101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2742 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2742  hypothetical protein  100 
 
 
119 aa  250  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3011  protein of unknown function DUF861, cupin_3  100 
 
 
119 aa  250  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3027  protein of unknown function DUF861 cupin_3  94.12 
 
 
119 aa  241  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.620994 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0697  hypothetical protein  43.86 
 
 
114 aa  101  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.895833  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3163  protein of unknown function DUF861, cupin_3  42.86 
 
 
115 aa  101  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230079  normal  0.0805493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28380  hypothetical protein  40.35 
 
 
114 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0225083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2474  hypothetical protein  40.35 
 
 
114 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0796  protein of unknown function DUF861, cupin_3  41.23 
 
 
114 aa  92  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4660  protein of unknown function DUF861 cupin_3  41.23 
 
 
114 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.894659  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0771  protein of unknown function DUF861 cupin_3  41.23 
 
 
114 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356795  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4665  hypothetical protein  41.23 
 
 
114 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.777876  normal  0.983259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4529  protein of unknown function DUF861, cupin_3  41.23 
 
 
114 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241247  normal  0.339292 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0807  protein of unknown function DUF861 cupin_3  40.35 
 
 
114 aa  90.5  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2491  protein of unknown function DUF861 cupin_3  43.14 
 
 
115 aa  90.1  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.415528  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0894  protein of unknown function DUF861 cupin_3  40.35 
 
 
114 aa  90.1  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0453  protein of unknown function DUF861, cupin_3  39.47 
 
 
114 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0932  protein of unknown function DUF861, cupin_3  39.47 
 
 
114 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0856  protein of unknown function DUF861 cupin_3  40.35 
 
 
114 aa  89.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4028  hypothetical protein  39.47 
 
 
114 aa  89  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2281  protein of unknown function DUF861 cupin_3  37.72 
 
 
117 aa  81.3  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.309355  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1330  protein of unknown function DUF861 cupin_3  39.42 
 
 
117 aa  80.1  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.335699  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3449  protein of unknown function DUF861, cupin_3  38 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.668724 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0868  protein of unknown function DUF861 cupin_3  38.54 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.470118  normal  0.846065 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1693  hypothetical protein  35.29 
 
 
114 aa  71.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1755  hypothetical protein  31.58 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0401  protein of unknown function DUF861, cupin_3  31.58 
 
 
113 aa  70.1  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3108  protein of unknown function DUF861, cupin_3  38.3 
 
 
119 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312601  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1243  protein of unknown function DUF861 cupin_3  36.54 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.385254  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2929  protein of unknown function DUF861, cupin_3  38.3 
 
 
121 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000538599  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3011  protein of unknown function DUF861, cupin_3  38.3 
 
 
121 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253622  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1082  protein of unknown function DUF861, cupin_3  38.3 
 
 
121 aa  67  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000597126  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5027  protein of unknown function DUF861 cupin_3  34.51 
 
 
117 aa  67.4  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.838844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5279  hypothetical protein  31.48 
 
 
119 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1090  hypothetical protein  38.3 
 
 
121 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00838125  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1150  protein of unknown function DUF861 cupin_3  38.3 
 
 
121 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00929773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1184  protein of unknown function DUF861 cupin_3  38.3 
 
 
121 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.831048  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3205  protein of unknown function DUF861 cupin_3  38.3 
 
 
121 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4020  protein of unknown function DUF861 cupin_3  32.77 
 
 
123 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7505  hypothetical protein  33.63 
 
 
117 aa  66.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0091  hypothetical protein  29.57 
 
 
121 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5189  protein of unknown function DUF861, cupin_3  30.56 
 
 
119 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322269  normal  0.130139 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6090  hypothetical protein  31.03 
 
 
120 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3725  protein of unknown function DUF861 cupin_3  32.77 
 
 
123 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.693386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5331  protein of unknown function DUF861 cupin_3  30.56 
 
 
119 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.038012 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3903  protein of unknown function DUF861 cupin_3  33.61 
 
 
120 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.845476  normal  0.334564 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5000  protein of unknown function DUF861 cupin_3  37.5 
 
 
118 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.883571  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3501  hypothetical protein  37.23 
 
 
124 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0191  protein of unknown function DUF861 cupin_3  30.56 
 
