80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3993 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3993  sulfur transfer complex subunit TusD  100 
 
 		 130 aa  265  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0220527  hitchhiker  0.0053466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1840  sulfur transfer complex subunit TusD  100 
 
 		 143 aa  265  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000217326 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3598  sulfur transfer complex subunit TusD  98.46 
 
 		 130 aa  262  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.276941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3397  sulfur transfer complex subunit TusD  92.31 
 
 		 130 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.452785 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3168  sulfur transfer complex subunit TusD  81.4 
 
 		 130 aa  215  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.209612  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3338  DsrE family protein  79.84 
 
 		 130 aa  210  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.341963  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2377  sulfur transfer complex subunit TusD  75.97 
 
 		 130 aa  204  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.278614  normal  0.0314331 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28120  sulfur transfer complex subunit TusD  76.15 
 
 		 130 aa  202  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30400  sulfur transfer complex subunit TusD  74.62 
 
 		 131 aa  202  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2603  sulfur transfer complex subunit TusD  72.31 
 
 		 131 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3575  sulfur transfer complex subunit TusD  75.19 
 
 		 140 aa  184  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2135  DsrE family protein  43.31 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0293804  hitchhiker  0.00769115 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2187  sulfur relay protein TusD/DsrE  41.86 
 
 		 130 aa  108  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.719942  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3819  sulfur transfer complex subunit TusD  42.97 
 
 		 128 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000709397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3762  sulfur transfer complex subunit TusD  43.75 
 
 		 128 aa  106  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000491404  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3648  sulfur transfer complex subunit TusD  42.97 
 
 		 128 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1925  sulfur transfer complex subunit TusD  42.97 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.578457  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3647  sulfur transfer complex subunit TusD  42.97 
 
 		 128 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000127633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3756  sulfur transfer complex subunit TusD  42.97 
 
 		 128 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0264721  normal  0.126397 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0368  sulfur transfer complex subunit TusD  42.19 
 
 		 128 aa  104  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0265289  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0368  sulfur relay protein TusD/DsrE  42.19 
 
 		 128 aa  104  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000043591  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2059  DsrE family protein  41.73 
 
 		 130 aa  103  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0188592  hitchhiker  0.000335265 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1972  DsrE family protein  41.73 
 
 		 130 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000573125  normal  0.68852 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3721  sulfur transfer complex subunit TusD  42.19 
 
 		 128 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000063016  normal  0.0742653 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2004  DsrE family protein  41.73 
 
 		 130 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0643719  hitchhiker  0.000323815 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3626  sulfur transfer complex subunit TusD  41.41 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000441818  hitchhiker  0.000993351 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2314  DsrE family protein  41.73 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000295076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4654  sulfur transfer complex subunit TusD  41.41 
 
 		 128 aa  101  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000614483  normal  0.0147781 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2474  sulfur relay protein TusD/DsrE  41.73 
 
 		 129 aa  101  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000110001  hitchhiker  0.0000982729 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2206  DsrE family protein  40.94 
 
 		 129 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000146289  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03196  hypothetical protein  40.62 
 
 		 128 aa  100  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000210262  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3541  sulfur transfer complex subunit TusD  40.62 
 
 		 128 aa  100  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.84382e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3814  sulfur transfer complex subunit TusD  40.62 
 
 		 128 aa  100  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000389163  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03147  hypothetical protein  40.62 
 
 		 128 aa  100  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000155048  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00060  sulfur transfer complex subunit TusD  39.84 
 
 		 131 aa  100  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3719  sulfur transfer complex subunit TusD  40.62 
 
 		 128 aa  100  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000989311  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2200  sulfur relay protein TusD/DsrE  40.16 
 
 		 129 aa  99.4  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000731286  normal  0.0885071 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2015  DsrE family protein  44.25 
 
 		 129 aa  99.8  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000123098  hitchhiker  0.00302042 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2376  dsrE-related protein  40.16 
 
 		 130 aa  99.4  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1519  DsrE family protein  42.98 
 
 		 136 aa  98.6  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.653687  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2165  DsrE family protein  40.16 
 
 		 129 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000184958  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002294  tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine synthase TusD  38.28 
 
 		 131 aa  97.8  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1953  DsrE family protein  44.96 
 
 		 119 aa  97.4  5e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.370891  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4554  sulfur transfer complex subunit TusD  42.19 
 
 		 129 aa  97.1  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178436  normal  0.255078 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2002  DsrE family protein  40.94 
 
 		 129 aa  96.3  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000724121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0395  sulfur transfer complex subunit TusD  39.06 
 
 		 129 aa  95.9  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0026614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2110  DsrE family protein  42.52 
 
 		 129 aa  95.5  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000251046  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1808  DsrE-like protein  37.8 
 
 		 138 aa  95.1  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000348316  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0307  sulfur transfer complex subunit TusD  36.72 
 
 		 130 aa  95.1  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0180937  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1655  DsrE family protein  42.64 
 
 		 119 aa  94  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3443  intracellular sulfur oxidation protein of DsrE family protein  40.62 
 
 		 133 aa  94  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0125489  decreased coverage  0.0000256073 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0313  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 129 aa  92.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000141741  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1803  DsrE family protein  37.01 
 
 		 129 aa  92.4  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3833  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 129 aa  91.3  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.101463  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2768  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 131 aa  90.9  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318146  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2483  DsrE protein  39.53 
 
 		 119 aa  90.9  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0554665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0272  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 131 aa  90.1  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0366813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3681  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 131 aa  90.1  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000326504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3924  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 131 aa  90.1  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000851286  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4013  sulfur transfer complex subunit TusD  36.72 
 
 		 129 aa  86.7  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0324388  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1781  DsrE-related protein  40 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111826  normal  0.0472692 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1704  DsrE family protein  38.76 
 
 		 118 aa  84  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000786463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1853  sulfur relay protein TusD/DsrE  34.88 
 
 		 119 aa  84  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000335687  normal  0.0757641 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0489  intracellular sulfur reduction protein DsrE  36.7 
 
 		 123 aa  83.6  8e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.233677  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2452  DsrE-like protein  38.84 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000223621  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1635  sulfur transfer complex subunit TusD  34.65 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0033  sulfur relay protein TusD/DsrE  36.13 
 
 		 119 aa  80.5  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.329885 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1952  DsrE protein  34.88 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0266729  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3247  DsrE family protein  30.23 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000253566  hitchhiker  0.0000180426 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0132  DsrE family protein  32.56 
 
 		 119 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000000691422  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1331  intracellular sulfur oxidation protein DsrE  38.28 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0040  DsrE protein  35.29 
 
 		 119 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.5054  normal  0.788589 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0699  sulfur relay protein TusD/DsrE  33.33 
 
 		 119 aa  75.5  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.187846  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2317  sulfur relay protein TusD/DsrE  33.33 
 
 		 119 aa  72.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0228723  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2349  putative sulfur oxidation protein DsrE  32.54 
 
 		 122 aa  70.9  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0286329  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0977  DsrE family protein  33.88 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000957329 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1218  DsrE-like protein  29.01 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00725713 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1174  DsrE-like protein  29.77 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0013044  hitchhiker  0.000454083 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02104  sulfur relay protein TusB/DsrE  36.36 
 
 		 123 aa  55.8  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000525154  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1617  cellulose-binding family II protein  26.4 
 
 		 243 aa  54.7  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000306193  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>