More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2890 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2890  exonuclease III  100 
 
 
270 aa  563  1e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00987023  normal  0.852311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2800  exonuclease III  98.89 
 
 
270 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2393  exonuclease III  96.3 
 
 
270 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.7029  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2892  exonuclease III  95.56 
 
 
270 aa  540  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0279312  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3649  exonuclease III  88.52 
 
 
270 aa  510  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2747  exodeoxyribonuclease III  85.93 
 
 
270 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0614534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2476  exonuclease III  85.19 
 
 
270 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.1362  normal  0.165238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2692  exonuclease III  79.63 
 
 
270 aa  468  1e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31650  exonuclease III  79.26 
 
 
270 aa  466  1e-130  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.294828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2436  exonuclease III  77.78 
 
 
270 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.677359  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28880  exonuclease III  75.84 
 
 
270 aa  441  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.734088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2270  exonuclease III  69.26 
 
 
272 aa  400  1e-110  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2340  exonuclease III  69.63 
 
 
268 aa  396  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.18305e-08  normal  0.0191888 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1503  exonuclease III  68.42 
 
 
270 aa  395  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2715  exonuclease III  69.26 
 
 
268 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  hitchhiker  0.00098113 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2206  exodeoxyribonuclease III  69.63 
 
 
268 aa  396  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1974  exonuclease III  69.26 
 
 
272 aa  397  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1976  exonuclease III  69.63 
 
 
268 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.70761e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2085  exonuclease III  69.63 
 
 
268 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3037  exonuclease III  68.05 
 
 
270 aa  394  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1964  exodeoxyribonuclease III  70 
 
 
268 aa  393  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1513  exonuclease III  67.29 
 
 
270 aa  391  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00343054  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1447  exonuclease III  66.92 
 
 
270 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1883  exonuclease III  66.92 
 
 
272 aa  384  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1833  exonuclease III  66.92 
 
 
268 aa  384  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1997  exonuclease III  66.92 
 
 
268 aa  384  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.892579  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1972  exonuclease III  66.92 
 
 
268 aa  384  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01706  hypothetical protein  66.92 
 
 
268 aa  384  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01718  exonuclease III  66.92 
 
 
268 aa  384  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2468  exonuclease III  67.29 
 
 
268 aa  385  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.906333 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1893  exodeoxyribonuclease III  66.92 
 
 
272 aa  384  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0788201  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2816  exonuclease III  66.17 
 
 
270 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.37718e-06  normal  0.625502 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2737  exonuclease III  66.54 
 
 
270 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  5.0651e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1649  exonuclease III  66.54 
 
 
270 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  2.02985e-08  hitchhiker  6.56111e-11 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1695  exonuclease III  66.54 
 
 
268 aa  382  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2715  exonuclease III  66.54 
 
 
270 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  2.24276e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1441  exonuclease III  66.92 
 
 
268 aa  383  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.377201  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1429  exonuclease III  66.17 
 
 
268 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1413  exonuclease III  66.17 
 
 
268 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2044  exonuclease III  66.17 
 
 
268 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2418  exonuclease III  64.29 
 
 
270 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234508  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1873  exonuclease III  66.17 
 
 
268 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.991915  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1396  exonuclease III  66.17 
 
 
268 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0639091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1638  exonuclease III  62.96 
 
 
268 aa  372  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1420  exonuclease III  62.96 
 
 
268 aa  371  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.608481  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1668  exonuclease III  63.53 
 
 
268 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000408122  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1539  exonuclease III  64.68 
 
 
271 aa  368  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.493203  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1490  exodeoxyribonuclease III  63.16 
 
 
270 aa  368  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2927  exonuclease III  63.91 
 
 
268 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00530845  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1465  exonuclease III  62.59 
 
 
269 aa  364  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00148193  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2262  exonuclease III  63.16 
 
 
269 aa  365  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  5.98983e-07  normal  0.0890605 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1451  exonuclease III  63.16 
 
 
268 aa  363  2e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.70984e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01553  exonuclease III  62.03 
 
 
268 aa  362  3e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3173  exonuclease III  60.37 
 
 
268 aa  362  5e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1319  exodeoxyribonuclease III  61.11 
 
 
269 aa  360  2e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1995  exonuclease III  60.52 
 
 
272 aa  359  2e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.297958  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003967  exodeoxyribonuclease III  62.03 
 
 
268 aa  360  2e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.03891e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2366  exodeoxyribonuclease III  62.96 
 
 
289 aa  360  2e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.762147  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02430  exodeoxyribonuclease III  61.94 
 
 
269 aa  360  2e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2379  exonuclease III  60.97 
 
 
276 aa  358  5e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.88562e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1962  exonuclease III  60.9 
 
 
268 aa  356  2e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.134155  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0836  exonuclease III  60.74 
 
 
267 aa  356  3e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.337185  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1637  exonuclease III  60.22 
 
 
270 aa  352  3e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00257363  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2648  exodeoxyribonuclease III  60.59 
 
 
269 aa  352  5e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2139  exodeoxyribonuclease III  64.31 
 
 
268 aa  350  1e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1621  exodeoxyribonuclease III  61.11 
 
 
276 aa  350  1e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000939978  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1192  exonuclease III  58.87 
 
 
274 aa  331  9e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166558  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1199  exonuclease III  58.11 
 
 
274 aa  325  5e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.712214  normal  0.0221694 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1258  exonuclease III  57.74 
 
 
271 aa  324  1e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.75406e-11  normal  0.0123433 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2052  exonuclease III  55.35 
 
 
273 aa  322  5e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.69666e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  38.66 
 
 
254 aa  178  9e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  36.57 
 
 
264 aa  173  3e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  38.1 
 
 
255 aa  172  6e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  35.56 
 
 
279 aa  171  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  35.56 
 
 
260 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  35.9 
 
 
260 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  38.15 
 
 
265 aa  166  3e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  37.64 
 
 
277 aa  166  4e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  38.15 
 
 
265 aa  164  1e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  38.97 
 
 
267 aa  162  6e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  37.17 
 
 
265 aa  161  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  36 
 
 
281 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  33.46 
 
 
263 aa  159  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  37.36 
 
 
256 aa  159  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  37.5 
 
 
254 aa  159  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  35.04 
 
 
263 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  34.2 
 
 
263 aa  158  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 
281 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  36.46 
 
 
269 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  35.74 
 
 
281 aa  156  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  33.83 
 
 
263 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  33.83 
 
 
266 aa  156  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  36.9 
 
 
272 aa  155  5e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  34.21 
 
 
263 aa  155  5e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  35.19 
 
 
261 aa  155  5e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  33.46 
 
 
276 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  35.53 
 
 
269 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  36.53 
 
 
264 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  36.43 
 
 
258 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  37.05 
 
 
279 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>