More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2997 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  610  1e-174  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 
310 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 
303 aa  414  1e-115  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  69.8 
 
 
301 aa  416  1e-115  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  71.23 
 
 
301 aa  417  1e-115  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 
306 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 
306 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 
306 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 
301 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  69.86 
 
 
306 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  63.36 
 
 
318 aa  374  1e-103  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 
333 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  60.92 
 
 
306 aa  352  6e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 
299 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
302 aa  228  7e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.93 
 
 
300 aa  201  1e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
307 aa  199  4e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
308 aa  197  1e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
307 aa  197  2e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
307 aa  197  2e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
307 aa  197  2e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
307 aa  197  2e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
307 aa  197  2e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
307 aa  197  2e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
332 aa  197  2e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
314 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
301 aa  196  6e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
307 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 
309 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
309 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
320 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
320 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
345 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
309 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
331 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
314 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
314 aa  189  6e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 
317 aa  189  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
320 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
314 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
317 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
306 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
301 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
308 aa  184  1e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 
305 aa  185  1e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 
305 aa  185  1e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
308 aa  184  1e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.55 
 
 
300 aa  184  1e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
305 aa  183  2e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
318 aa  184  2e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
309 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 
333 aa  182  4e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
306 aa  182  5e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
306 aa  182  5e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
432 aa  182  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.24126e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
298 aa  182  7e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
305 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
317 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 
316 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 
304 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
306 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
308 aa  180  3e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
308 aa  179  3e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 
307 aa  179  5e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
301 aa  179  6e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 
325 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  35.89 
 
 
326 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
325 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  35.74 
 
 
321 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
308 aa  173  3e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
315 aa  173  4e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  37.54 
 
 
298 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
327 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
306 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
308 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.9 
 
 
323 aa  169  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  169  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
316 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
306 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  37.19 
 
 
298 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 
297 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
316 aa  166  3e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 
306 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
301 aa  164  1e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
301 aa  164  1e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
301 aa  164  1e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
305 aa  164  1e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
301 aa  164  2e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  3.73718e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
302 aa  164  2e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
332 aa  162  5e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
297 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
297 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
297 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
297 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
297 aa  161  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
305 aa  162  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
320 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  6.80141e-07 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.35 
 
 
308 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  37.68 
 
 
321 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>