211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3082 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3082  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
454 aa  892    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.359884  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2491  major facilitator transporter  91.55 
 
 
430 aa  755    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.216953 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2641  major facilitator transporter  99.54 
 
 
432 aa  844    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2783  major facilitator transporter  97.45 
 
 
431 aa  799    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.2175  normal  0.236028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2384  major facilitator transporter  80.28 
 
 
436 aa  621  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0414  transporter, MFS superfamily  40.15 
 
 
411 aa  258  1e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.50103  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3013  major facilitator transporter  37.1 
 
 
409 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.382215  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2954  major facilitator transporter  37.01 
 
 
412 aa  203  5e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.126979 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3922  major facilitator transporter  34.36 
 
 
444 aa  183  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1740  transporter, putative  31.83 
 
 
412 aa  179  7e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.138078  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3228  major facilitator transporter  31.32 
 
 
427 aa  178  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0204  major facilitator transporter  30.3 
 
 
425 aa  176  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3528  major facilitator transporter  28.88 
 
 
428 aa  176  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000328166  normal  0.125095 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1681  putative transporter  31.75 
 
 
412 aa  176  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3325  major facilitator transporter  32.79 
 
 
389 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1172  major facilitator transporter  32.38 
 
 
412 aa  172  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1802  major facilitator transporter  31.89 
 
 
713 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.792644  normal  0.0946092 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0419  major facilitator superfamily MFS_1  31.22 
 
 
417 aa  171  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0203  major facilitator transporter  32.42 
 
 
443 aa  170  5e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.371325  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0226  major facilitator transporter  33.58 
 
 
446 aa  170  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.200681  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0155  major facilitator superfamily MFS_1  33.42 
 
 
436 aa  166  9e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2660  major facilitator transporter  31.46 
 
 
417 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1094  major facilitator transporter  30.39 
 
 
424 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1427  major facilitator superfamily MFS_1  30.75 
 
 
430 aa  163  6e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0689  transport protein of the major facilitator  32.34 
 
 
389 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0644  major facilitator transporter  31.61 
 
 
429 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01548  transmembrane transport protein  35.01 
 
 
412 aa  160  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3491  major facilitator transporter  34.5 
 
 
473 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1922  major facilitator family transporter  34.51 
 
 
465 aa  160  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.628163  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0091  major facilitator transporter  33.07 
 
 
471 aa  159  7e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34670  Transmembrane transport protein  34.34 
 
 
429 aa  159  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4258  major facilitator transporter  31.37 
 
 
452 aa  159  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0112  major facilitator superfamily transporter  33.74 
 
 
427 aa  159  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0986  major facilitator family transporter  30.59 
 
 
726 aa  158  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.776393  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0619  major facilitator family transporter  31.93 
 
 
418 aa  157  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.425561  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0618  major facilitator family transporter  31.93 
 
 
418 aa  157  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2043  major facilitator family transporter  27.82 
 
 
397 aa  157  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1700  putative MFS family transporter protein  33.7 
 
 
381 aa  156  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.289125 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3143  major facilitator transporter  28.9 
 
 
471 aa  156  7e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.385711 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0866  major facilitator family protein  28.61 
 
 
395 aa  156  7e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00300213  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0937  major facilitator family protein  29.13 
 
 
395 aa  155  1e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2970  major facilitator transporter  28.72 
 
 
418 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1775  hypothetical protein  31.6 
 
 
434 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4270  major facilitator transporter  30.08 
 
 
390 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20680  putative MFS transporter  31.6 
 
 
434 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1616  major facilitator transporter  28.72 
 
 
418 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0546554 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0929  major facilitator transporter  34.82 
 
 
415 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2864  twin-arginine translocation pathway signal  33.88 
 
 
443 aa  155  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1591  MFS permease  30.2 
 
 
411 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.37561  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0613  major facilitator transporter  30.85 
 
 
416 aa  154  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0957759  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1849  major facilitator transporter  28.46 
 
 
418 aa  153  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.513333 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3542  major facilitator superfamily MFS_1  29.13 
 
 
432 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1456  major facilitator transporter  31.51 
 
 
446 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.357176  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1918  MFS transporter  30.46 
 
 
386 aa  152  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000771845  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2247  putative MFS family transporter protein  34.6 
 
 
396 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3739  major facilitator transporter  31.65 
 
 
443 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.272825  normal  0.734833 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4398  major facilitator family transporter  31.28 
 
 
444 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170292  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3959  major facilitator transporter  31.91 
 
 
447 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.913585  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1598  twin-arginine translocation pathway signal  29.04 
 
 
426 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.121654  normal  0.207213 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2658  major facilitator transporter  31.11 
 
 
433 aa  150  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1991  putative MFS family transporter protein  32.98 
 
 
384 aa  150  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3245  major facilitator superfamily MFS_1  28.97 
 
 
432 aa  150  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.70819  normal  0.24214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3112  hypothetical protein  28.25 
 
 
520 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0751652 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3097  major facilitator transporter  29.6 
 
 
421 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0288565 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0691  hypothetical protein  29.79 
 
 
384 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.256683  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64590  putative MFS transporter  31.42 
 
 
438 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0510632  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0999  major facilitator family protein  28.61 
 
 
395 aa  147  5e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.329257  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1813  major facilitator superfamiy transporter  29.86 
 
 
429 aa  146  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.284415 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05696  hypothetical protein  31.17 
 
 
356 aa  146  7.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1380  MFS permease  28.18 
 
 
410 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897204  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2592  putative MFS family transporter protein  35 
 
 
382 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2680  putative MFS family transporter protein  35 
 
 
382 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2348  putative MFS family transporter protein  34.97 
 
 
382 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.883707  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1718  major facilitator transporter  28.34 
 
 
429 aa  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.150429 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1821  major facilitator transporter  28.16 
 
 
444 aa  145  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000983336  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1723  putative MFS family transporter protein  34.42 
 
 
384 aa  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0837  hypothetical protein  28.38 
 
 
414 aa  145  2e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0839  major facilitator transporter  29.06 
 
 
464 aa  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.673129  hitchhiker  0.000450742 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1547  major facilitator transporter  29.53 
 
 
447 aa  144  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5608  MFS family transporter  31.69 
 
 
438 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0448  major facilitator transporter  32.74 
 
 
390 aa  143  6e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000082  permease  30.56 
 
 
386 aa  142  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0172441  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1328  hypothetical protein  26.24 
 
 
412 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1032  putative MFS family transporter protein  32.6 
 
 
382 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1421  putative MFS family transporter protein  32.05 
 
 
382 aa  141  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3119  major facilitator transporter  33.75 
 
 
420 aa  141  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.485846  normal  0.0384388 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00902  putative MFS family transporter protein  31.99 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.90322  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2745  major facilitator superfamily MFS_1  31.99 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2698  putative MFS family transporter protein  31.99 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0450  major facilitator family protein  31.73 
 
 
387 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1061  putative MFS family transporter protein  31.72 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0467  major facilitator transporter  29.93 
 
 
439 aa  140  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.677382 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00909  hypothetical protein  31.99 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.80551  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1004  putative MFS family transporter protein  31.99 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0975  putative MFS family transporter protein  31.99 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2221  putative MFS family transporter protein  31.72 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.707303 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1066  putative MFS family transporter protein  32.33 
 
 
382 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0109071  normal  0.857423 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0972  putative MFS family transporter protein  32.33 
 
 
382 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4031  major facilitator transporter  32.08 
 
 
388 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3908  major facilitator transporter  32.08 
 
 
388 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>