  91.86 
 
 		 654 aa  1229    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1814  DNA topoisomerase III  98.15 
 
 		 653 aa  1275    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230615  normal  0.182925 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  61.55 
 
 		 670 aa  787    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  61.92 
 
 		 676 aa  790    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  64.04 
 
 		 671 aa  806    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  61.39 
 
 		 670 aa  796    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3624  DNA topoisomerase III  97.38 
 
 		 652 aa  1293    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203006  normal  0.930533 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  63.72 
 
 		 671 aa  798    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  55.9 
 
 		 680 aa  737    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  61.39 
 
 		 670 aa  776    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  61.39 
 
 		 670 aa  776    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  63.4 
 
 		 671 aa  793    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4107  DNA topoisomerase III  52.15 
 
 		 679 aa  635  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0727596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0310  DNA topoisomerase III  51.66 
 
 		 679 aa  626  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000929429 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  49.08 
 
 		 744 aa  615  1e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1737  DNA topoisomerase III  50.16 
 
 		 676 aa  606  9.999999999999999e-173  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0618  DNA topoisomerase III  47.36 
 
 		 669 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1612  DNA topoisomerase III  50.41 
 
 		 680 aa  588  1e-167  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4425  DNA topoisomerase III  49.11 
 
 		 707 aa  557  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.669794  normal  0.110888 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  44.1 
 
 		 730 aa  532  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6523  DNA topoisomerase III  42.17 
 
 		 687 aa  469  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.728561  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1625  DNA topoisomerase III  39.97 
 
 		 672 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2088  DNA topoisomerase III  41.14 
 
 		 642 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00112487  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6614  DNA topoisomerase III  42.17 
 
 		 687 aa  469  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668751  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2208  DNA topoisomerase III  41.63 
 
 		 641 aa  464  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.948709  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2343  DNA topoisomerase III  40.99 
 
 		 641 aa  464  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000133374  normal  0.0757376 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1979  DNA topoisomerase III  41.14 
 
 		 641 aa  465  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000598454  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2400  DNA topoisomerase III  40.18 
 
 		 668 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4319  DNA topoisomerase III  40.8 
 
 		 687 aa  465  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.535821  normal  0.574882 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2299  DNA topoisomerase III  40.21 
 
 		 670 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01732  DNA topoisomerase III  40.99 
 
 		 653 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00246982  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1879  DNA topoisomerase III  40.99 
 
 		 653 aa  456  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000411002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2048  DNA topoisomerase III  40.71 
 
 		 649 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.177023  normal  0.939846 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1428  DNA topoisomerase III  40.96 
 
 		 651 aa  457  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0037378  normal  0.804884 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1409  DNA topoisomerase III  40.71 
 
 		 649 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0199719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2018  DNA topoisomerase III  40.99 
 
 		 653 aa  458  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000256516  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2483  DNA topoisomerase III  40.99 
 
 		 653 aa  457  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000298229  normal  0.566589 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0283  DNA topoisomerase III  41.4 
 
 		 684 aa  457  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.860324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2718  DNA topoisomerase III  40.68 
 
 		 641 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.94815  hitchhiker  0.00169428 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002917  DNA topoisomerase III  39.7 
 
 		 655 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1869  DNA topoisomerase III  40.99 
 
 		 653 aa  456  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000214138  decreased coverage  0.00000617518 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01720  hypothetical protein  40.99 
 
 		 653 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00317357  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1986  DNA topoisomerase III  41.38 
 
 		 653 aa  457  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136291  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1847  DNA topoisomerase III  40.99 
 
 		 653 aa  456  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000137821  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1392  DNA topoisomerase III  40.56 
 
 		 649 aa  455  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.213648  normal  0.301409 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1425  DNA topoisomerase III  40.56 
 
 		 649 aa  455  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.864642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2976  DNA topoisomerase III  39.2 
 
 		 666 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.930481 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2146  DNA topoisomerase III  40.43 
 
 		 654 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.232139  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1738  DNA topoisomerase III  41.1 
 
 		 699 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1630  DNA topoisomerase III  39.91 
 
 		 647 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000168302  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1877  DNA topoisomerase III  40.4 
 
 		 649 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000540839  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1972  DNA topoisomerase III  40.92 
 
 		 641 aa  452  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.850932  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1966  DNA topoisomerase III  40.67 
 
 		 640 aa  449  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2268  DNA topoisomerase III  40.52 
 
 		 641 aa  450  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3275  DNA topoisomerase III  38.47 
 
 		 670 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.287374  normal  0.133974 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03041  DNA topoisomerase III  39.87 
 
 		 654 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1658  DNA topoisomerase III  39.21 
 
 		 679 aa  445  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4716  DNA topoisomerase III  39.26 
 
 		 689 aa  445  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1401  DNA topoisomerase III  39.44 
 
 		 653 aa  445  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1425  DNA topoisomerase III  40.61 
 
 		 683 aa  444  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.771336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1684  DNA topoisomerase III  40.81 
 
 		 634 aa  436  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1623  DNA topoisomerase III  37.59 
 
 		 705 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.730482 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2155  DNA topoisomerase III  40.2 
 
 		 647 aa  432  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1542  DNA topoisomerase III  40.46 
 
 		 645 aa  435  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2753  DNA topoisomerase III  39.71 
 
 		 705 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1433  DNA topoisomerase III  37.25 
 
 		 706 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1498  DNA topoisomerase III  38.36 
 
 		 732 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1486  DNA topoisomerase III  38.48 
 
 		 704 aa  435  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.892881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2830  DNA topoisomerase III  39.55 
 
 		 705 aa  432  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2435  DNA topoisomerase III  39.71 
 
 		 708 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.874224  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3061  DNA topoisomerase III  38.93 
 
 		 702 aa  427  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2246  DNA topoisomerase III  38.98 
 
 		 685 aa  426  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.205011  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2736  DNA topoisomerase III  39.38 
 
 		 705 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2145  DNA topoisomerase III  39.73 
 
 		 694 aa  428  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.393649  normal  0.847419 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0776  DNA topoisomerase III  39.42 
 
 		 645 aa  423  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000730539  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1310  DNA topoisomerase III  38.7 
 
 		 632 aa  419  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00570993  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0023  DNA topoisomerase III  36.31 
 
 		 679 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2461  DNA topoisomerase III  37.17 
 
 		 643 aa  412  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.42133  normal  0.125855 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4792  DNA topoisomerase III  36.38 
 
 		 649 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  37.08 
 
 		 729 aa  397  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2001  DNA topoisomerase III  37.46 
 
 		 721 aa  390  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0468853  normal  0.227685 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0922  DNA topoisomerase III  37.05 
 
 		 722 aa  392  1e-107  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0974  DNA topoisomerase III  36.03 
 
 		 799 aa  379  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2529  DNA topoisomerase III  38.29 
 
 		 722 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1489  DNA topoisomerase III  33.94 
 
 		 731 aa  369  1e-101  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0358  DNA topoisomerase III  33.66 
 
 		 729 aa  367  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0356  DNA topoisomerase III  34.05 
 
 		 729 aa  367  1e-100  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>