86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2889 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 
250 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  98.4 
 
 
250 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  94.8 
 
 
250 aa  377  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  84 
 
 
250 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  42.62 
 
 
250 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  38.4 
 
 
253 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  36.89 
 
 
252 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  2.06133e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  38.4 
 
 
253 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  39.59 
 
 
250 aa  147  2e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  36.07 
 
 
252 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  35.66 
 
 
252 aa  145  8e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  35.66 
 
 
252 aa  145  8e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  38.46 
 
 
252 aa  139  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  38.87 
 
 
252 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  38.46 
 
 
252 aa  139  5e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  36.11 
 
 
253 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  31.51 
 
 
265 aa  114  2e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  32.81 
 
 
268 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  31.82 
 
 
266 aa  106  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  31.82 
 
 
266 aa  106  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.8 
 
 
271 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  35.92 
 
 
266 aa  102  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.47 
 
 
253 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  1.92348e-07  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  34.35 
 
 
271 aa  99.4  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  31.71 
 
 
268 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  35.86 
 
 
256 aa  93.6  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  33.47 
 
 
255 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 
286 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  32.88 
 
 
286 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  34.12 
 
 
277 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  32.63 
 
 
255 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  31.51 
 
 
257 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  33.59 
 
 
277 aa  89  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  34.85 
 
 
259 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  34.85 
 
 
256 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  31.28 
 
 
272 aa  85.1  1e-15  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  32.34 
 
 
256 aa  78.6  9e-14  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  28.28 
 
 
260 aa  78.2  1e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02866  transmembrane regulator protein PrtR  39.57 
 
 
167 aa  76.6  4e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.822943  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  30.13 
 
 
264 aa  73.9  2e-12  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  29.17 
 
 
269 aa  73.9  2e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  27.8 
 
 
260 aa  70.1  4e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  34.32 
 
 
286 aa  68.9  7e-11  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  26.36 
 
 
264 aa  67.8  1e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  28.76 
 
 
253 aa  68.2  1e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  2.49253e-10 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.6 
 
 
260 aa  67.8  1e-10  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  29.96 
 
 
259 aa  66.6  4e-10  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  31.6 
 
 
259 aa  65.9  7e-10  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  29.24 
 
 
260 aa  65.5  9e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  30.74 
 
 
261 aa  62.4  7e-09  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  29.03 
 
 
279 aa  60.8  2e-08  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  29.51 
 
 
260 aa  59.7  5e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  25.1 
 
 
277 aa  59.3  6e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7160  putative transmembrane anti-sigma factor  25.71 
 
 
255 aa  57.4  2e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494902  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  31.37 
 
 
283 aa  57.4  2e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  31.56 
 
 
274 aa  56.6  4e-07  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6012  putative transmembrane anti-sigma factor  26.14 
 
 
255 aa  56.6  4e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784619  normal  0.0731526 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  23.85 
 
 
275 aa  55.8  7e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  24.31 
 
 
275 aa  54.7  1e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  29.05 
 
 
260 aa  54.7  1e-06  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  30.39 
 
 
283 aa  54.7  1e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  29.91 
 
 
126 aa  53.5  3e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  27.06 
 
 
294 aa  52.8  5e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3094  putative transmembrane anti-sigma factor  30.4 
 
 
255 aa  52.8  6e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334579  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  33.33 
 
 
270 aa  52  1e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3821  putative transmembrane anti-sigma factor  29.83 
 
 
255 aa  51.6  1e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.563425 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  25.52 
 
 
279 aa  49.7  4e-05  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  25 
 
 
279 aa  48.9  7e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  27.24 
 
 
274 aa  47.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  30.89 
 
 
274 aa  46.2  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02209  putative transmembrane protein  30.97 
 
 
276 aa  45.8  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.991816  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  30.84 
 
 
274 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  26.88 
 
 
266 aa  45.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  30.84 
 
 
495 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  31.91 
 
 
274 aa  43.5  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  31.91 
 
 
274 aa  43.5  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  31.91 
 
 
274 aa  43.5  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  31.91 
 
 
274 aa  43.5  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  44 
 
 
307 aa  43.9  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  28.63 
 
 
259 aa  43.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2976  hypothetical protein  23.79 
 
 
260 aa  43.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  28.69 
 
 
274 aa  43.5  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1105  putative transmembrane anti-sigma factor  41.27 
 
 
283 aa  42.4  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144794  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1375  hypothetical protein  46.43 
 
 
266 aa  42.7  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00018937 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1649  putative transmembrane anti-sigma factor  46.43 
 
 
256 aa  42.4  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0261743  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  24.41 
 
 
275 aa  42  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.15965 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>