195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3954 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  100 
 
 		 316 aa  634    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  76.77 
 
 		 319 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  77.42 
 
 		 319 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  78.23 
 
 		 317 aa  476  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  75.16 
 
 		 317 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  76.22 
 
 		 318 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  75.87 
 
 		 318 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.57 
 
 		 318 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.92 
 
 		 318 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  76.92 
 
 		 318 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  75.87 
 
 		 318 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  75.87 
 
 		 318 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  75.87 
 
 		 318 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  76.22 
 
 		 318 aa  450  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  66.88 
 
 		 318 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  66.67 
 
 		 318 aa  410  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  68.37 
 
 		 317 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  68.03 
 
 		 317 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  61.59 
 
 		 316 aa  403  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  63.79 
 
 		 319 aa  396  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  65.98 
 
 		 320 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  66.22 
 
 		 317 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  63.11 
 
 		 315 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  63.33 
 
 		 315 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  61.86 
 
 		 317 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  64.51 
 
 		 315 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  59.37 
 
 		 317 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  38.85 
 
 		 318 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.52 
 
 		 348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  39.79 
 
 		 344 aa  209  6e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  40.71 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  41.03 
 
 		 342 aa  207  3e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.67 
 
 		 316 aa  199  7e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.75 
 
 		 325 aa  195  7e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.1 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35.76 
 
 		 318 aa  189  7e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.02 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.35 
 
 		 317 aa  172  7.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.69 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.99 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.2 
 
 		 329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.04 
 
 		 333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  33 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.69 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.62 
 
 		 322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  31.13 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.22 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.56 
 
 		 651 aa  162  6e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  31.88 
 
 		 322 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  31.07 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.48 
 
 		 329 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  34.97 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.98 
 
 		 317 aa  159  6e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.69 
 
 		 327 aa  159  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  36.48 
 
 		 316 aa  159  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.69 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.17 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.01 
 
 		 328 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  30.87 
 
 		 322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.14 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.6 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.56 
 
 		 326 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  29.11 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.81 
 
 		 348 aa  152  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.81 
 
 		 342 aa  152  5.9999999999999996e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  30.54 
 
 		 324 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.54 
 
 		 324 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.48 
 
 		 323 aa  152  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.53 
 
 		 375 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  30.87 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  32.18 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  35.99 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  34.3 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.4 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  32.21 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.34 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  32.05 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0934  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.77 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.66 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  28.8 
 
 		 328 aa  143  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  28.8 
 
 		 326 aa  142  5e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  32.37 
 
 		 312 aa  142  7e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.62 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3009  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.582062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000812  immunogenic protein  32.72 
 
 		 336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.73 
 
 		 356 aa  140  3e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06717  hypothetical protein  31.27 
 
 		 336 aa  139  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.15 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.97 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.52 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.78 
 
 		 337 aa  133  3e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1133  immunogenic protein  31.86 
 
 		 351 aa  133  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.81 
 
 		 325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.99 
 
 		 346 aa  132  6e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  28.18 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.98 
 
 		 371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  33 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.99 
 
 		 322 aa  129  9.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.35 
 
 		 350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.05 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>