More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2998 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  100 
 
 
315 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  97.78 
 
 
315 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  76.04 
 
 
316 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  74.76 
 
 
316 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  74.44 
 
 
316 aa  454  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  74.44 
 
 
316 aa  454  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  71.57 
 
 
341 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  73.31 
 
 
316 aa  435  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  74.44 
 
 
316 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  71.97 
 
 
323 aa  428  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  66.45 
 
 
335 aa  404  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  63.87 
 
 
312 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  38.56 
 
 
309 aa  177  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  34.75 
 
 
299 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  35.64 
 
 
300 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  34.75 
 
 
306 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  34.65 
 
 
301 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  40.91 
 
 
310 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  36.3 
 
 
295 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  36.18 
 
 
345 aa  155  7e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  35.33 
 
 
325 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  34.42 
 
 
329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  38.89 
 
 
307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  35.42 
 
 
319 aa  151  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 
301 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  34.98 
 
 
315 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  35.92 
 
 
310 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  34.98 
 
 
298 aa  148  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  32.57 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  33.66 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  34.65 
 
 
313 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  35.64 
 
 
317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  34.53 
 
 
314 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  34.8 
 
 
319 aa  146  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  35.5 
 
 
305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2629  2-dehydropantoate 2-reductase  35.46 
 
 
314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  32.66 
 
 
307 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4530  2-dehydropantoate 2-reductase  32.33 
 
 
355 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.247613 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  30.24 
 
 
336 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0889  2-dehydropantoate 2-reductase  37.34 
 
 
318 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.298016  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0095  2-dehydropantoate 2-reductase  37.34 
 
 
318 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0453394  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2482  2-dehydropantoate 2-reductase  37.34 
 
 
318 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.386001  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0348  2-dehydropantoate 2-reductase  37.34 
 
 
313 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0647  2-dehydropantoate 2-reductase  37.03 
 
 
318 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00836625  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2500  2-dehydropantoate 2-reductase  34.07 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.637616 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  35.31 
 
 
299 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  32.76 
 
 
307 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  34.58 
 
 
314 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  34.53 
 
 
318 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  35.74 
 
 
313 aa  133  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1051  2-dehydropantoate 2-reductase  37.99 
 
 
310 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  30.3 
 
 
342 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  31.33 
 
 
309 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0892  2-dehydropantoate 2-reductase  36.39 
 
 
318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  28.92 
 
 
318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  31.01 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  30.82 
 
 
311 aa  129  7.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  31.9 
 
 
326 aa  129  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  30.1 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  30.63 
 
 
333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  29.32 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  32.24 
 
 
307 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  29.32 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  29.32 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0105  2-dehydropantoate 2-reductase  30.13 
 
 
307 aa  127  3e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000116334  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  29.32 
 
 
305 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  32.78 
 
 
312 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  30.31 
 
 
324 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  31.44 
 
 
302 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  27.13 
 
 
316 aa  125  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  31.6 
 
 
307 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1893  2-dehydropantoate 2-reductase  35.59 
 
 
310 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00746651  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1285  2-dehydropantoate 2-reductase  29.77 
 
 
311 aa  124  3e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  29.06 
 
 
346 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2518  2-dehydropantoate 2-reductase  29.8 
 
 
311 aa  123  5e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254196  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2470  2-dehydropantoate 2-reductase  29.8 
 
 
311 aa  123  5e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  30.95 
 
 
315 aa  123  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  29.51 
 
 
306 aa  122  6e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  33.13 
 
 
314 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5461  2-dehydropantoate 2-reductase  31.71 
 
 
315 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.853784  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2563  2-dehydropantoate 2-reductase  32.94 
 
 
351 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0895867  normal  0.0341922 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5870  2-dehydropantoate 2-reductase  33.53 
 
 
348 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166245  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2793  2-dehydropantoate 2-reductase  30.41 
 
 
336 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  27.97 
 
 
316 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1477  ketopantoate reductase  31.63 
 
 
337 aa  120  3e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  29.25 
 
 
337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  29.27 
 
 
324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3545  2-dehydropantoate 2-reductase  31.71 
 
 
315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16372  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4822  2-dehydropantoate 2-reductase  31.71 
 
 
315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.117223 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0902  2-dehydropantoate 2-reductase  34.2 
 
 
294 aa  119  6e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2259  2-dehydropantoate 2-reductase  28.4 
 
 
325 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  29.63 
 
 
335 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3780  2-dehydropantoate 2-reductase  32.31 
 
 
337 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146686  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  28.14 
 
 
335 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  35.27 
 
 
296 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4857  2-dehydropantoate 2-reductase  32.31 
 
 
337 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  29.57 
 
 
332 aa  119  7e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  26.8 
 
 
316 aa  119  9e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2587  2-dehydropantoate 2-reductase  32.1 
 
 
351 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.438378  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4423  2-dehydropantoate 2-reductase  32.75 
 
 
311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.852681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>