More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2951 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
188 aa  386  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  97.87 
 
 
194 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  76.8 
 
 
189 aa  302  2e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  75.82 
 
 
189 aa  299  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  70.49 
 
 
189 aa  281  4e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  71.27 
 
 
189 aa  280  8e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  63.28 
 
 
188 aa  238  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 
197 aa  175  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  50.3 
 
 
205 aa  169  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  46.6 
 
 
204 aa  162  4e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  46.6 
 
 
204 aa  161  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  44.56 
 
 
208 aa  160  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  45.36 
 
 
221 aa  159  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
205 aa  157  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
205 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
205 aa  157  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
205 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
205 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
205 aa  157  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
205 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  46.11 
 
 
210 aa  156  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  44.81 
 
 
221 aa  156  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  45.03 
 
 
201 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  45.03 
 
 
201 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  45.88 
 
 
201 aa  152  3e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  45.03 
 
 
201 aa  150  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
200 aa  139  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  39.31 
 
 
188 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  39.31 
 
 
188 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
192 aa  137  9e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
195 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  40.12 
 
 
195 aa  135  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  39.33 
 
 
188 aa  132  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 
190 aa  132  4e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  39.55 
 
 
204 aa  126  1e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  38.12 
 
 
185 aa  127  1e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 
201 aa  125  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  37.99 
 
 
179 aa  125  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 
201 aa  124  6e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
201 aa  124  9e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
193 aa  123  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 
197 aa  120  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  37.02 
 
 
185 aa  120  1e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 
197 aa  119  2e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
191 aa  119  2e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
228 aa  119  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 
257 aa  118  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
202 aa  117  1e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  36.96 
 
 
198 aa  114  1e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
196 aa  114  1e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  36.31 
 
 
178 aa  113  2e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
202 aa  112  4e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
203 aa  112  4e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.91417e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  32.79 
 
 
191 aa  111  6e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
197 aa  111  8e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
202 aa  110  1e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
210 aa  110  1e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  36.65 
 
 
183 aa  109  2e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
181 aa  108  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
202 aa  108  4e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 
201 aa  108  5e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  39.85 
 
 
196 aa  107  8e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 
191 aa  107  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  8.46551e-06 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0135  transcriptional regulator, TetR family  33.89 
 
 
181 aa  107  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 
197 aa  107  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
202 aa  107  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  39.6 
 
 
191 aa  106  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 
187 aa  106  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
200 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
194 aa  105  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 
192 aa  105  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 
192 aa  104  6e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
184 aa  104  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 
203 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0474  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 
234 aa  103  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
207 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
190 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3232  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
204 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2980  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
202 aa  102  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 
219 aa  101  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 
189 aa  101  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3089  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
204 aa  101  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  28.88 
 
 
194 aa  102  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  33.15 
 
 
225 aa  100  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3533  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 
211 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1353  normal  0.182077 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
181 aa  99.8  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
205 aa  99.8  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
222 aa  99.4  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2940  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
215 aa  98.2  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 
210 aa  98.2  7e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 
191 aa  97.4  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8504  putative transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 
197 aa  95.9  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.919137 
 
 
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NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 
196 aa  95.5  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0425  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
216 aa  95.5  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009080  BMA10247_3169  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
214 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A1735  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
214 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0031  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
214 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_006348  BMA2807  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
214 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_3603  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
214 aa  94.4  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_3628  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
214 aa  94.4  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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