More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3835 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3835  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 386 aa  789    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  92.49 
 
 		 386 aa  728    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.732563  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1935  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  97.67 
 
 		 386 aa  766    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.2 
 
 		 386 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.92 
 
 		 508 aa  352  5.9999999999999994e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.84 
 
 		 630 aa  340  4e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  48.27 
 
 		 650 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.67 
 
 		 651 aa  332  9e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  47.04 
 
 		 699 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.72 
 
 		 789 aa  329  6e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.72 
 
 		 789 aa  329  6e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  46.85 
 
 		 678 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.41 
 
 		 653 aa  328  1.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.03 
 
 		 660 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.62 
 
 		 807 aa  326  5e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.81 
 
 		 662 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.72 
 
 		 781 aa  325  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.01 
 
 		 810 aa  320  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 		 650 aa  320  3e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.73 
 
 		 815 aa  319  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.09 
 
 		 789 aa  319  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.43 
 
 		 642 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.03 
 
 		 642 aa  317  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.43 
 
 		 766 aa  312  6.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.35 
 
 		 782 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.47 
 
 		 774 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2015  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.97 
 
 		 538 aa  302  7.000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.5 
 
 		 650 aa  299  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.41 
 
 		 639 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.31 
 
 		 387 aa  245  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 		 743 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 557 aa  227  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 		 1050 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.05 
 
 		 1076 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.56 
 
 		 655 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 		 1134 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  38.3 
 
 		 812 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 		 773 aa  219  6e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 		 773 aa  218  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 		 1106 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 		 650 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.3 
 
 		 688 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  39.65 
 
 		 533 aa  211  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 		 962 aa  211  2e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.27 
 
 		 699 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.78 
 
 		 559 aa  209  7e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  35.25 
 
 		 544 aa  209  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.34 
 
 		 643 aa  208  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.32 
 
 		 818 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  39.36 
 
 		 533 aa  208  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.18 
 
 		 683 aa  208  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.71 
 
 		 1081 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.7 
 
 		 807 aa  207  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.5 
 
 		 657 aa  207  3e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 		 1105 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 		 777 aa  206  4e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  35.1 
 
 		 539 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 1053 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  38.38 
 
 		 533 aa  206  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 983 aa  205  9e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.3 
 
 		 661 aa  205  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 		 769 aa  205  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.53 
 
 		 673 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  36.72 
 
 		 544 aa  204  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.73 
 
 		 942 aa  204  3e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.61 
 
 		 712 aa  203  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 		 759 aa  203  4e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.75 
 
 		 1224 aa  203  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.2 
 
 		 632 aa  203  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 647 aa  203  5e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.33 
 
 		 1415 aa  203  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 1132 aa  203  5e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.84 
 
 		 682 aa  202  7e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.44 
 
 		 753 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.7 
 
 		 551 aa  202  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.49 
 
 		 742 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.88 
 
 		 714 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.756709  normal  0.201817 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 		 622 aa  201  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2399  histidine kinase  44.12 
 
 		 564 aa  201  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2204  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  46.19 
 
 		 588 aa  200  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0313534  normal  0.331001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.54 
 
 		 979 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  34.89 
 
 		 622 aa  201  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0842  sensory box histidine kinase/response regulator  34.46 
 
 		 787 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.220519  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.69 
 
 		 703 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.01 
 
 		 926 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  35.33 
 
 		 541 aa  199  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  41.46 
 
 		 681 aa  199  5e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 		 752 aa  199  5e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  35.33 
 
 		 541 aa  199  5e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  39.74 
 
 		 858 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6621  histidine kinase  44.73 
 
 		 552 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  33.42 
 
 		 534 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 		 1059 aa  199  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  36.01 
 
 		 531 aa  199  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  35.61 
 
 		 541 aa  199  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  35.65 
 
 		 534 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 		 1079 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 		 681 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.746553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.35 
 
 		 1260 aa  199  9e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 		 684 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>