More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3653 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3653  amino acid transporter LysE  100 
 
 
204 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.709674  normal  0.0898299 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2077  lysine exporter protein LysE/YggA  99.02 
 
 
204 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2254  lysine exporter protein LysE/YggA  95.59 
 
 
204 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.675856 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2250  lysine exporter protein LysE/YggA  90.15 
 
 
204 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.233575  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46450  Transporter, LysE family  64.85 
 
 
205 aa  247  7e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3513  lysine exporter protein LysE/YggA  62.38 
 
 
205 aa  233  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0702628  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0182  amino acid transporter LysE  60.1 
 
 
205 aa  211  5.999999999999999e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3736  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  55.28 
 
 
206 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0428  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  50.74 
 
 
204 aa  148  6e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7985  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  46.19 
 
 
209 aa  145  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3769  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  41.8 
 
 
215 aa  125  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3990  lysine exporter protein LysE/YggA  41.75 
 
 
216 aa  124  7e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0070  lysine exporter protein LysE/YggA  41.55 
 
 
207 aa  121  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3659  lysine exporter protein LysE/YggA  37.2 
 
 
233 aa  119  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0774  LysE type translocator  36.41 
 
 
204 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0494  LysE family protein  36.41 
 
 
204 aa  90.5  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.515429  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0589  LysE family translocator protein  36.41 
 
 
204 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.327685  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0914  amino acid efflux protein, putative  34.78 
 
 
209 aa  89  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0605  LysE family translocator protein  35.9 
 
 
204 aa  88.6  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1992  lysine exporter protein LysE/YggA  36.7 
 
 
206 aa  87.8  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0116  lysine exporter protein LysE/YggA  31.28 
 
 
210 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.940326 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1522  LysE family protein  36.14 
 
 
194 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3099  LysE family protein  36.14 
 
 
194 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2950  LysE family protein  36.14 
 
 
194 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0068  LysE family protein  36.14 
 
 
194 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2059  LysE family amino acid efflux protein  31.75 
 
 
217 aa  83.6  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.513091  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3676  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.17 
 
 
218 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2701  lysine exporter protein LysE/YggA  33.16 
 
 
204 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.224581 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2843  lysine exporter protein LysE/YggA  33.16 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6113  lysine exporter protein LysE/YggA  32.99 
 
 
204 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.588565  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0798  lysine exporter protein LysE/YggA  34.04 
 
 
206 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0532  lysine exporter protein LysE/YggA  34.01 
 
 
204 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.101376  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0334  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 
204 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3353  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.17 
 
 
218 aa  81.3  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2169  lysine exporter protein LysE/YggA  32.49 
 
 
227 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2783  lysine exporter protein LysE/YggA  32.49 
 
 
204 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407704  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6172  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.67 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2794  lysine exporter protein LysE/YggA  32.49 
 
 
204 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.31715 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0073  transporter transmembrane protein  34.17 
 
 
215 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163554  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0144  homoserine/threonine efflux protein, putative  34.17 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2277  LysE family translocator protein  34.17 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2803  LysE family translocator protein  34.17 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1421  lysine exporter protein LysE/YggA  32.5 
 
 
207 aa  79  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2355  LysE family translocator protein  34.17 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0153  LysE family translocator protein  34.17 
 
 
211 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0348  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.17 
 
 
211 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0162  LysE family translocator protein  34.17 
 
 
211 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1795  lysine exporter protein LysE/YggA  35.68 
 
 
212 aa  78.2  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2266  lysine exporter protein LysE/YggA  34.25 
 
 
211 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000228935  hitchhiker  0.000000285135 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0556  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.26 
 
 
208 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2383  lysine exporter protein LysE/YggA  31.73 
 
 
217 aa  75.9  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.77882  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0023  lysine exporter protein LysE/YggA  29.33 
 
 
209 aa  75.5  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2900  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.59 
 
 
209 aa  75.1  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.48366  normal  0.297506 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1147  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.88 
 
 
208 aa  75.1  0.0000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0971  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.72 
 
 
211 aa  74.7  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0836  lysine exporter protein LysE/YggA  34.39 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0577  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.15 
 
 
219 aa  74.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0024  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.52 
 
 
208 aa  74.3  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0364  lysine exporter protein LysE/YggA  32.31 
 
 
203 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0743  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.45 
 
 
223 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0131  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.42 
 
 
216 aa  73.9  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2925  amino acid transporter LysE  27.5 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0920317  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0849  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.8 
 
 
211 aa  72.4  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3288  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.67 
 
 
211 aa  72.4  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0130  LysE family protein  35.23 
 
 
211 aa  72  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3589  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.11 
 
 
211 aa  72  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0368885 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1160  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.5 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000397574  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3105  lysine exporter protein LysE/YggA  33.76 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  31.07 
 
 
203 aa  71.6  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1798  amino acid transport protein, LysE type  29.95 
 
 
213 aa  71.6  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.701098  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0867  lysine exporter protein LysE/YggA  33.76 
 
 
207 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.627781  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2401  lysine exporter protein LysE/YggA  35.16 
 
 
206 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00829988 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0589  lysine exporter protein LysE/YggA  32.64 
 
 
212 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.332846  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0038  lysine exporter protein LysE/YggA  33.84 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1609  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.69 
 
 
210 aa  70.1  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127652  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4520  lysine exporter protein LysE/YggA  34.17 
 
 
211 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.286419  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2465  lysine exporter protein LysE/YggA  35.61 
 
 
214 aa  70.1  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.19798  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5636  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.81 
 
 
211 aa  69.3  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0625165 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1194  amino acid transporter LysE  31.28 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00235397  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3227  lysine exporter protein LysE/YggA  38.99 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0885  lysine exporter protein LysE/YggA  32.11 
 
 
218 aa  68.6  0.00000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347055  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4453  lysine exporter protein LysE/YggA  36.88 
 
 
216 aa  68.6  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4114  amino acid efflux pump, RhtB family protein  32.49 
 
 
204 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  33.66 
 
 
206 aa  68.2  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0277  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.61 
 
 
208 aa  68.6  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1727  leucine export protein LeuE  30.9 
 
 
224 aa  68.2  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.859689 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4170  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.27 
 
 
206 aa  67.8  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.319888  normal  0.802735 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2025  lysine exporter protein LysE/YggA  28.5 
 
 
208 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.464731  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0929  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.86 
 
 
209 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4548  lysine exporter protein LysE/YggA  31.06 
 
 
212 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340064  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1262  leucine export protein LeuE  32.93 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908947  normal  0.254179 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  30.11 
 
 
208 aa  67.4  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1467  lysine exporter protein LysE/YggA  35.33 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0291  lysine exporter protein LysE/YggA  32.32 
 
 
224 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4133  lysine exporter protein LysE/YggA  35.33 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5994  hypothetical protein  34.92 
 
 
209 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69310  LysE family efflux protein  34.92 
 
 
209 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4264  lysine exporter protein LysE/YggA  35.33 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269909  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1609  leucine export protein LeuE  31.93 
 
 
220 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0333  lysine exporter protein LysE/YggA  34.74 
 
 
210 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.547717  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>