120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3033 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  100 
 
 		 243 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  74.9 
 
 		 243 aa  374  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  38.43 
 
 		 216 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  39.27 
 
 		 216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  39.27 
 
 		 216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  37.31 
 
 		 215 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  44.09 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  35.92 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  35 
 
 		 218 aa  112  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  31.78 
 
 		 221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  35.08 
 
 		 217 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  34.2 
 
 		 240 aa  105  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  34.2 
 
 		 240 aa  105  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 240 aa  105  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  33.91 
 
 		 221 aa  105  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  38.76 
 
 		 230 aa  105  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  35.42 
 
 		 218 aa  105  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  33.63 
 
 		 216 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  42.4 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  29.86 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  43.08 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 228 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  42.42 
 
 		 231 aa  99  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  31.53 
 
 		 236 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 229 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  32.84 
 
 		 216 aa  95.9  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  40.52 
 
 		 224 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  36.53 
 
 		 220 aa  95.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 222 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  43.18 
 
 		 222 aa  89.4  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  39.84 
 
 		 133 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 204 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 240 aa  85.5  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  38.64 
 
 		 207 aa  85.5  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  35.16 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  32.2 
 
 		 235 aa  72  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  40.23 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  27.89 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  27.12 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  27.01 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  25.58 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  25.58 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  30.83 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  24.42 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1142  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.88 
 
 		 201 aa  52.8  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00201645  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3985  hypothetical protein  35.8 
 
 		 135 aa  52.8  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  37.78 
 
 		 217 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4467  hypothetical protein  35.8 
 
 		 135 aa  52.4  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0818586 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  31.09 
 
 		 239 aa  50.8  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  26.98 
 
 		 240 aa  50.8  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3097  hypothetical protein  34.21 
 
 		 140 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000190515 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1650  hypothetical protein  37.5 
 
 		 147 aa  50.1  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.785398 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2843  hypothetical protein  35.71 
 
 		 139 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00444589  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2242  hypothetical protein  35.71 
 
 		 139 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0773  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.82 
 
 		 213 aa  49.3  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000913387  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0094  hypothetical protein  35.71 
 
 		 139 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0108  hypothetical protein  35.71 
 
 		 139 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.554325  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1439  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.31 
 
 		 201 aa  49.3  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3396  hypothetical protein  35.71 
 
 		 153 aa  48.9  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.635298  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0306  hypothetical protein  35.71 
 
 		 153 aa  48.9  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1874  LexA repressor  32.31 
 
 		 228 aa  48.9  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.879574  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2490  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.33 
 
 		 201 aa  48.9  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3153  hypothetical protein  36.9 
 
 		 144 aa  48.9  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000729071 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0020  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.03 
 
 		 199 aa  48.5  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000309012  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2548  hypothetical protein  36.14 
 
 		 151 aa  48.5  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0945722  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3162  hypothetical protein  36.14 
 
 		 151 aa  48.5  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139993  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2543  LexA family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 204 aa  48.5  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0539699  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3180  hypothetical protein  36.14 
 
 		 151 aa  48.5  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924144  normal  0.0155035 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1758  transcriptional repressor, LexA family  33.33 
 
 		 201 aa  48.5  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000113097  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3234  hypothetical protein  36.14 
 
 		 153 aa  48.5  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1662  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.33 
 
 		 197 aa  48.1  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6519  hypothetical protein  35.29 
 
 		 143 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24460  hypothetical protein  29.29 
 
 		 138 aa  47.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 217 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1735  LexA family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 197 aa  47  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3214  hypothetical protein  34.52 
 
 		 145 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.333705  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  37.88 
 
 		 218 aa  47  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  0.00000301408 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3098  hypothetical protein  34.52 
 
 		 145 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.393467  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2118  LexA repressor  30.66 
 
 		 207 aa  46.2  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1236  LexA repressor  31.82 
 
 		 207 aa  46.6  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000635507  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1511  hypothetical protein  35.21 
 
 		 134 aa  46.2  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964976 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1232  transcriptional repressor, LexA family  31.54 
 
 		 209 aa  45.8  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0572  repressor LexA  34.13 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0263209 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3151  Repressor lexA  31.5 
 
 		 154 aa  45.4  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.662921  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0802  hypothetical protein  33.78 
 
 		 140 aa  45.4  0.0008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1579  transcriptional repressor, LexA family  31.75 
 
 		 202 aa  45.4  0.0008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1292  hypothetical protein  36.36 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03030  SOS response transcriptional repressor, RecA-mediated autopeptidase  24.54 
 
 		 228 aa  44.7  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.0000000274718  hitchhiker  1.62281e-36 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2558  LexA repressor  35.16 
 
 		 224 aa  45.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.031889  normal  0.0134465 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1440  hypothetical protein  31.96 
 
 		 148 aa  44.7  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257852  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1741  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.62 
 
 		 226 aa  44.7  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3062  hypothetical protein  36.36 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.758596  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2936  hypothetical protein  36.36 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1832  transcriptional repressor, LexA family  33.06 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994173 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  35.71 
 
 		 168 aa  44.3  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>