 
119 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0236  protein of unknown function DUF861, cupin_3  34.69 
 
 
119 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0745  protein of unknown function DUF861 cupin_3  34.19 
 
 
121 aa  64.3  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70170  hypothetical protein  29.31 
 
 
120 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0964  protein of unknown function DUF861, cupin_3  32.26 
 
 
121 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.179543  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0226  hypothetical protein  29.31 
 
 
122 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3024  protein of unknown function DUF861, cupin_3  32.26 
 
 
124 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00331954  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0934  protein of unknown function DUF861 cupin_3  30.11 
 
 
128 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6071  protein of unknown function DUF861, cupin_3  35.48 
 
 
126 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.045392  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6639  protein of unknown function DUF861 cupin_3  34.74 
 
 
120 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5603  protein of unknown function DUF861 cupin_3  31.09 
 
 
117 aa  62.8  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.919827  normal  0.384238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1042  protein of unknown function DUF861, cupin_3  28.7 
 
 
127 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0284329  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4423  protein of unknown function DUF861 cupin_3  31.9 
 
 
118 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728084  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7526  hypothetical protein  40.86 
 
 
126 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190702  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2651  hypothetical protein  28.81 
 
 
121 aa  61.2  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000014442  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7677  hypothetical protein  34.41 
 
 
126 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.207566  normal  0.173721 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5674  hypothetical protein  33.06 
 
 
118 aa  60.1  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.805753  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4966  protein of unknown function DUF861, cupin_3  41.43 
 
 
117 aa  59.3  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0418481 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0904  protein of unknown function DUF861, cupin_3  30.68 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7582  normal  0.40632 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1112  protein of unknown function DUF861 cupin_3  29.03 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0143177  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0874  hypothetical protein  30.68 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0771767  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5535  hypothetical protein  34 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.110951  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2907  protein of unknown function DUF861 cupin_3  34.02 
 
 
117 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186093  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1826  hypothetical protein  34.65 
 
 
119 aa  57.4  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.756996  normal  0.856699 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1908  hypothetical protein  33.33 
 
 
123 aa  56.6  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.346716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4304  protein of unknown function DUF861 cupin_3  30.23 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.631594  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19750  hypothetical protein  31.82 
 
 
114 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0821  hypothetical protein  29.82 
 
 
149 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.79703  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1701  hypothetical protein  31.82 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.127325  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2676  hypothetical protein  29.21 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0142789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0918  protein of unknown function DUF861 cupin_3  28.41 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0754701  normal  0.435909 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4007  hypothetical protein  31.07 
 
 
128 aa  51.6  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3856  protein of unknown function DUF861 cupin_3  29.7 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4606  protein of unknown function DUF861, cupin_3  31.96 
 
 
124 aa  47  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0042  hypothetical protein  27.19 
 
 
120 aa  45.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.358454 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0047  protein of unknown function DUF861, cupin_3  31.43 
 
 
119 aa  42.7  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6574  protein of unknown function DUF861 cupin_3  34.78 
 
 
114 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.647379 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0634  protein of unknown function DUF861 cupin_3  26.26 
 
 
128 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.491778  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1624  hypothetical protein  23.91 
 
 
138 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1940  protein of the cupin superfamily-like protein  28.09 
 
 
131 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
297 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5714  protein of unknown function DUF861 cupin_3  30.48 
 
 
116 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.734293 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0766  hypothetical protein  31.88 
 
 
114 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.877225  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1533  protein of unknown function DUF861, cupin_3  25.4 
 
 
91 aa  41.2  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000391778  normal  0.890973 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1145  hypothetical protein  23.33 
 
 
174 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.212798  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1808  hypothetical protein  23.33 
 
 
174 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3083  protein of unknown function DUF861 cupin_3  27 
 
 
296 aa  40.8  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0624  hypothetical protein  23.33 
 
 
138 aa  40.4  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.819765  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2357  hypothetical protein  23.6 
 
 
609 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2687  protein of unknown function DUF861, cupin_3  28.43 
 
 
240 aa  40.8  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1483  hypothetical protein  31.88 
 
 
114 aa  40.4  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.171215  hitchhiker  0.000969806 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0842  hypothetical protein  23.33 
 
 
123 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1060  hypothetical protein  23.33 
 
 
123 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>