More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3435 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 528 aa  1082    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  79.36 
 
 		 528 aa  855    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  92.23 
 
 		 528 aa  962    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  97.92 
 
 		 528 aa  1035    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  57.28 
 
 		 511 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  52.46 
 
 		 523 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  52.64 
 
 		 521 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  51.83 
 
 		 520 aa  483  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  36.94 
 
 		 506 aa  330  4e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  34.85 
 
 		 500 aa  315  9.999999999999999e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  36.12 
 
 		 501 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  31.62 
 
 		 507 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  31.62 
 
 		 507 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.62 
 
 		 521 aa  258  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  31.62 
 
 		 521 aa  257  4e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.42 
 
 		 521 aa  256  6e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  31.42 
 
 		 521 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  29.8 
 
 		 512 aa  256  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.62 
 
 		 486 aa  236  7e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  35.62 
 
 		 533 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  33.6 
 
 		 532 aa  233  5e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.42 
 
 		 533 aa  233  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.42 
 
 		 533 aa  233  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.17 
 
 		 474 aa  229  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  32.11 
 
 		 528 aa  229  8e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  36.22 
 
 		 460 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  30.73 
 
 		 526 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  43.75 
 
 		 362 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  31.76 
 
 		 538 aa  214  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 362 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 362 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 362 aa  213  7.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.36 
 
 		 362 aa  213  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  33.27 
 
 		 532 aa  212  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  33.27 
 
 		 532 aa  212  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  43.36 
 
 		 362 aa  213  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  43.36 
 
 		 362 aa  213  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  43.36 
 
 		 362 aa  213  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  33.27 
 
 		 532 aa  212  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.27 
 
 		 532 aa  212  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  30.12 
 
 		 535 aa  212  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  33.82 
 
 		 588 aa  211  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.27 
 
 		 532 aa  210  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.73 
 
 		 532 aa  209  8e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  28.84 
 
 		 526 aa  207  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  28.84 
 
 		 526 aa  207  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  29.75 
 
 		 534 aa  207  4e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  31.61 
 
 		 506 aa  203  7e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  30.75 
 
 		 506 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  28.49 
 
 		 518 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  29.26 
 
 		 514 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  28.49 
 
 		 518 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  31.18 
 
 		 506 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  28.29 
 
 		 518 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  28.29 
 
 		 518 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  28.29 
 
 		 518 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  28.29 
 
 		 518 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 		 506 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  32.4 
 
 		 519 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  29.96 
 
 		 515 aa  197  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  31 
 
 		 518 aa  198  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  28.69 
 
 		 518 aa  197  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  28.1 
 
 		 497 aa  196  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  28.6 
 
 		 518 aa  195  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  30.44 
 
 		 518 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  30.15 
 
 		 518 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  30.44 
 
 		 518 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  30.44 
 
 		 518 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.72 
 
 		 516 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  30.23 
 
 		 518 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  31.31 
 
 		 516 aa  190  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  38.91 
 
 		 516 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.53 
 
 		 516 aa  187  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.33 
 
 		 516 aa  186  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  32.55 
 
 		 534 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  31.87 
 
 		 534 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  31.87 
 
 		 534 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.59 
 
 		 504 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  40.16 
 
 		 1346 aa  177  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  37.79 
 
 		 530 aa  177  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.49 
 
 		 1006 aa  177  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  27.82 
 
 		 489 aa  176  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0505  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.32 
 
 		 952 aa  176  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.27 
 
 		 777 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.23 
 
 		 755 aa  174  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 		 522 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.57 
 
 		 1276 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1976  PAS:GGDEF  38.46 
 
 		 963 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.57 
 
 		 1282 aa  172  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3380  GGDEF domain-containing protein  39.92 
 
 		 1479 aa  171  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  40.08 
 
 		 1278 aa  171  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.6 
 
 		 862 aa  171  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  39.53 
 
 		 1491 aa  171  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.4 
 
 		 929 aa  170  5e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.53 
 
 		 706 aa  169  8e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.34 
 
 		 710 aa  169  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.8 
 
 		 1497 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  28.74 
 
 		 523 aa  169  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  40.57 
 
 		 1410 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.8 
 
 		 1484 aa  169  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.978359  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>