More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3493 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3493  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  635    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.911238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2278  LysR family transcriptional regulator  99.03 
 
 		 310 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2435  LysR family transcriptional regulator  95.16 
 
 		 310 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2866  LysR family transcriptional regulator  90.97 
 
 		 310 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 318 aa  340  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  55.16 
 
 		 311 aa  340  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  49.68 
 
 		 355 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 312 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 312 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  48.32 
 
 		 312 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  47.35 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  47.35 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  47.02 
 
 		 313 aa  277  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 313 aa  275  9e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 313 aa  275  9e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 313 aa  269  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 312 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 323 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  44.85 
 
 		 331 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1262  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.902208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4461  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4584  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 315 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 331 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 315 aa  256  5e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 315 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13510  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52930  transcriptional regulator  45.81 
 
 		 314 aa  252  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1210  putative transcriptional regulator  46.84 
 
 		 317 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4325  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 315 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4041  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 315 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4214  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.383155 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3740  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4638  transcriptional regulator  46.23 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1681  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 315 aa  249  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446962  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3196  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0865  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 315 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0937  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 322 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1839  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 336 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0596  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 336 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0872  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 336 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2329  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1112  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 336 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.358465  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1646  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 354 aa  246  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1216  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 315 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1044  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.82 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.865685  normal  0.351691 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1025  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 336 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.951762  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4426  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3964  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 322 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0669221  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 323 aa  238  9e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0435  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231747  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1196  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.191376  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1394  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 430 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1489  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1404  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0157  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820068  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1142  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5074  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1305  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 322 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 322 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 322 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0008  transcriptional regulator  46 
 
 		 431 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636727  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5836  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 329 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5764  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 322 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5024  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 329 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205227  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4343  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 327 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3585  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 312 aa  232  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0364205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2420  LysR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 334 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0259227 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6676  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.454387  normal  0.341133 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6200  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503075 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5833  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5752  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.515576 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2931  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 352 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5327  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 317 aa  229  6e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0620404 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6527  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 313 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3043  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 327 aa  225  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.696334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3189  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 328 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4290  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 328 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.376477 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4971  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 328 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0570046  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1894  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 324 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2804  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 351 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6627  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.974267  normal  0.184966 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 351 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 351 aa  197  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  38.91 
 
 		 351 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 351 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 351 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>