More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3968 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3968  sensor histidine kinase  100 
 
 		 372 aa  764    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.838601  normal  0.0786845 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2988  histidine kinase  76.08 
 
 		 380 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.539821  normal  0.386359 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1918  sensor histidine kinase  46.36 
 
 		 377 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00166178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2123  sensor histidine kinase  48.99 
 
 		 306 aa  318  9e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.424772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4439  sensor histidine kinase  41.29 
 
 		 376 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4896  sensor histidine kinase  39.41 
 
 		 376 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0579  histidine kinase  41.18 
 
 		 375 aa  252  6e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5936  histidine kinase  40.21 
 
 		 373 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4368  histidine kinase  39.5 
 
 		 373 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1997  histidine kinase  39.08 
 
 		 371 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.337155  normal  0.0103218 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6438  histidine kinase  39.26 
 
 		 373 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2123  histidine kinase  38.61 
 
 		 373 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.71002  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3149  histidine kinase  37.77 
 
 		 383 aa  238  9e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.458506  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2279  histidine kinase  37.23 
 
 		 447 aa  238  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6991  histidine kinase  37.97 
 
 		 376 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3518  histidine kinase  36.54 
 
 		 364 aa  202  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1782  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.81 
 
 		 621 aa  169  8e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2150  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.72 
 
 		 595 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2058  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 		 618 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3228  histidine kinase  41.63 
 
 		 387 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.16 
 
 		 734 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.656612  hitchhiker  0.0000890263 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0267  histidine kinase  37.33 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3773  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  40.99 
 
 		 394 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719874  normal  0.310272 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0278  histidine kinase  37.33 
 
 		 405 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0256  histidine kinase  37.33 
 
 		 405 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.459774  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2762  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  38.53 
 
 		 373 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0030  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 		 460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.292632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3993  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.07 
 
 		 390 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.967169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1033  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 557 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 		 392 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287383  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0278  histidine kinase  35.95 
 
 		 471 aa  136  8e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.182643 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0832  histidine kinase  30.54 
 
 		 383 aa  135  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636786  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4207  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.27 
 
 		 370 aa  133  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1538  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 		 394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.461461  normal  0.397408 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3583  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 		 397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3183  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 		 442 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.319198  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1606  sensor histidine kinase  40.27 
 
 		 403 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 		 405 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0619  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 		 379 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0923552  normal  0.109315 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.72 
 
 		 375 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.745377  normal  0.599724 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1605  sensory box histidine kinase  35.32 
 
 		 391 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.747269  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3912  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 		 912 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.237166  normal  0.236216 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5387  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 		 375 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0971839 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0650  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 		 382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  38.1 
 
 		 396 aa  126  7e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2993  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 393 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2321  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 		 396 aa  126  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.988363 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0629  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.67365  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3774  PAS  34.4 
 
 		 395 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195933  normal  0.315596 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1000  histidine kinase  27.85 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.146298  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0106  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 		 461 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00764508  normal  0.232997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03779  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  30.83 
 
 		 410 aa  116  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.601764  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1473  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 		 1084 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3165  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00426594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6441  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.79 
 
 		 375 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152019 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1400  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 		 591 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0263941  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 597 aa  109  6e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5176  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.53 
 
 		 570 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4475  histidine kinase  28.47 
 
 		 381 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000400204 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  31.39 
 
 		 728 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  30.57 
 
 		 728 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0403  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 597 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1870  histidine kinase  30.94 
 
 		 462 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.302467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4726  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 		 368 aa  99.8  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0334  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 		 492 aa  99  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.091816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2395  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 		 384 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.532876  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1201  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 		 591 aa  98.2  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.911638  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 		 404 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3365  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 		 733 aa  95.9  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1387  sensor histidine kinase ResE  31.95 
 
 		 591 aa  95.9  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.87 
 
 		 944 aa  95.5  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0902383 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1498  sensor histidine kinase ResE  31.95 
 
 		 591 aa  95.9  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000125371  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3758  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 		 408 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.734482 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0081  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 		 571 aa  95.1  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6083  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 		 360 aa  95.1  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 		 827 aa  95.1  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.202098 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2329  histidine kinase  25.66 
 
 		 470 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2005  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 		 408 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.343751 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4604  sensor histidine kinase  30.04 
 
 		 368 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.1143  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3813  sensor histidine kinase ResE  31.95 
 
 		 591 aa  94  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000821443  hitchhiker  2.81471e-19 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.26 
 
 		 958 aa  94  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4691  histidine kinase  29.6 
 
 		 368 aa  93.2  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1359  sensor histidine kinase  31.54 
 
 		 591 aa  93.2  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.805336  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1360  sensor histidine kinase  31.54 
 
 		 591 aa  92.8  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000268966  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1570  sensor histidine kinase ResE  31.54 
 
 		 591 aa  92.8  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4159100000000003e-40 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0140  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 		 620 aa  92.8  9e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.000754265  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2715  sensor histidine kinase/response regulator  29.13 
 
 		 393 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.615592  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 640 aa  92.8  9e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1638  sensor histidine kinase ResE  31.54 
 
 		 591 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000215576  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1602  sensor histidine kinase ResE  31.54 
 
 		 591 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.144012  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2483  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 		 384 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.395564  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2230  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.26 
 
 		 707 aa  92.4  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.129446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4990  sensor histidine kinase  29.61 
 
 		 368 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0290  histidine kinase  32.58 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0037  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 		 387 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  30 
 
 		 884 aa  91.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3924  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 		 436 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1532  sensor histidine kinase ResE  31.54 
 
 		 591 aa  92  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0525759  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 		 431 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.163384  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1269  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 416 aa  91.3  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.906191  normal  0.151074 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>