233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3958 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3958  sodium-proton antiporter, NhaA family  100 
 
 		 453 aa  888    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.529436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3059  Na+/H+ antiporter NhaA  82.63 
 
 		 452 aa  743    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1868  Na+/H+ antiporter NhaA  98.01 
 
 		 453 aa  872    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2853  Na+/H+ antiporter NhaA  66.82 
 
 		 455 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10430  Na+/H+ antiporter NhaA  65.99 
 
 		 444 aa  558  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.745936  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5554  Na+/H+ antiporter NhaA  61.26 
 
 		 451 aa  536  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.477487  normal  0.958846 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0371  Na+/H+ antiporter NhaA  53.26 
 
 		 452 aa  438  1e-121  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0585  Na+/H+ antiporter NhaA  57.3 
 
 		 423 aa  418  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6362  Na+/H+ antiporter NhaA  46.39 
 
 		 475 aa  351  1e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3129  Na+/H+ antiporter NhaA  58.6 
 
 		 422 aa  349  7e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3856  Na+/H+ antiporter NhaA  57.42 
 
 		 416 aa  344  2e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3123  Na+/H+ antiporter NhaA  42.69 
 
 		 449 aa  317  2e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.158144  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3215  Na+/H+ antiporter NhaA  42.69 
 
 		 456 aa  316  5e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4069  Na+/H+ antiporter NhaA  43.45 
 
 		 455 aa  310  2.9999999999999997e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.16071 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0144  Na+/H+ antiporter NhaA  41.96 
 
 		 446 aa  310  4e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.174095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2666  Na+/H+ antiporter NhaA  45.75 
 
 		 445 aa  310  5e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.657461  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2307  Na+/H+ antiporter NhaA  41.95 
 
 		 455 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1649  Na+/H+ antiporter NhaA  43.36 
 
 		 468 aa  308  2.0000000000000002e-82  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.349535  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2771  Na+/H+ antiporter NhaA  41.34 
 
 		 450 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00813597  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1390  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.87 
 
 		 391 aa  298  1e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000519432  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51740  Na+/H+ antiporter NhaA  42.86 
 
 		 446 aa  298  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.9845  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0893  Na+/H+ antiporter NhaA  44.2 
 
 		 470 aa  297  2e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2941  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.41 
 
 		 394 aa  296  5e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.135486  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0842  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.87 
 
 		 390 aa  293  5e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13458  putative Na+/H+ antiporter  38.88 
 
 		 427 aa  291  2e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.466525  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1784  Na+/H+ antiporter NhaA  37.64 
 
 		 444 aa  290  3e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0044  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.25 
 
 		 388 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0043  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.25 
 
 		 388 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2570  Na+/H+ antiporter NhaA  42.01 
 
 		 472 aa  287  2.9999999999999996e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0044  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.25 
 
 		 388 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4662  Na+/H+ antiporter NhaA  40.05 
 
 		 438 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000933832 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0043  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.25 
 
 		 388 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62168  normal  0.149849 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0042  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.25 
 
 		 388 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.975088  hitchhiker  0.00613874 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00018  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.36 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.89758  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00019  hypothetical protein  43.36 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.892896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0017  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.13 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0019  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.36 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0237343  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0016  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.36 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000467126  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0019  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.13 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.046286  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02646  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.06 
 
 		 391 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3638  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.13 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0017  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.36 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.453914  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3578  Na+/H+ antiporter NhaA  43.13 
 
 		 388 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00256476  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1861  Na+/H+ antiporter NhaA  40.77 
 
 		 451 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.995313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003767  Na+/H+ antiporter NhaA type  41.67 
 
 		 383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2205  Na+/H+ antiporter NhaA  41.88 
 
 		 436 aa  282  7.000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.29594  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0583  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.82 
 
 		 392 aa  282  7.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0187832  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1147  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.78 
 
 		 391 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3828  Na+/H+ antiporter NhaA  43.54 
 
 		 457 aa  282  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0371269 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2456  Na+/H+ antiporter  42.59 
 
 		 438 aa  277  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00270708  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1189  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.85 
 
