133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3089 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3089  hypothetical protein  100 
 
 		 180 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2634  hypothetical protein  99.42 
 
 		 172 aa  353  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2776  Hcp1 family type VI secretion system effector  98.84 
 
 		 172 aa  352  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.496256  normal  0.273091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2498  Hcp1 family type VI secretion system effector  97.67 
 
 		 172 aa  312  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.575217  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4965  hypothetical protein  87.21 
 
 		 172 aa  241  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.537882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2258  hypothetical protein  64.2 
 
 		 176 aa  222  3e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0708616  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0192  Hcp1 family type VI secretion system effector  50.58 
 
 		 162 aa  179  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.65069 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1935  hypothetical protein  48.84 
 
 		 164 aa  177  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.361431 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0101  hypothetical protein  54.07 
 
 		 166 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3041  type VI secretion system effector, Hcp1 family  50.89 
 
 		 165 aa  166  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1209  type VI secretion system effector, Hcp1 family  51.48 
 
 		 165 aa  166  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4886  hypothetical protein  48.55 
 
 		 181 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.793717  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5238  hypothetical protein  49.42 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0770  Hcp1 family type VI secretion system effector  52.91 
 
 		 162 aa  153  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.827402  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4039  hypothetical protein  54.07 
 
 		 162 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.999117  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4661  Hcp1 family type VI secretion system effector  53.49 
 
 		 162 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.222598  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0772  Hcp1 family type VI secretion system effector  53.49 
 
 		 162 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0300  hemolysin-coregulated protein  36.69 
 
 		 161 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.550474 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0317  hemolysin-coregulated protein  34.91 
 
 		 161 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0313059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0305  hemolysin-coregulated protein  34.91 
 
 		 161 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0351717  normal  0.0452208 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0311  hemolysin-coregulated protein  34.91 
 
 		 161 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.562407 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0308  hemolysin-coregulated protein  34.91 
 
 		 161 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.869463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0314  hemolysin-coregulated protein  34.91 
 
 		 161 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0302  hemolysin-coregulated protein  34.91 
 
 		 161 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0388692  normal  0.0548881 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0548  protein of unknown function DUF796  36.69 
 
 		 160 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6112  Hcp1 family type VI secretion system effector  36.09 
 
 		 161 aa  102  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.24668 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3476  hypothetical protein  35.5 
 
 		 161 aa  101  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.98653 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2362  type VI secretion system effector, Hcp1 family  37.21 
 
 		 161 aa  100  9e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0568076 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3909  Hcp1 family type VI secretion system effector  34.91 
 
 		 161 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0982  hypothetical protein  34.32 
 
 		 161 aa  99.4  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0938  protein of unknown function DUF796  36.09 
 
 		 160 aa  99.8  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3019  hypothetical protein  30.77 
 
 		 160 aa  98.2  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1481  Hcp1 family type VI secretion system effector  38.1 
 
 		 189 aa  97.8  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.82098  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1369  hypothetical protein  37.5 
 
 		 161 aa  97.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2873  hypothetical protein  37.5 
 
 		 161 aa  97.4  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3005  hypothetical protein  29.59 
 
 		 160 aa  97.1  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0655  fimbrial protein-related protein  52.38 
 
 		 108 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0195  protein of unknown function DUF796  30.77 
 
 		 160 aa  95.9  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1465  hypothetical protein  31.36 
 
 		 160 aa  95.9  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0136  SciM protein  32.74 
 
 		 160 aa  95.1  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6675  hypothetical protein  32.89 
 
 		 160 aa  94.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.499457  normal  0.705135 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1607  hypothetical protein  32.74 
 
 		 160 aa  94.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0819391  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02047  Hcp family protein  34.34 
 
 		 165 aa  94.7  6e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106829  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0159  SciM protein  32.74 
 
 		 160 aa  94.4  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3026  hypothetical protein  34.52 
 
 		 160 aa  94  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972301  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1911  hypothetical protein  32.54 
 
 		 161 aa  93.6  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1693  hypothetical protein  32.54 
 
 		 161 aa  93.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.792973  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3031  type VI secretion system effector, Hcp1 family  35.71 
 
