More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3325 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  98.85 
 
 		 696 aa  1401    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  100 
 
 		 696 aa  1415    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2463  TonB-dependent siderophore receptor, putative  61.91 
 
 		 703 aa  858    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2229  TonB-dependent siderophore receptor  62.55 
 
 		 703 aa  863    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.560265 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0874  TonB-dependent siderophore receptor  63.13 
 
 		 701 aa  867    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  57.61 
 
 		 703 aa  794    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  75.29 
 
 		 692 aa  1055    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  57.69 
 
 		 708 aa  792    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  53.12 
 
 		 709 aa  733    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  46.91 
 
 		 708 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  45.15 
 
 		 708 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  46.65 
 
 		 710 aa  565  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  44.75 
 
 		 709 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  45.1 
 
 		 734 aa  560  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  44.17 
 
 		 711 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3124  TonB-dependent siderophore receptor  44.69 
 
 		 710 aa  548  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.319333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1141  TonB-dependent siderophore receptor  44.43 
 
 		 736 aa  546  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3294  TonB-dependent siderophore receptor, putative  43.24 
 
 		 711 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1202  TonB-dependent siderophore receptor  43.86 
 
 		 714 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534631  normal  0.117708 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1362  TonB-dependent siderophore receptor  43.78 
 
 		 732 aa  538  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.619941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5875  TonB-dependent siderophore receptor  42.36 
 
 		 689 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18447 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6070  TonB-dependent siderophore receptor  42.84 
 
 		 738 aa  515  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3808  TonB-dependent siderophore receptor  42.75 
 
 		 741 aa  498  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.071582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4886  TonB-dependent siderophore receptor  42.46 
 
 		 730 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.928986 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4225  TonB-dependent siderophore receptor  42.68 
 
 		 689 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3406  TonB-dependent siderophore receptor  42.94 
 
 		 722 aa  491  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.155193  decreased coverage  0.0000340201 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  40.57 
 
 		 689 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8274  TonB-dependent siderophore receptor  42.75 
 
 		 715 aa  478  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0140393  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  38.84 
 
 		 701 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  39.03 
 
 		 757 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  38.69 
 
 		 722 aa  448  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2387  TonB-dependent siderophore receptor  38 
 
 		 712 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4928  TonB-dependent siderophore receptor  38.56 
 
 		 701 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92165  normal  0.0613128 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5483  TonB-dependent siderophore receptor  38.42 
 
 		 701 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00706275 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6317  TonB-dependent siderophore receptor  39.04 
 
 		 701 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585153  normal  0.21494 
 
 
-
 
NC_003296  RS03023  putative ferrisiderophore receptor protein  39.44 
 
 		 703 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.269425 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6494  TonB-dependent siderophore receptor  38.76 
 
 		 701 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6729  TonB-dependent siderophore receptor  38.76 
 
 		 701 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  40.3 
 
 		 722 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1120  TonB-dependent siderophore receptor  37.37 
 
 		 701 aa  418  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  34.62 
 
 		 724 aa  392  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  34.81 
 
 		 724 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  34.73 
 
 		 723 aa  391  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  34.74 
 
 		 702 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  34.74 
 
 		 702 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  34.77 
 
 		 715 aa  381  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3611  homoserine O-acetyltransferase  36.08 
 
 		 699 aa  376  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000219924  decreased coverage  0.00028675 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0192  TonB-dependent siderophore receptor  35.58 
 
 		 710 aa  378  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  33.44 
 
 		 707 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  33.43 
 
 		 714 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2950  TonB-dependent siderophore receptor  32.42 
 
 		 720 aa  366  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04088  TonB-dependent outer membrane Receptor  35.59 
 
 		 713 aa  368  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  33.24 
 
 		 720 aa  360  7e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  33.53 
 
 		 720 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  33.1 
 
 		 720 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  33.1 
 
 		 720 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01528  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 		 720 aa  339  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  34.74 
 
 		 860 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000275089 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2122  TonB-dependent siderophore receptor  33.57 
 
 		 726 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.892393  normal  0.0378186 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2399  TonB-dependent siderophore receptor  33.52 
 
 		 726 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0010  TonB-dependent siderophore receptor  33.59 
 
 		 864 aa  328  2.0000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.144404  decreased coverage  0.00213669 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2076  TonB-dependent siderophore receptor  33.48 
 
 		 743 aa  325  2e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  34.16 
 
 		 850 aa  324  3e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0148  TonB-dependent siderophore receptor  32.81 
 
 		 862 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.732956  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2414  TonB-dependent siderophore receptor  34.13 
 
 		 817 aa  315  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.281451 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0150  TonB-dependent siderophore receptor  32.65 
 
 		 843 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.13947  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1780  TonB-dependent siderophore receptor  32.77 
 
 		 726 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.276971 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  33.54 
 
 		 859 aa  303  7.000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  32.78 
 
 		 799 aa  302  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0229  putative TonB-dependent receptor  33.61 
 
 		 795 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  32.36 
 
 		 721 aa  295  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3082  TonB-dependent siderophore receptor  31.81 
 
 		 825 aa  294  3e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  33.23 
 
 		 707 aa  293  7e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  31.94 
 
 		 815 aa  293  9e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4588  TonB-dependent siderophore receptor  34.06 
 
 		 796 aa  293  9e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3039  TonB-dependent siderophore receptor  31.66 
 
 		 825 aa  293  9e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01870  putative TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 795 aa  291  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.554245 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2410  TonB-dependent siderophore receptor  31.75 
 
 		 837 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.110935  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4606  TonB-dependent siderophore receptor  34.45 
 
 		 796 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0858  TonB-dependent siderophore receptor  32.45 
 
 		 796 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4465  TonB-dependent siderophore receptor  34.16 
 
 		 796 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6052  putative TonB-dependent siderophore receptor  32.79 
 
 		 766 aa  283  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0293  TonB-dependent siderophore receptor  32.54 
 
 		 698 aa  283  9e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0815  TonB-dependent siderophore receptor  31.09 
 
 		 714 aa  281  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0815  TonB-dependent siderophore receptor  31.09 
 
 		 714 aa  281  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806497  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1126  TonB-dependent siderophore receptor  32.86 
 
 		 708 aa  280  7e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.984983  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  32.35 
 
 		 792 aa  280  7e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0155  TonB-dependent siderophore receptor  31.09 
 
 		 677 aa  279  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000133249 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0931  TonB-dependent siderophore receptor  31.87 
 
 		 809 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79278  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1057  TonB-dependent siderophore receptor  33.43 
 
 		 719 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0283  TonB-dependent siderophore receptor  31.93 
 
 		 689 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  30.62 
 
 		 806 aa  269  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0267  TonB-dependent siderophore receptor  32.08 
 
 		 689 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0216741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  31.24 
 
 		 700 aa  267  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  31.51 
 
 		 810 aa  267  5e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  31.92 
 
 		 724 aa  266  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3574  TonB-dependent siderophore receptor, putative  30.1 
 
 		 706 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3345  TonB-dependent siderophore receptor  29.86 
 
 		 705 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0305411 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  29.3 
 
 		 707 aa  265  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  31.21 
 
 		 801 aa  261  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>