More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3143 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
313 aa  634    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 
313 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  98.72 
 
 
313 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  95.5 
 
 
321 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  82.37 
 
 
315 aa  522  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  67.77 
 
 
303 aa  424  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  67.33 
 
 
303 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  61.79 
 
 
307 aa  381  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0526  transcriptional regulator, LysR family  57.77 
 
 
320 aa  323  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
314 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 
317 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 
295 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.7 
 
 
308 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.8 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.8 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
308 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.58 
 
 
303 aa  189  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 
299 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
308 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.67 
 
 
312 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 
306 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 
300 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.54 
 
 
311 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  36.54 
 
 
311 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  36.21 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 
311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  36.39 
 
 
315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  36.21 
 
 
311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.22 
 
 
306 aa  182  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
307 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.95 
 
 
307 aa  182  9.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
311 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.47 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.47 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.47 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.47 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.47 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.09 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.47 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
317 aa  179  4e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.47 
 
 
321 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.83 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.49 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.2 
 
 
305 aa  179  7e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.83 
 
 
305 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.83 
 
 
305 aa  178  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.83 
 
 
305 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.46 
 
 
312 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.46 
 
 
307 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.46 
 
 
312 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.49 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  176  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 
320 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 
303 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.12 
 
 
307 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4613  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
323 aa  175  8e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.45 
 
 
303 aa  175  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.12 
 
 
312 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
318 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 
302 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1623  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.49 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0314  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 
310 aa  172  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
290 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
290 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
290 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  37.93 
 
 
294 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
290 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
294 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
300 aa  172  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
315 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>