226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3168 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  97.6 
 
 		 416 aa  836    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  100 
 
 		 416 aa  853    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  99.52 
 
 		 416 aa  852    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  90.14 
 
 		 416 aa  788    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  59.85 
 
 		 423 aa  510  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  61.96 
 
 		 430 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  59.75 
 
 		 431 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  60.45 
 
 		 430 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  60.71 
 
 		 430 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  54.07 
 
 		 428 aa  444  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  48.21 
 
 		 417 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  47.02 
 
 		 417 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  48.69 
 
 		 416 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  46.57 
 
 		 422 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  47.83 
 
 		 416 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  46.65 
 
 		 418 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  46.56 
 
 		 417 aa  353  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  46.56 
 
 		 417 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  45.77 
 
 		 418 aa  351  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  46.65 
 
 		 418 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  45.37 
 
 		 418 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  45.66 
 
 		 417 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  46.4 
 
 		 418 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  46.32 
 
 		 422 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  48.49 
 
 		 429 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  48.74 
 
 		 429 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  43.87 
 
 		 419 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  44.52 
 
 		 422 aa  341  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  45.58 
 
 		 422 aa  340  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  46.32 
 
 		 415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  47.99 
 
 		 429 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  46.43 
 
 		 395 aa  339  7e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  43.54 
 
 		 412 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  47.74 
 
 		 429 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  43.54 
 
 		 412 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  43.3 
 
 		 412 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  43.2 
 
 		 412 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  44.77 
 
 		 415 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  45.58 
 
 		 421 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  45.35 
 
 		 421 aa  333  4e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  43.86 
 
 		 416 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  43.67 
 
 		 424 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  46.32 
 
 		 421 aa  328  7e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  44.12 
 
 		 410 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  45.11 
 
 		 428 aa  327  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  44.86 
 
 		 426 aa  326  4.0000000000000003e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  44.86 
 
 		 427 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  46.21 
 
 		 412 aa  322  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  42.51 
 
 		 405 aa  319  5e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  43.81 
 
 		 423 aa  318  9e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  43.86 
 
 		 427 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  43.27 
 
 		 421 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  42.58 
 
 		 422 aa  315  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  43.39 
 
 		 424 aa  312  7.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  43.48 
 
 		 418 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  44.52 
 
 		 416 aa  310  4e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  41.73 
 
 		 416 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  44.34 
 
 		 421 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  43.86 
 
 		 417 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  44.66 
 
 		 410 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  43.13 
 
 		 409 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  43.86 
 
 		 417 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  44.21 
 
 		 417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  41.84 
 
 		 426 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  43.75 
 
 		 417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  43.4 
 
 		 409 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  42.24 
 
 		 433 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  43.97 
 
 		 410 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  44.42 
 
 		 410 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  40.67 
 
 		 420 aa  301  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  41.29 
 
 		 433 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  45.2 
 
 		 429 aa  300  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  41.77 
 
 		 429 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  42.45 
 
 		 439 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  40.57 
 
 		 433 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  40.76 
 
 		 420 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  40.52 
 
 		 420 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  40.74 
 
 		 433 aa  295  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  41.92 
 
 		 418 aa  293  6e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  39.71 
 
 		 413 aa  292  9e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  41.6 
 
 		 418 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  41.32 
 
 		 417 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  39.86 
 
 		 427 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  42.14 
 
 		 416 aa  286  5e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  40.25 
 
 		 411 aa  285  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  40.9 
 
 		 430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  41.87 
 
 		 416 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  39.9 
 
 		 423 aa  276  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  39.59 
 
 		 442 aa  276  4e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  39.66 
 
 		 423 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  40.14 
 
 		 424 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  38.93 
 
 		 427 aa  274  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  40.35 
 
 		 402 aa  273  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  39.61 
 
 		 431 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  40.83 
 
 		 408 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  39.12 
 
 		 431 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  41.28 
 
 		 408 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  38.86 
 
 		 440 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  38.53 
 
 		 460 aa  269  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  40.04 
 
 		 445 aa  268  8.999999999999999e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>