More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3203 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3203  major facilitator family transporter  100 
 
 
396 aa  748  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5599  MFS permease  39.06 
 
 
409 aa  232  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0103411  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3196  major facilitator transporter  39.73 
 
 
414 aa  224  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6118  major facilitator transporter  43.58 
 
 
409 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3440  major facilitator transporter  39.77 
 
 
402 aa  222  1e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3273  major facilitator transporter  43.58 
 
 
409 aa  213  5e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0542458 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4891  major facilitator transporter  43.58 
 
 
409 aa  213  5e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.390253  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6916  major facilitator transporter  43.58 
 
 
409 aa  213  6e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6406  major facilitator transporter  43.58 
 
 
409 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0875  major facilitator transporter  34.28 
 
 
403 aa  194  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0013  major facilitator superfamily MFS_1  35.26 
 
 
388 aa  183  4e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0711  major facilitator transporter  31.73 
 
 
410 aa  176  6e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1994  major facilitator transporter  31.01 
 
 
397 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1662  major facilitator superfamily MFS_1  34.4 
 
 
381 aa  156  5e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.127475 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1679  major facilitator superfamily protein  26.36 
 
 
423 aa  147  2e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1855  major facilitator superfamily protein  26.36 
 
 
423 aa  148  2e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.14226  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2059  major facilitator superfamily protein  26.36 
 
 
423 aa  147  4e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3394  GGDEF  30.13 
 
 
421 aa  132  8e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.50121 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2615  major facilitator transporter  33.13 
 
 
404 aa  130  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.164819 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2615  major facilitator superfamily MFS_1  27.25 
 
 
414 aa  122  8e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2112  major facilitator transporter  30.03 
 
 
408 aa  116  8e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4214  major facilitator superfamily MFS_1  26.9 
 
 
414 aa  110  4e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0679  major facilitator transporter  34.69 
 
 
357 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.853953  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3739  major facilitator transporter  30.25 
 
 
403 aa  106  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3637  major facilitator transporter  28.49 
 
 
405 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476152  normal  0.71441 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0297  hypothetical protein  26.39 
 
 
373 aa  102  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3924  major facilitator superfamily MFS_1  29.13 
 
 
400 aa  100  3e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2090  major facilitator transporter  28.4 
 
 
410 aa  97.4  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.106737  normal  0.893845 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2355  major facilitator superfamily MFS_1  29.06 
 
 
385 aa  92  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1268  major facilitator superfamily transporter  31.56 
 
 
388 aa  90.5  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.925266  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0592  major facilitator superfamily MFS_1  33.43 
 
 
383 aa  87.4  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0179102 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0790  major facilitator superfamily MFS_1  25.68 
 
 
388 aa  85.5  1e-15  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.284205  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0704  major facilitator superfamily MFS_1  30 
 
 
394 aa  83.6  6e-15  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1647  major facilitator superfamily protein  29.64 
 
 
386 aa  82.8  1e-14  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.761188  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2983  major facilitator superfamily MFS_1  28.66 
 
 
404 aa  82  2e-14  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2117  major facilitator superfamily MFS_1  29.41 
 
 
391 aa  80.9  4e-14  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  1.91868e-06  normal  0.363164 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3646  major facilitator transporter  29.29 
 
 
410 aa  80.1  6e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal  0.71441 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2079  major facilitator transporter  26.63 
 
 
423 aa  79.7  7e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.816032  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4231  major facilitator superfamily MFS_1  28.65 
 
 
415 aa  78.2  2e-13  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0686  major facilitator superfamily MFS_1  29.83 
 
 
411 aa  72.4  1e-11  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.626773  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0874  major facilitator superfamily permease  20.65 
 
 
399 aa  66.2  1e-09  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2281  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  23.99 
 
 
412 aa  66.2  1e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.1602e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1860  major facilitator superfamily MFS_1  24.63 
 
 
407 aa  65.1  2e-09  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.209124 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0947  drug resistance transporter  23.12 
 
 
392 aa  63.9  4e-09  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2576  major facilitator superfamily MFS_1  28.65 
 
 
420 aa  62.8  1e-08  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.309715  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0735  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  22.82 
 
 
388 aa  62.8  1e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0719  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  22.82 
 
 
388 aa  62.8  1e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1990  putative multidrug resistance protein  25.87 
 
 
409 aa  62.8  1e-08  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.492861  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0494  molybdopterin biosynthesis protein  23.75 
 
 
386 aa  62.8  1e-08  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2685  major facilitator superfamily MFS_1  25.97 
 
 
400 aa  61.6  2e-08  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0160306  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0273  major facilitator transporter  22.69 
 
 
405 aa  60.5  5e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.473201  normal  0.019317 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2219  major facilitator transporter  28.92 
 
