156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3092 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3092  hypothetical protein  100 
 
 		 238 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2630  hypothetical protein  99.16 
 
 		 238 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.248355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2772  hypothetical protein  96.64 
 
 		 238 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0590674  normal  0.439335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2502  hypothetical protein  93.7 
 
 		 238 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4961  hypothetical protein  84.45 
 
 		 237 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2263  hypothetical protein  58.65 
 
 		 237 aa  281  6.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2181  hypothetical protein  35.81 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0744334  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01969  hypothetical protein  41 
 
 		 263 aa  155  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.291783 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4909  type IV / VI secretion system protein, DotU family  38.71 
 
 		 260 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0340153  normal  0.0265168 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3555  hypothetical protein  37.05 
 
 		 260 aa  148  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0262409  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0398  hypothetical protein  37.34 
 
 		 260 aa  148  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2934  hypothetical protein  37.74 
 
 		 260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0377  hypothetical protein  36.48 
 
 		 260 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.241658  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2643  hypothetical protein  36.77 
 
 		 260 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0463  hypothetical protein  36.77 
 
 		 260 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0441  hypothetical protein  36.77 
 
 		 260 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31423  normal  0.269531 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2968  ompA family protein, putative  36.95 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522224  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3640  hypothetical protein  36.95 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00234142  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3665  hypothetical protein  36.95 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02041  hypothetical protein  37.31 
 
 		 262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.928421  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3649  hypothetical protein  37.04 
 
 		 220 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.106209  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2810  hypothetical protein  38.46 
 
 		 241 aa  94.4  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.442951  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3047  type IV / VI secretion system protein, DotU family  31.55 
 
 		 489 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2353  type IV / VI secretion system protein, DotU family  30.41 
 
 		 494 aa  76.3  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.565328 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42910  hypothetical protein  34.3 
 
 		 289 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.386497 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3604  hypothetical protein  34.3 
 
 		 289 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5419  hypothetical protein  31.21 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26720  hypothetical protein  31.51 
 
 		 430 aa  73.2  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5578  hypothetical protein  32.07 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5263  hypothetical protein  30.11 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0103  hypothetical protein  30.46 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0253  hypothetical protein  32.74 
 
 		 437 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0398  hypothetical protein  32.74 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344138  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1205  hypothetical protein  32.74 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.145712  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1592  hypothetical protein  32.74 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1777  hypothetical protein  32.74 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2966  hypothetical protein  32.74 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2841  hypothetical protein  32.74 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.548037  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0447  hypothetical protein  32.74 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.554546  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0621  hypothetical protein  31.95 
 
 		 218 aa  67  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0550571 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2374  OmpA/MotB domain-containing protein  26.54 
 
 		 429 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2553  hypothetical protein  25.41 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00740521  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1593  hypothetical protein  32.16 
 
 		 440 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442796  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2999  hypothetical protein  30.22 
 
 		 406 aa  65.1  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0856  hypothetical protein  42.86 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0132615  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3647  hypothetical protein  25.73 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0515  type IV / VI secretion system protein, DotU family  30.72 
 
 		 442 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2317  hypothetical protein  28.21 
 
 		 453 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0027894  hitchhiker  0.000887894 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0016  hypothetical protein  34.34 
 
 		 215 aa  60.8  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.186285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000015  Flagellar motor rotation protein MotB  24.43 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1758  IcmH  24 
 
 		 257 aa  60.5  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3385  hypothetical protein  25.56 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373526  normal  0.718715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3845  hypothetical protein  27.04 
 
 		 443 aa  59.7  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00641884  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0429  hypothetical protein  24 
 
 		 257 aa  59.3  0.00000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3725  hypothetical protein  25.4 
 
 		 273 aa  58.5  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.364927  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2465  hypothetical protein  27.07 
 
 		 413 aa  58.5  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2882  type VI secretion system OmpA/MotB family protein  25.26 
 
 		 493 aa  58.5  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.132662 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3165  hypothetical protein  34.65 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1472  hypothetical protein  24.88 
 
 		 452 aa  58.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0650495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0729  hypothetical protein  27.54 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0173  hypothetical protein  27.54 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000102905 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2508  hypothetical protein  26.78 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3258  hypothetical protein  26.25 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0801  hypothetical protein  26.78 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2372  hypothetical protein  24.66 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1179  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B (Asp/Glu-ADT subunit B)  28.57 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0053  hypothetical protein  22.47 
 
 		 271 aa  55.1  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0303  hypothetical protein  31.41 
 
 		 434 aa  55.1  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.459512 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0320  hypothetical protein  31.41 
 
 		 434 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.246257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0273  hypothetical protein  34.23 
 
 		 226 aa  55.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0314  hypothetical protein  31.41 
 
 		 434 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.497389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0308  hypothetical protein  31.41 
 
 		 434 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.677173  normal  0.0357421 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2859  hypothetical protein  23.89 
 
 		 290 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0486796  normal  0.274768 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3247  type IV / VI secretion system protein, DotU family  25.53 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3046  hypothetical protein  31.67 
 
 		 219 aa  53.1  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1078  type IV / VI secretion system protein, DotU family  27.27 
 
 		 258 aa  52.8  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2558  hypothetical protein  23.45 
 
 		 282 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.654353  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3126  DotU family type IV/VI secretion system protein  26.75 
 
 		 221 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2137  hypothetical protein  45.45 
 
 		 221 aa  52  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.202208  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0731  hypothetical protein  45.45 
 
 		 221 aa  52  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.696418  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0546  hypothetical protein  45.45 
 
 		 221 aa  52  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0618  hypothetical protein  45.45 
 
 		 221 aa  52  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0433758  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0729  hypothetical protein  45.45 
 
 		 221 aa  52  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.058958  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2039  hypothetical protein  45.45 
 
 		 221 aa  52  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.353625  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1687  hypothetical protein  45.45 
 
 		 221 aa  52  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2521  hypothetical protein  21.33 
 
 		 261 aa  52  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.49989  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2616  hypothetical protein  24.26 
 
 		 289 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0188045 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1204  type IV / VI secretion system protein, DotU family  29.82 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000429  ImpK/VasF outer membrane protein  30.16 
 
 		 263 aa  50.1  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2119  hypothetical protein  24.26 
 
 		 289 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1182  putative type VI secretion protein VasF-1  23.03 
 
 		 374 aa  50.1  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.29093  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05851  hypothetical protein  32.26 
 
 		 263 aa  50.1  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4056  hypothetical protein  28.16 
 
 		 460 aa  49.7  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000056515 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1824  hypothetical protein  25.3 
 
 		 308 aa  49.7  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0126  hypothetical protein  31.82 
 
 		 433 aa  49.7  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3232  hypothetical protein  23.53 
 
 		 289 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0164  hypothetical protein  31.14 
 
 		 237 aa  49.7  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.431152  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0212  hypothetical protein  27.63 
 
 		 460 aa  49.3  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.468684  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1204  hypothetical protein  26.76 
 
 		 258 aa  48.9  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0809723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3403  hypothetical protein  29.48 
 
 		 254 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>