 		 389 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.685573  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1336  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.31 
 
 		 389 aa  277  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2989  Na+/H+ antiporter NhaA  43.05 
 
 		 460 aa  277  3e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05370  NA(+)/H(+) antiporter 1  37.95 
 
 		 435 aa  276  4e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.765198  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3124  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.85 
 
 		 389 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.646901  normal  0.440513 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1042  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.41 
 
 		 391 aa  276  5e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.12391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1233  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.85 
 
 		 389 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1266  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.61 
 
 		 389 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1390  Na+/H+ antiporter NhaA  42 
 
 		 396 aa  276  8e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.168803  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1233  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.58 
 
 		 382 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000535639  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0065  Na+/H+ antiporter NhaA  40.48 
 
 		 402 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000634714  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2773  Na+/H+ antiporter NhaA  39.22 
 
 		 612 aa  274  3e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.461609 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1234  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.23 
 
 		 395 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1390  Na+/H+ antiporter NhaA  37.83 
 
 		 391 aa  273  6e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0694  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.59 
 
 		 398 aa  273  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000263731  hitchhiker  0.00301245 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4950  Na+/H+ antiporter NhaA  42.89 
 
 		 465 aa  273  6e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.29184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3038  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.08 
 
 		 389 aa  272  7e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474949 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07000  Na+/H+ antiporter NhaA  39.29 
 
 		 514 aa  272  8.000000000000001e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.107154  normal  0.0342501 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0868  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.38 
 
 		 391 aa  272  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3464  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.87 
 
 		 394 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000517181  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4283  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.25 
 
 		 391 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1762  Na(+)/H(+) antiporter 1  37.39 
 
 		 464 aa  270  4e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2942  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.85 
 
 		 389 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0919251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3592  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.63 
 
 		 394 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000151252  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1025  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.88 
 
 		 391 aa  270  4e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2568  Na+/H+ antiporter NhaA  43.61 
 
 		 424 aa  270  5e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0580  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.48 
 
 		 391 aa  270  5.9999999999999995e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0119541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3135  Na+/H+ antiporter NhaA  40.69 
 
 		 398 aa  269  7e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3851  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.89 
 
 		 398 aa  269  7e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0795  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.39 
 
 		 394 aa  269  7e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000129218  normal  0.24433 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2860  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.61 
 
 		 389 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.611153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1136  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.52 
 
 		 399 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0732  pH-dependent sodium/proton antiporter  36.66 
 
 		 409 aa  267  2e-70  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2616  Na+/H+ antiporter NhaA  39.54 
 
 		 391 aa  267  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.536675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2026  pH-dependent sodium/proton antiporter  42.34 
 
 		 382 aa  266  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470958  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5677  Na+/H+ antiporter NhaA  42.86 
 
 		 404 aa  264  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.575468  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2414  Na+/H+ antiporter NhaA  43.25 
 
 		 426 aa  264  2e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0173976 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3657  pH-dependent sodium/proton antiporter  41.38 
 
 		 398 aa  265  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.457018  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0128  Na+/H+ antiporter NhaA  42.58 
 
 		 399 aa  264  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124586  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3264  sodium-proton antiporter NhaA  38.78 
 
 		 382 aa  263  4.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000713954 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00573  Na+/H+ antiporter, NhaA  38.39 
 
 		 424 aa  263  6e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2277  pH-dependent sodium/proton antiporter  38.44 
 
 		 397 aa  263  6e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1563  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.34 
 
 		 421 aa  262  8e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.172648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4197  Na+/H+ antiporter NhaA  40.14 
 
 		 401 aa  261  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.917396  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1132  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.53 
 
 		 397 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.422688  normal  0.012742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3089  Na+/H+ antiporter NhaA  38.42 
 
 		 406 aa  261  3e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.761361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1168  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.77 
 
 		 397 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2962  Na+/H+ antiporter NhaA  40.88 
 
 		 481 aa  260  4e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2713  pH-dependent sodium/proton antiporter  43.32 
 
 		 430 aa  260  4e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.532059  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0544  pH-dependent sodium/proton antiporter  40.97 
 
 		 401 aa  259  8e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>