43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3693 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3693  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  100 
 
 
121 aa  246  8e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.643108  decreased coverage  0.000194447 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4794  hypothetical protein  80.99 
 
 
122 aa  200  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2947  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  80.17 
 
 
123 aa  189  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.194319  normal  0.217791 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2443  hypothetical protein  84.17 
 
 
120 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0503835  normal  0.228348 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4755  hypothetical protein  70.73 
 
 
124 aa  169  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2795  H-NS family protein MvaT  68.6 
 
 
121 aa  166  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289356  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2345  hypothetical protein  66.94 
 
 
120 aa  165  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3014  hypothetical protein  67.5 
 
 
123 aa  162  1e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1634  hypothetical protein  73.95 
 
 
138 aa  160  5e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0882393  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5037  hypothetical protein  65.55 
 
 
121 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.038586  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4167  hypothetical protein  64.17 
 
 
119 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.89495e-05  normal  0.273328 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0009  hypothetical protein  64.46 
 
 
119 aa  153  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000754026  normal  0.103636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0011  hypothetical protein  64.46 
 
 
119 aa  153  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.570728  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0009  hypothetical protein  64.46 
 
 
119 aa  153  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0017  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  64.46 
 
 
119 aa  153  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499101  unclonable  1.89493e-07 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0128  hypothetical protein  61.34 
 
 
121 aa  148  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0281  hypothetical protein  59.66 
 
 
121 aa  144  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2971  transcriptional regulator, putative  57.85 
 
 
120 aa  136  8e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0855395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3103  transcriptional regulator, putative  57.85 
 
 
120 aa  136  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  9.51367e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4315  transcriptional regulator, putative  55.37 
 
 
126 aa  134  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  2.86205e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4019  transcriptional regulator, putative  55.37 
 
 
126 aa  134  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  3.6562e-08  normal  0.0246266 
 
 
 
NC_009656  PSPA7_2532  hypothetical protein  55 
 
 
117 aa  133  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2102  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  57.98 
 
 
119 aa  133  1e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.313756  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29590  putative transcriptional regulator  55 
 
 
117 aa  132  1e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.656804  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4448  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  55 
 
 
125 aa  132  1e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  2.22895e-14  hitchhiker  9.83981e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2921  H-NS family protein MvaT  54.62 
 
 
121 aa  132  1e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0220889  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1006  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  54.17 
 
 
125 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  1.05934e-07  hitchhiker  4.027e-13 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4357  hypothetical protein  54.17 
 
 
125 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  1.35149e-12  normal  0.0272701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2138  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  57.14 
 
 
119 aa  130  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000737433  hitchhiker  2.69456e-06 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1366  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  54.17 
 
 
125 aa  130  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  4.78135e-05  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3337  transcriptional regulator, putative  60 
 
 
121 aa  129  1e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3765  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  56.3 
 
 
119 aa  129  2e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148956  normal  0.0287223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1998  hypothetical protein  55.46 
 
 
134 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.989293  hitchhiker  0.000130496 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4437  H-NS family protein MvaT  52.07 
 
 
125 aa  126  1e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00708385  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2960  hypothetical protein  60 
 
 
121 aa  125  2e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.437612  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4883  transcriptional regulator MvaT  51.67 
 
 
125 aa  123  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3313  H-NS family protein MvaT  52.46 
 
 
134 aa  122  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.747798  normal  0.724808 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56070  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  51.67 
 
 
124 aa  120  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0979321  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38310  Transcriptional regulator MvaT  52.03 
 
 
126 aa  119  1e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0396822  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1652  H-NS family protein MvaT  47.93 
 
 
125 aa  108  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  4.69447e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2608  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  40.98 
 
 
122 aa  94.7  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  2.64068e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4162  hypothetical protein  48.98 
 
 
99 aa  66.2  1e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4154  hypothetical protein  30.67 
 
 
91 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>