More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3223 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 		 539 aa  1102    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  73.23 
 
 		 542 aa  828    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  72.36 
 
 		 543 aa  817    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  76.62 
 
 		 587 aa  851    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 557 aa  497  1e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  37.13 
 
 		 535 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  38.33 
 
 		 558 aa  286  1.0000000000000001e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  36.66 
 
 		 562 aa  274  3e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  38.28 
 
 		 532 aa  249  7e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  32.4 
 
 		 542 aa  233  9e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  33.27 
 
 		 554 aa  229  1e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  32.44 
 
 		 562 aa  221  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  30.24 
 
 		 537 aa  218  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  30.04 
 
 		 537 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.74 
 
 		 542 aa  217  4e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  31.83 
 
 		 541 aa  217  5e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  32.33 
 
 		 547 aa  198  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  32.2 
 
 		 551 aa  197  6e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 557 aa  196  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.72 
 
 		 543 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  32.53 
 
 		 546 aa  191  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  31.6 
 
 		 541 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  31.75 
 
 		 547 aa  190  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  30.82 
 
 		 545 aa  187  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  31.09 
 
 		 535 aa  184  3e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 		 511 aa  184  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  30.42 
 
 		 554 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 556 aa  181  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  30.27 
 
 		 555 aa  181  4e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.81 
 
 		 550 aa  179  1e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  31.34 
 
 		 546 aa  177  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 		 546 aa  176  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 		 546 aa  176  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  30.18 
 
 		 560 aa  175  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  29.66 
 
 		 545 aa  172  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  32.52 
 
 		 550 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  29.86 
 
 		 550 aa  163  8.000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.92 
 
 		 550 aa  163  9e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  29.23 
 
 		 551 aa  161  2e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  31.17 
 
 		 551 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  29.92 
 
 		 554 aa  148  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  26.61 
 
 		 553 aa  146  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  29.19 
 
 		 560 aa  143  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  26.86 
 
 		 544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  28.92 
 
 		 526 aa  136  8e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.92 
 
 		 526 aa  136  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  26.26 
 
 		 547 aa  136  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  26.37 
 
 		 530 aa  134  6e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  27.04 
 
 		 526 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 		 396 aa  127  7e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.274162  normal  0.302095 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.85 
 
 		 575 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.72 
 
 		 529 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  26.98 
 
 		 562 aa  125  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.73 
 
 		 516 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  27.72 
 
 		 575 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  27.72 
 
 		 575 aa  120  7e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.78 
 
 		 524 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.68 
 
 		 515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26.25 
 
 		 565 aa  118  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  27.66 
 
 		 547 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  27.66 
 
 		 544 aa  117  6e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.83 
 
 		 555 aa  116  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.73 
 
 		 532 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.73 
 
 		 532 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6472  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  28.32 
 
 		 495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.149439  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  26.24 
 
 		 538 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.01 
 
 		 559 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.93 
 
 		 575 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.75 
 
 		 508 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 559 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  23.59 
 
 		 535 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.62 
 
 		 575 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.22 
 
 		 529 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  25.83 
 
 		 575 aa  114  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  26.76 
 
 		 575 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2972  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 531 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.6 
 
 		 534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  25.73 
 
 		 519 aa  111  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 575 aa  111  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 601 aa  111  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.25 
 
 		 525 aa  111  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0468  extracellular solute-binding protein family 5  27.45 
 
 		 528 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.03 
 
 		 528 aa  110  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 498 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  24.04 
 
 		 532 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 		 497 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.53 
 
 		 566 aa  108  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 529 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 528 aa  108  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 575 aa  107  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 564 aa  107  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 509 aa  107  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.95 
 
 		 541 aa  107  6e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 531 aa  107  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1058  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 		 563 aa  107  6e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.271211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  28.51 
 
 		 524 aa  107  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25 
 
 		 513 aa  107  7e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 567 aa  106  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 		 502 aa  106  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48060  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 525 aa  106  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>