89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3094 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3094  hypothetical protein  100 
 
 
240 aa  483  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0518827  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2628  hypothetical protein  100 
 
 
240 aa  483  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.189737  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2504  putative lipoprotein  90 
 
 
240 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2770  hypothetical protein  92.92 
 
 
240 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0124762  normal  0.552799 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4959  hypothetical protein  60.83 
 
 
251 aa  297  9e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261667  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2265  putative lipoprotein  42.86 
 
 
181 aa  155  6e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1180  putative type VI secretion protein VasD-1  28.48 
 
 
154 aa  72.4  6e-12  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0234801  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0101  hypothetical protein  30.19 
 
 
160 aa  71.2  1e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000013  type VI secretion lipoprotein/VasD  29.29 
 
 
151 aa  70.1  3e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2179  putative lipoprotein  36.19 
 
 
189 aa  69.7  4e-11  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.18689e-11  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01967  putative transmembrane protein  30.77 
 
 
193 aa  68.9  7e-11  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.77679  normal  0.402218 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3647  putative lipoprotein  33.33 
 
 
204 aa  67.4  2e-10  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3638  putative lipoprotein  33.33 
 
 
204 aa  67.4  2e-10  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00119915  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3663  putative lipoprotein  33.33 
 
 
200 aa  67  3e-10  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.353625  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2966  hypothetical protein  31.82 
 
 
292 aa  66.6  3e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0379  hypothetical protein  36.75 
 
 
202 aa  66.2  5e-10  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0510591  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4911  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  33.33 
 
 
210 aa  65.5  6e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.03231e-07  hitchhiker  0.009082 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0443  hypothetical protein  36.75 
 
 
203 aa  64.7  1e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303253  normal  0.490833 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0166  hypothetical protein  39.6 
 
 
207 aa  65.1  1e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0465  hypothetical protein  36.75 
 
 
203 aa  64.7  1e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.144688  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2932  hypothetical protein  40 
 
 
203 aa  64.3  1e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.147593  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2641  hypothetical protein  36.75 
 
 
203 aa  64.7  1e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212724  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5580  putative lipoprotein  29.25 
 
 
166 aa  63.9  2e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3557  hypothetical protein  36.75 
 
 
203 aa  64.3  2e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0566246  normal  0.386059 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0400  hypothetical protein  35.9 
 
 
202 aa  64.3  2e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000206514  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5421  lipoprotein, putative  33.67 
 
 
166 aa  63.5  3e-09  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26740  hypothetical protein  30.3 
 
 
192 aa  62.8  5e-09  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251057  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3243  hypothetical protein  27.92 
 
 
178 aa  62.4  7e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.795372  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3606  putative lipoprotein  33.67 
 
 
168 aa  61.6  1e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42940  putative lipoprotein  33.67 
 
 
168 aa  61.2  1e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.177757 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1208  putative lipoprotein  28.26 
 
 
191 aa  59.3  5e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0396  putative lipoprotein  28.26 
 
 
179 aa  59.3  5e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0891925  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02043  lipoprotein, putative  30.72 
 
 
202 aa  58.9  8e-08  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1590  putative lipoprotein  29.76 
 
 
172 aa  58.5  8e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2843  putative lipoprotein  29.76 
 
 
172 aa  58.5  8e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0445  putative lipoprotein  29.76 
 
 
172 aa  58.5  8e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2968  putative lipoprotein  29.76 
 
 
172 aa  58.5  8e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1775  putative lipoprotein  29.76 
 
 
172 aa  58.5  8e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0409935  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5275  hypothetical protein  30.67 
 
 
212 aa  57.8  1e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.174651  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2091  hypothetical protein  29.09 
 
 
156 aa  57.8  1e-07  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0552  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  35.05 
 
 
171 aa  58.2  1e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6111  hypothetical protein  27.65 
 
 
168 aa  58.2  1e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.24398 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1525  hypothetical protein  26.09 
 
