More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3343 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3343  nickel transporter permease NikB  100 
 
 
313 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3006  nickel transporter permease NikB  98.4 
 
 
313 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0438476  normal  0.3014 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  65.18 
 
 
314 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  64.86 
 
 
314 aa  421  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  67.1 
 
 
319 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7614  nickel transporter permease NikB  65.47 
 
 
314 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2276  nickel transporter permease NikB  66.77 
 
 
314 aa  420  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293593  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03326  nickel transporter subunit  61.78 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0238  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  61.78 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4817  nickel transporter permease NikB  61.78 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3844  nickel transporter permease NikB  61.78 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0239  nickel transporter permease NikB  61.78 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3959  nickel transporter permease NikB  61.78 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3676  nickel transporter permease NikB  61.78 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3761  nickel transporter permease NikB  61.78 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03279  hypothetical protein  61.78 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1835  nickel transporter permease NikB  61.78 
 
 
314 aa  376  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.829834  hitchhiker  0.0019148 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1322  nickel transport system permease protein NikB  50 
 
 
310 aa  330  1e-89  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00196564  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.09 
 
 
312 aa  325  6e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0169288  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2401  nickel transporter permease NikB  60.51 
 
 
313 aa  318  7.999999999999999e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  49.35 
 
 
310 aa  318  1e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.57 
 
 
312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
316 aa  263  2e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
334 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0021  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  37.01 
 
 
311 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00143513  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.26 
 
 
306 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
324 aa  236  3e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  37.31 
 
 
334 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
334 aa  228  8e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  39.4 
 
 
339 aa  228  1e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
334 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 
312 aa  226  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40 
 
 
306 aa  225  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
306 aa  225  8e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40 
 
 
306 aa  225  8e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  40 
 
 
306 aa  225  8e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40 
 
 
306 aa  225  8e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
306 aa  225  8e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40 
 
 
306 aa  225  8e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  37.97 
 
 
316 aa  224  1e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40 
 
 
306 aa  225  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  35.82 
 
 
335 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.21 
 
 
309 aa  222  6e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.68 
 
 
306 aa  222  6e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
306 aa  222  8e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.82 
 
 
335 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  36.45 
 
 
316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.52 
 
 
335 aa  219  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
307 aa  219  6e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30112  hitchhiker  0.0000547502 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
335 aa  219  7e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
320 aa  218  7.999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  36.05 
 
 
316 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2031  ABC transporter, permease protein  41.29 
 
 
313 aa  218  1e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.381274  normal  0.768388 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
311 aa  218  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
322 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
322 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
322 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  37.61 
 
 
336 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
309 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
334 aa  216  5.9999999999999996e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
332 aa  215  5.9999999999999996e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.05 
 
 
316 aa  215  7e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  35.74 
 
 
316 aa  215  7e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
335 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  36.72 
 
 
335 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.03 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
316 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
316 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  39.35 
 
 
306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
334 aa  213  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.143224 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.11 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
311 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.184188  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.11 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  39.35 
 
 
306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.72 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  39.35 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  39.35 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  39.35 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0469  nickel ABC transporter, permease protein  37.86 
 
 
309 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
306 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
336 aa  213  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
316 aa  213  4.9999999999999996e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.12 
 
 
336 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  35.82 
 
 
335 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.42 
 
 
316 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.03 
 
 
306 aa  211  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.12 
 
 
319 aa  211  9e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
317 aa  211  1e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  37.66 
 
 
307 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  35.42 
 
 
316 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  35.42 
 
 
316 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
308 aa  210  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  36.25 
 
 
306 aa  210  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  36.25 
 
 
306 aa  210  3e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.25 
 
 
306 aa  209  3e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>