231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3487 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3487  electron transport protein SCO1/SenC  100 
 
 		 221 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2284  electron transport protein SCO1/SenC  99.55 
 
 		 221 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2450  electron transport protein SCO1/SenC  94.57 
 
 		 221 aa  403  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0486605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2459  SCO1/SenC family protein  87.78 
 
 		 221 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1978  hypothetical protein  66.35 
 
 		 208 aa  287  9e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572357 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3890  electron transport protein SCO1/SenC  57.86 
 
 		 228 aa  191  6e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2002  electron transport protein SCO1/SenC  37.38 
 
 		 363 aa  135  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2666  electron transport protein SCO1/SenC  35.63 
 
 		 327 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.239586  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3183  electron transport protein SCO1/SenC  37.18 
 
 		 327 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2533  electron transport protein SCO1/SenC  37.18 
 
 		 327 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1256  hypothetical protein  34.68 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3891  electron transport protein SCO1/SenC  36.07 
 
 		 222 aa  112  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0650  electron transport protein SCO1/SenC  33.54 
 
 		 340 aa  108  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2627  electron transport protein SCO1/SenC  35.62 
 
 		 425 aa  108  8.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4298  electron transport protein SCO1/SenC  35.48 
 
 		 356 aa  107  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.576554  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1977  electron transport protein SCO1/SenC  30.57 
 
 		 216 aa  99  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.918767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2458  electron transport protein SCO1/SenC  28.79 
 
 		 218 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2449  electron transport protein SCO1/SenC  29.41 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.010405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2283  electron transport protein SCO1/SenC  28.79 
 
 		 218 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.897597  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0070  hypothetical protein  38.64 
 
 		 198 aa  92  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3488  electron transport protein SCO1/SenC  28.79 
 
 		 218 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0048  electron transport protein SCO1/SenC  41.12 
 
 		 208 aa  82.8  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1255  hypothetical protein  30.93 
 
 		 194 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.847765  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2969  electron transport protein SCO1/SenC  35.29 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412315 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1398  SCO1/SenC family protein  29.33 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5990  electron transport protein SCO1/SenC  41.24 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0663  electron transport protein SCO1/SenC  37.96 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000146035  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2292  putative transmembrane protein  30.11 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.765986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0931  electron transport protein SCO1/SenC  33.96 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5677  electron transport protein SCO1/SenC  31.17 
 
 		 236 aa  67  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5207  electron transport protein SCO1/SenC  35.58 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.723595  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0216  protein of unknown function DUF420  28.93 
 
 		 444 aa  65.9  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.614446  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2077  electron transport protein SCO1/SenC  33.77 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0831544  normal  0.489667 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1225  electron transport protein SCO1/SenC  36.36 
 
 		 245 aa  65.1  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2865  electron transport protein SCO1/SenC  34.53 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0177907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1125  electron transport protein SCO1/SenC  35.05 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195458  normal  0.850064 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1172  electron transport protein SCO1/SenC  30.91 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4695  hypothetical protein  30.83 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0489031  normal  0.712544 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2583  electron transport protein SCO1/SenC  37.96 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1482  electron transport protein SCO1/SenC  28.21 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1588  electron transport protein SCO1/SenC  38.18 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000473469  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1801  electron transport protein SCO1/SenC  35.29 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.53156 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0517  electron transport protein SCO1/SenC  28.12 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.576409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2416  electron transport protein SCO1/SenC  31.18 
 
 		 199 aa  61.6  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516349  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0514  electron transport protein SCO1/SenC  32.26 
 
 		 219 aa  61.6  0.000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0318  SCO1/SenC family protein/methylamine utilization protein MauG, putative  32.46 
 
 		 626 aa  61.2  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1572  electron transport protein SCO1/SenC  35.51 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.304694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3423  electron transport protein SCO1/SenC  34.01 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1479  electron transport protein SCO1/SenC  36.05 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2737  electron transport protein SCO1/SenC  38.32 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.032026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0728  hypothetical protein  27.91 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1663  electron transport protein SCO1/SenC  34.74 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3093  SCO1/SenC family lipoprotein  36.36 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000903349  decreased coverage  9.893850000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2231  SCO1/SenC family lipoprotein  36.7 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00820303  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2512  electron transport protein SCO1/SenC  28.87 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2072  electron transport protein SCO1/SenC  36.36 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0311949  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2278  lipoprotein  36.36 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000821147  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2093  lipoprotein  36.36 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0265968  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2033  cytochrome c oxidase Cu(A) center assembly protein  36.36 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000016443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2031  cytochrome c oxidase Cu(A) center assembly protein  36.36 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0152904  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2249  lipoprotein  36.36 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00171522  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2359  SCO1/SenC family lipoprotein  29.71 
 
 		 195 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000369081  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2274  SCO1/SenC family lipoprotein  36.36 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.19701e-47 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0714  hypothetical protein  27.34 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1650  electron transport protein SCO1/SenC  35.45 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000270735  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1521  electron transport protein SCO1/SenC  29.13 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1066  hypothetical protein  29.53 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.172468  normal  0.032179 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2235  hypothetical protein  27.34 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2319  hypothetical protein  27.34 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.735788  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1666  hypothetical protein  27.34 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0594  hypothetical protein  27.34 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01150  YpmQ  35.53 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1711  hypothetical protein  27.34 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1919  hypothetical protein  27.34 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.854236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0482  hypothetical protein  31.25 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550365 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2665  electron transport protein SCO1/SenC  30.47 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000706149  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2200  hypothetical protein  27.82 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.911586  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2379  electron transport protein SCO1/SenC  38.61 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.778887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0337  putative SCO1/SenC family protein  30.16 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.769347  normal  0.0226866 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2918  electron transport protein SCO1/SenC  30.4 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00907715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0045  GGDEF  32.29 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.986314 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3526  electron transport protein SCO1/SenC  31.25 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5562  electron transport protein SCO1/SenC  30.39 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.608638 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1577  electron transport protein SCO1/SenC  29.2 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1301  electron transport protein SCO1/SenC  34.15 
 
 		 223 aa  53.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1998  electron transport protein SCO1/SenC  36.36 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00930  Electron transport protein SCO1/SenC  28.75 
 
 		 211 aa  53.5  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.330102  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1843  electron transport protein SCO1/SenC  31.43 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.607401 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0287  electron transport protein SCO1/SenC  35.71 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1683  electron transport protein SCO1/SenC  34.91 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1690  hypothetical protein  33.7 
 
 		 586 aa  52.8  0.000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2625  electron transport protein SCO1/SenC  33.7 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00219906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2780  electron transport protein SCO1/SenC  40 
 
 		 216 aa  52  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.668811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3710  electron transport protein SCO1/SenC  34.57 
 
 		 235 aa  51.6  0.000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.549632  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0192  electron transport protein SCO1/SenC  37.11 
 
 		 205 aa  51.6  0.000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3791  electron transport protein SCO1/SenC  31.5 
 
 		 264 aa  51.6  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2710  electron transport protein SCO1/SenC  27.04 
 
 		 205 aa  51.6  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4381  electron transport protein SCO1/SenC  38.55 
 
 		 209 aa  50.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.558879  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3279  electron transport protein SCO1/SenC  30.28 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.508145  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1132  electron transport protein SCO1/SenC  30.77 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.323541  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>