 
164 aa  56.2  5e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1595  hypothetical protein  27.11 
 
 
171 aa  55.5  8e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204412  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2376  hypothetical protein  29.47 
 
 
156 aa  55.1  9e-07  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2551  hypothetical protein  30.53 
 
 
163 aa  55.1  1e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0273704  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1802  hypothetical protein  30.61 
 
 
181 aa  54.3  2e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.56234  normal  0.0484163 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0637  hypothetical protein  27.86 
 
 
189 aa  53.5  3e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.193066 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3659  hypothetical protein  27.21 
 
 
172 aa  53.5  3e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.177991  normal  0.259907 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1105  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  27.41 
 
 
177 aa  53.1  4e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0318  type VI secretion lipoprotein, family  26.21 
 
 
163 aa  53.1  4e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0341521  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0306  type VI secretion lipoprotein  26.21 
 
 
163 aa  53.1  4e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.157499  normal  0.0453584 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0312  type VI secretion lipoprotein, family  26.72 
 
 
163 aa  52.4  6e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.544183 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0301  SciN protein  26.72 
 
 
163 aa  52.4  6e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.589759 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1202  hypothetical protein  25.32 
 
 
163 aa  52.4  7e-06  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2487  hypothetical protein  26.49 
 
 
193 aa  51.6  1e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2808  hypothetical protein  31.18 
 
 
154 aa  51.6  1e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.58047e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0051  hypothetical protein  33.64 
 
 
190 aa  51.6  1e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0251  putative lipoprotein  31.82 
 
 
172 aa  51.2  1e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2995  hypothetical protein  26.49 
 
 
193 aa  51.6  1e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  4.78166e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0234  type VI secretion lipoprotein  25.36 
 
 
174 aa  51.2  1e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2319  hypothetical protein  33.33 
 
 
155 aa  50.4  2e-05  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00471412  hitchhiker  0.00131937 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2585  hypothetical protein  25.83 
 
 
193 aa  50.8  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.788173  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1116  putative type VI secretion protein VasD  22.86 
 
 
162 aa  50.8  2e-05  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1224  type VI secretion lipoprotein family protein  26.67 
 
 
177 aa  50.4  3e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.804985 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0240  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  24.64 
 
 
174 aa  49.7  4e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2523  hypothetical protein  26.53 
 
 
176 aa  49.7  4e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365008  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0232  type VI secretion lipoprotein  24.64 
 
 
174 aa  49.3  5e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00960  putative lipoprotein  30.84 
 
 
154 aa  49.7  5e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0194597  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3843  putative lipoprotein  29.37 
 
 
199 aa  48.5  9e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00099713  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0802  hypothetical protein  25.17 
 
 
193 aa  47.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1076  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  24.49 
 
 
174 aa  47.4  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.556943  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3025  putative lipoprotein  26.59 
 
 
180 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0151  putative lipoprotein  29.91 
 
 
154 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0107069  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3249  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  25.34 
 
 
173 aa  46.6  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0210  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  22.38 
 
 
156 aa  46.2  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154927  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0937  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  25.19 
 
 
170 aa  46.2  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.731961  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0925  hypothetical protein  28.95 
 
 
167 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0124  putative lipoprotein  30 
 
 
180 aa  44.7  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1212  hypothetical protein  28.95 
 
 
167 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.822471  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3727  hypothetical protein  24.66 
 
 
177 aa  44.7  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.161314  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0983  hypothetical protein  26.32 
 
 
167 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2187  SciN protein  28.95 
 
 
167 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0025  putative lipoprotein  27.55 
 
 
158 aa  45.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.567085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0319  putative lipoprotein  29.58 
 
 
181 aa  45.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0392  putative lipoprotein  29.58 
 
 
181 aa  45.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1912  hypothetical protein  28.95 
 
 
167 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0160  SciN protein  30 
 
 
210 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0137  SciN protein  30 
 
 
180 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>