More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2788 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2788  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 127 aa  259  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2967  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 127 aa  259  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0713  MerR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 125 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.979534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2733  MerR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 135 aa  85.5  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0905  MerR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 117 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.131454  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3871  MerR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  39.47 
 
 		 159 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1339  transcriptional regulator of MerR family protein  52.24 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 139 aa  73.9  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3676  transcriptional regulator, MerR family  39.62 
 
 		 143 aa  73.2  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.511555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  36.79 
 
 		 152 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1950  MerR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 149 aa  72  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.578606  normal  0.329857 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  48.48 
 
 		 155 aa  72  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 128 aa  71.6  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1798  regulatory protein, MerR  42.11 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0455207  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5562  transcriptional regulator  38.83 
 
 		 139 aa  70.1  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21316  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.1 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2198  MerR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2325  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  42.27 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 143 aa  68.6  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  42.7 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 149 aa  68.2  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  42.7 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  47.76 
 
 		 147 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4002  MerR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0894  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0470  putative transcriptional regulator, MerR family  35.09 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0220  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0194  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  39.39 
 
 		 155 aa  67  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  39.09 
 
 		 142 aa  67  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0920  MerR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 141 aa  67  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.320526  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1103  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1117  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2902  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1604  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2912  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0392  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0882  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.656142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  45.59 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 162 aa  66.6  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  37.27 
 
 		 142 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2198  transcriptional regulator, MerR family  32.35 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  31.3 
 
 		 148 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  30.51 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.71 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  65.5  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.71 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 159 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2326  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 150 aa  65.1  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3690  regulatory protein, MerR  39.09 
 
 		 143 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3152  MerR family transcriptional regulator  44 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.335124  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0089  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.45 
 
 		 144 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  45.59 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.28 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0085  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  64.3  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4537  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  47.69 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0082  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0086  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2633  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  35.29 
 
 		 162 aa  63.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.673518 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1630  MerR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1026  MerR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.120689  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 146 aa  63.9  0.0000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3393  transcriptional regulator, MerR family  40.3 
 
 		 254 aa  63.9  0.0000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.988274  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2017  MerR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 140 aa  63.5  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 150 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1941  MerR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 140 aa  63.5  0.0000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 129 aa  63.5  0.0000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 123 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2699  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 171 aa  63.5  0.0000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 147 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 123 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3979  MerR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00581953  normal  0.426596 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.91 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 137 aa  63.5  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  37.74 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>