137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3156 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  100 
 
 		 296 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  99.32 
 
 		 296 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  95.27 
 
 		 296 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  91.89 
 
 		 296 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  37.29 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  39.93 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  37.09 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  35.14 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  34.46 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  34.98 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3288  universal stress protein  34.97 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2470  UspA domain-containing protein  35.62 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  29.39 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  28.72 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1667  universal stress protein family  34.69 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105926  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  33.77 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  29.22 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  28.43 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3029  UspA domain-containing protein  29.53 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  31.54 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  26.95 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  25.73 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  27.78 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  27.12 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  26.38 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  25.73 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2468  UspA domain-containing protein  29.32 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51316  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  25.32 
 
 		 311 aa  99  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  25.73 
 
 		 310 aa  98.2  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3290  universal stress protein  28.66 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  27.36 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  27.04 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  27.04 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  25.82 
 
 		 310 aa  96.3  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  27.04 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 316 aa  95.9  7e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  27.18 
 
 		 316 aa  95.9  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  26.71 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  25.82 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  25.82 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  25.82 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  26.71 
 
 		 315 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  25.49 
 
 		 310 aa  93.2  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  26.71 
 
 		 315 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  26.71 
 
 		 315 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  26.71 
 
 		 315 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  25.32 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  25.32 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  26.21 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  28.38 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  26.71 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  23.32 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  26.38 
 
 		 315 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  22.65 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  30.67 
 
 		 304 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3294  universal stress protein  25.75 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.949607  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  24.1 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  24.1 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  24.1 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  30.23 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  24.1 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  24.1 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  23.86 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  30.98 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  25.24 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  25.73 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  23.7 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  23.38 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  24.51 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  26.94 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  27.3 
 
 		 327 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  22.45 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  25.4 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  27.76 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  27.65 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  25.08 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2451  UspA domain-containing protein  28.7 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512934 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  25.42 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  26.72 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  26.26 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  24.73 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  26 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  25.75 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  26 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1974  hypothetical protein  29.05 
 
 		 166 aa  57.4  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  21.38 
 
 		 271 aa  57.4  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0504  UspA domain-containing protein  31.76 
 
 		 151 aa  57.4  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00200377  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  25.33 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  28.38 
 
 		 150 aa  54.7  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  24.23 
 
 		 326 aa  54.7  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  25.93 
 
 		 287 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  21.4 
 
 		 297 aa  53.5  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  26.96 
 
 		 316 aa  53.5  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  25.68 
 
 		 144 aa  52.4  0.000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1497  hypothetical protein  30.99 
 
 		 140 aa  52.4  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1486  hypothetical protein  30.99 
 
 		 140 aa  52  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>