 
384 aa  60.1  7e-08  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1653  major facilitator superfamily MFS_1  28.45 
 
 
392 aa  59.3  1e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0146262  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0682  major facilitator superfamily MFS_1  30.77 
 
 
397 aa  59.7  1e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260378  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2068  major facilitator transporter  29.33 
 
 
395 aa  58.2  2e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.731019  normal  0.214462 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1447  major facilitator superfamily MFS_1  26.21 
 
 
399 aa  58.5  2e-07  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.320461  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0113  major facilitator superfamily permease  26.78 
 
 
387 aa  58.5  2e-07  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000201698  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  32.12 
 
 
397 aa  58.9  2e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1834  major facilitator transporter  30.71 
 
 
418 aa  58.2  3e-07  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.711974  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2460  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.42 
 
 
403 aa  57.8  3e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.154885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2509  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.42 
 
 
403 aa  57.8  3e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1785  major facilitator transporter  32.06 
 
 
422 aa  57.4  4e-07  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00132489  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1308  major facilitator transporter  25.8 
 
 
404 aa  57.4  4e-07  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000644714  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1479  major facilitator transporter  30.77 
 
 
405 aa  57  5e-07  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.675029 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3242  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.47 
 
 
425 aa  57.4  5e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2023  putative multidrug resistance protein  25.51 
 
 
432 aa  56.6  7e-07  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.52874e-46 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1819  multidrug resistance protein  25.51 
 
 
432 aa  56.6  7e-07  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.310045  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1254  general substrate transporter  30.53 
 
 
449 aa  56.6  8e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0743  major facilitator family transporter  22.69 
 
 
393 aa  56.6  8e-07  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.23331  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3507  major facilitator transporter  29.55 
 
 
398 aa  56.6  8e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1938  major facilitator transporter  30 
 
 
443 aa  56.6  8e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.829808  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0707  major facilitator family transporter  22.69 
 
 
393 aa  56.6  8e-07  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2378  major facilitator superfamily MFS_1  25.88 
 
 
415 aa  56.6  8e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1726  major facilitator transporter  31.3 
 
 
421 aa  56.2  9e-07  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3856  major facilitator transporter  32.35 
 
 
405 aa  55.8  1e-06  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437041  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0803  major facilitator family protein  23.65 
 
 
383 aa  55.8  1e-06  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.02025  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2968  major facilitator superfamily MFS_1  29.85 
 
 
414 aa  55.8  1e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0277943 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0116  major facilitator transporter  27.17 
 
 
406 aa  56.2  1e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  30.1 
 
 
421 aa  55.8  1e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1901  major facilitator superfamily MFS_1  27.21 
 
 
405 aa  55.1  2e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209847  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  22.16 
 
 
387 aa  55.1  2e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1833  multidrug efflux transport protein EefD  28.07 
 
 
387 aa  55.1  2e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  hitchhiker  4.36585e-05 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3218  major facilitator transporter  17.92 
 
 
385 aa  54.3  3e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1256  major facilitator superfamily protein  28.42 
 
 
407 aa  54.7  3e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.684184  normal  0.0983357 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2371  major facilitator superfamily MFS_1  23.35 
 
 
425 aa  54.7  3e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1574  major facilitator superfamily permease  23.38 
 
 
403 aa  54.7  3e-06  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1930  multidrug efflux transport protein EefD  27.63 
 
 
387 aa  53.9  4e-06  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00624404 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2158  major facilitator superfamily transporter  34 
 
 
513 aa  54.3  4e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139146  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0813  major facilitator family transporter  23.42 
 
 
393 aa  54.3  4e-06  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4101  major facilitator superfamily MFS_1  31.43 
 
 
426 aa  53.9  5e-06  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  28.5 
 
 
414 aa  53.9  5e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4105  major facilitator family transporter  27.95 
 
 
479 aa  53.5  6e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0134  major facilitator superfamily permease  22.28 
 
 
332 aa  53.5  6e-06  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0010  major facilitator family transporter  28.38 
 
 
471 aa  53.1  8e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0658  major facilitator transporter  21.3 
 
 
392 aa  52.8  1e-05  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0232  major facilitator superfamily MFS_1  29.21 
 
 
380 aa  52.8  1e-05  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4131  major facilitator superfamily MFS_1  30.71 
 
 
426 aa  52.8  1e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0530  major facilitator superfamily MFS_1  24.75 
 
 
401 aa  52.8  1e-05  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  6.69622e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21760  major facilitator superfamily MFS_1  24.93 
 
 
400 aa  52.8  1e-05  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3989  major facilitator superfamily transporter  31.43 
 
 
426 aa  52.8  1e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>