More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2952 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
296 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  96.62 
 
 
296 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  72.85 
 
 
296 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  68.94 
 
 
309 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  68.6 
 
 
307 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  68.26 
 
 
309 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  63.51 
 
 
307 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  64.98 
 
 
319 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  63.41 
 
 
311 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  62.63 
 
 
321 aa  354  1e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 
304 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 
299 aa  304  1e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 
306 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  52.56 
 
 
306 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.04 
 
 
307 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
309 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 
307 aa  288  8e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 
310 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 
323 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
319 aa  253  2e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
302 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 
299 aa  251  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 
301 aa  249  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
305 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  41.55 
 
 
309 aa  249  5e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
305 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 
309 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 
308 aa  245  5e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 
300 aa  245  5e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.69133e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 
308 aa  245  8e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  40.54 
 
 
307 aa  243  2e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 
304 aa  243  2e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
310 aa  243  2e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 
308 aa  244  2e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 
308 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  41.39 
 
 
307 aa  242  5e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
354 aa  241  8e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  46.64 
 
 
304 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 
304 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
323 aa  236  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 
302 aa  236  5e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 
331 aa  235  8e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
313 aa  234  1e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
307 aa  234  1e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 
331 aa  234  1e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 
309 aa  234  2e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  38.7 
 
 
299 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  39.25 
 
 
302 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
320 aa  218  9e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
311 aa  215  9e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
304 aa  213  3e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 
301 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
309 aa  203  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
303 aa  200  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  36.55 
 
 
311 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
303 aa  196  4e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
304 aa  196  5e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
303 aa  195  8e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
324 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
305 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
303 aa  188  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
303 aa  184  2e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 
327 aa  182  4e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
327 aa  183  4e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
310 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
310 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
304 aa  180  3e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
341 aa  179  5e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
310 aa  179  5e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
310 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
325 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
325 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
310 aa  176  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
304 aa  175  1e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
555 aa  173  3e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
310 aa  173  4e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
310 aa  173  4e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
310 aa  173  4e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
310 aa  173  4e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
310 aa  173  4e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
310 aa  173  4e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  172  7e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
302 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
301 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
301 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
301 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
333 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.03 
 
 
306 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
310 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
301 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
301 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.58 
 
 
304 aa  169  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
303 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
310 aa  166  3e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
302 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
302 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
302 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
301 aa  165  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
306 aa  165  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
301 aa  164  1e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>