More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3170 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 		 303 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  97.69 
 
 		 303 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  92.38 
 
 		 303 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 312 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  55.63 
 
 		 307 aa  346  3e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  51.18 
 
 		 344 aa  318  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 310 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 307 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.1 
 
 		 305 aa  232  5e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  43.4 
 
 		 293 aa  226  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 304 aa  218  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 313 aa  215  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 294 aa  212  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 322 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 323 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 323 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 289 aa  209  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 296 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 300 aa  206  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.51 
 
 		 302 aa  205  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 324 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.91 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.25 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 289 aa  203  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 338 aa  201  9e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 289 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 367 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 355 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 367 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  37.41 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 353 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 349 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 349 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 349 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 349 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 349 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.85 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 349 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.43 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 349 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>