 		 160 aa  94  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.350836  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0924  hypothetical protein  32.54 
 
 		 161 aa  93.6  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1211  hypothetical protein  32.54 
 
 		 161 aa  93.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.433299  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0331  SciM protein  32.54 
 
 		 161 aa  93.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0240  SciM protein  32.54 
 
 		 161 aa  93.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.939428  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2186  hypothetical protein  32.54 
 
 		 161 aa  93.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0123  hypothetical protein  32.74 
 
 		 160 aa  92.8  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2459  protein of unknown function DUF796  30.18 
 
 		 160 aa  93.2  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.683109  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3434  hypothetical protein  32.34 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.471833  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0761  hypothetical protein  32.34 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.29099  normal  0.0623564 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3563  hypothetical protein  32.34 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1681  type VI secretion system effector, Hcp1 family  35.5 
 
 		 161 aa  92  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.666792  normal  0.0213097 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2076  hypothetical protein  33.33 
 
 		 175 aa  91.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0791  hypothetical protein  33.33 
 
 		 175 aa  91.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0702  hypothetical protein  33.33 
 
 		 175 aa  91.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1899  hypothetical protein  33.33 
 
 		 175 aa  90.9  9e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0440  hypothetical protein  32.75 
 
 		 175 aa  89.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1586  hypothetical protein  28.57 
 
 		 163 aa  89.4  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0453642  normal  0.164589 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0747  hypothetical protein  32.75 
 
 		 175 aa  89.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1042  hypothetical protein  32.75 
 
 		 175 aa  89.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2016  hypothetical protein  32.75 
 
 		 175 aa  89.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01963  hypothetical protein  32.54 
 
 		 167 aa  88.6  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.229622  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0405  hypothetical protein  27.38 
 
 		 163 aa  88.6  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.961093  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1198  hypothetical protein  27.38 
 
 		 163 aa  88.6  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0260  hypothetical protein  27.22 
 
 		 163 aa  88.6  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1602  hypothetical protein  27.38 
 
 		 163 aa  88.6  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1785  hypothetical protein  27.38 
 
 		 163 aa  88.6  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2958  hypothetical protein  27.38 
 
 		 163 aa  88.6  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2833  hypothetical protein  27.38 
 
 		 163 aa  88.6  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0601722  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0455  hypothetical protein  27.38 
 
 		 163 aa  88.6  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3958  hypothetical protein  33.54 
 
 		 155 aa  87.8  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.161152  normal  0.0988998 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4089  hypothetical protein  36.09 
 
 		 161 aa  87  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000825402 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5375  protein of unknown function DUF796  32.05 
 
 		 158 aa  86.7  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330014  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2091  putative cytoplasmic protein  33.14 
 
 		 160 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3837  hypothetical protein  31.68 
 
 		 160 aa  85.9  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0274684  normal  0.040602 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0665  hypothetical protein  35.29 
 
 		 157 aa  85.5  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1237  hypothetical protein  32.69 
 
 		 158 aa  84.7  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.663187  normal  0.419753 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2324  hypothetical protein  34.91 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233734  normal  0.010966 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3341  hypothetical protein  31.79 
 
 		 160 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.183081 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4915  type VI secretion system effector, Hcp1 family  30.87 
 
 		 167 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00101993  hitchhiker  0.00306602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0157  hypothetical protein  31.95 
 
 		 162 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2175  hypothetical protein  31.49 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000201065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01030  hypothetical protein  31.36 
 
 		 162 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0197  hypothetical protein  31.36 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0397493 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2928  Hcp1 family type VI secretion system effector  31.21 
 
 		 167 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3408  hypothetical protein  31.93 
 
 		 165 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50820  DUF796 family protein  32.53 
 
 		 165 aa  74.3  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.743665  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3642  hypothetical protein  30.5 
 
 		 167 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0878118  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3633  hypothetical protein  30.5 
 
 		 167 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3658  hypothetical protein  30.5 
 
 		 167 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26650  hypothetical protein  25.61 
 
 		 160 aa  73.6  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.410921  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3022  hypothetical protein  23.17 
 
 		 158 aa  72.4  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.379437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6054  hypothetical protein  25.53 
 
 		 158 aa  72.8  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.932106  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>