More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3342 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  97.34 
 
 
488 aa  970  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  100 
 
 
524 aa  1066  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  55.49 
 
 
526 aa  585  1e-166  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  55.49 
 
 
526 aa  585  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  54.37 
 
 
526 aa  571  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  54.93 
 
 
524 aa  547  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2277  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding  54.23 
 
 
553 aa  540  1e-152  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0883096  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  50.29 
 
 
524 aa  525  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  53.72 
 
 
538 aa  526  1e-148  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  50.29 
 
 
524 aa  524  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  50.29 
 
 
524 aa  524  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  50.1 
 
 
524 aa  521  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  50.1 
 
 
524 aa  521  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  49.9 
 
 
524 aa  523  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  50.29 
 
 
524 aa  524  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  50.29 
 
 
524 aa  524  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  49.22 
 
 
532 aa  520  1e-146  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  50.1 
 
 
524 aa  521  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  47.87 
 
 
523 aa  494  1e-138  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  45.21 
 
 
513 aa  463  1e-129  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  4.77414e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  46.6 
 
 
544 aa  454  1e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  5.91223e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  42.44 
 
 
539 aa  409  1e-113  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  42.3 
 
 
524 aa  403  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  45.04 
 
 
525 aa  394  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  39.66 
 
 
530 aa  382  1e-105  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  38.2 
 
 
538 aa  366  1e-100  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.23 
 
 
532 aa  319  7e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.23 
 
 
532 aa  319  7e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  33.78 
 
 
532 aa  300  5e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  31.5 
 
 
549 aa  232  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  30.13 
 
 
537 aa  221  2e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  32.33 
 
 
547 aa  218  2e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  32.33 
 
 
544 aa  218  3e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5619  extracellular solute-binding protein  32.1 
 
 
526 aa  216  6e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  32.1 
 
 
538 aa  214  3e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  32.63 
 
 
511 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 
512 aa  194  4e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.68 
 
 
516 aa  192  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  33.5 
 
 
546 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  33.59 
 
 
546 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  33.5 
 
 
546 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  31.22 
 
 
551 aa  166  8e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12520  dipeptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding component  31.45 
 
 
537 aa  165  2e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0296833  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.95 
 
 
524 aa  164  5e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  25.64 
 
 
519 aa  162  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0844  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 
531 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48060  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
525 aa  158  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  28.18 
 
 
526 aa  156  8e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.32073e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.02 
 
 
520 aa  156  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  30.32 
 
 
502 aa  156  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  34.45 
 
 
535 aa  156  9e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
555 aa  156  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
546 aa  155  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.65 
 
 
524 aa  154  4e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  28.54 
 
 
532 aa  154  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
559 aa  153  6e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0381  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
531 aa  153  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  29.9 
 
 
550 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  28.48 
 
 
532 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5193  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
529 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0587295  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  26.88 
 
 
517 aa  150  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.32 
 
 
541 aa  150  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  6.66118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  31.41 
 
 
519 aa  149  8e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.58 
 
 
520 aa  148  2e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0584  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.8 
 
 
528 aa  148  2e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.542939  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0187  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
529 aa  148  2e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  1.20375e-06 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  25.74 
 
 
535 aa  148  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70200  putative binding protein component of ABC dipeptide transporter  28.14 
 
 
526 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  29.96 
 
 
531 aa  147  4e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.25 
 
 
535 aa  147  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.25 
 
 
535 aa  147  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.25 
 
 
535 aa  146  7e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  26.25 
 
 
535 aa  146  7e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  27.96 
 
 
542 aa  146  7e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.25 
 
 
535 aa  146  7e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  26.25 
 
 
535 aa  146  7e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  26.25 
 
 
535 aa  146  7e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  26.25 
 
 
535 aa  146  7e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  29.21 
 
 
541 aa  146  8e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3091  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.6 
 
 
528 aa  146  9e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2283  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.6 
 
 
528 aa  146  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0708849  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2005  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.6 
 
 
528 aa  146  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
531 aa  146  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0091  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.6 
 
 
528 aa  146  9e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0402  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.6 
 
 
528 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.882442  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
544 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  25.56 
 
 
535 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.76 
 
 
545 aa  145  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  29.54 
 
 
533 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2309  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
534 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 
537 aa  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0422  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.39 
 
 
528 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537378  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.3 
 
 
535 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  26.3 
 
 
535 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2923  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
534 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  26.3 
 
 
535 aa  145  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6093  putative dipeptide ABC transporter binding protein subunit  28.14 
 
 
526 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.500432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 
506 aa  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6266  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.84 
 
 
531 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.857663  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.31 
 
 
511 aa  144  3e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>