More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2586 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2586  amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 470 aa  940    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163018  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3252  amino acid permease-associated region  95.04 
 
 		 464 aa  853    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719385  normal  0.223004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2573  amino acid permease-associated region  86.96 
 
 		 457 aa  749    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3130  amino acid permease-associated region  99.78 
 
 		 460 aa  917    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1550  amino acid permease-associated region  54.28 
 
 		 462 aa  497  1e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.29371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6579  amino acid permease-associated region  50.66 
 
 		 462 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0989749  decreased coverage  0.00384925 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5732  amino acid permease-associated region  50.66 
 
 		 462 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6096  amino acid permease-associated region  50.66 
 
 		 462 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0357  amino acid permease-associated region  52.62 
 
 		 449 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6094  amino acid permease-associated region  50.98 
 
 		 463 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4455  amino acid permease-associated region  49.67 
 
 		 457 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.103538  normal  0.0381095 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4749  amino acid permease-associated region  49.67 
 
 		 457 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7548  amino acid transporter  48.37 
 
 		 463 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.219639 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6016  amino acid permease-associated region  48.49 
 
 		 463 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4368  amino acid permease-associated region  49.67 
 
 		 457 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5856  amino acid permease-associated region  49.68 
 
 		 463 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0415  putative transporter  52.39 
 
 		 464 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.824759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04210  putative transporter  51.94 
 
 		 464 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  42.47 
 
 		 441 aa  358  9e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17740  amino acid ABC transporter permease  44.06 
 
 		 440 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1544  putative amino acid permease  43.84 
 
 		 440 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  41.46 
 
 		 449 aa  345  1e-93  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3215  amino acid permease-associated region  40 
 
 		 455 aa  336  5.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52961  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2587  amino acid permease-associated region  42.66 
 
 		 440 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1229  amino acid ABC transporter permease  40.45 
 
 		 450 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.674288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1258  amino acid permease-associated region  40.45 
 
 		 450 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101609  normal  0.957729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4189  amino acid permease-associated region  40.67 
 
 		 450 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  40.67 
 
 		 456 aa  329  6e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  40.45 
 
 		 450 aa  329  7e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  39.91 
 
 		 456 aa  325  7e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  39.26 
 
 		 447 aa  325  2e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0060  amino acid permease-associated region  40.27 
 
 		 440 aa  325  2e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  40.41 
 
 		 461 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  39.91 
 
 		 443 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  40.18 
 
 		 461 aa  320  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1760  amino acid permease-associated region  38.64 
 
 		 456 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  39.95 
 
 		 461 aa  318  1e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  39.95 
 
 		 461 aa  318  1e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  39.95 
 
 		 461 aa  318  1e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  39.45 
 
 		 443 aa  318  1e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  40.18 
 
 		 461 aa  318  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2033  amino acid permease-associated region  38.12 
 
 		 459 aa  318  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  39.45 
 
 		 443 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  40.05 
 
 		 456 aa  317  2e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  39.95 
 
 		 461 aa  318  2e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2350  amino acid permease-associated region  40.18 
 
 		 461 aa  317  3e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4081  amino acid permease  38.62 
 
 		 443 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  40.18 
 
 		 461 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0530  amino acid permease-associated region  38.37 
 
 		 443 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0535  amino acid permease-associated region  38.53 
 
 		 443 aa  312  9e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3809  amino acid permease-associated region  38.14 
 
 		 443 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0587  amino acid permease-associated region  38.3 
 
 		 443 aa  309  8e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0509  amino acid permease-associated region  38.3 
 
 		 443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7480  amino acid permease-associated region  42.47 
 
 		 454 aa  306  4.0000000000000004e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2029  amino acid permease family protein  40.05 
 
 		 442 aa  305  8.000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2212  amino acid permease-associated region  37.81 
 
 		 453 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2517  amino acid permease-associated region  38.34 
 
 		 463 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0624875  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3082  amino acid permease  38.12 
 
 		 463 aa  302  9e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2421  amino acid permease family protein  38.12 
 
 		 463 aa  302  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2628  amino acid permease-associated region  37.05 
 
 		 453 aa  301  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0615557  normal  0.778378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4371  amino acid permease-associated region  39.3 
 
 		 446 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.670873  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3995  amino acid permease-associated region  39.3 
 
 		 446 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140691  normal  0.543798 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3528  amino acid permease-associated region  39.3 
 
 		 446 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.802107 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2405  amino acid permease  36.71 
 
 		 452 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0506799 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2246  amino acid permease  36.71 
 
 		 452 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2192  amino acid permease  36.71 
 
 		 452 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2295  amino acid permease  36.71 
 
 		 452 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0751676 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2293  amino acid permease  36.71 
 
 		 452 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.05629 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2314  amino acid permease-associated region  37.95 
 
 		 453 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1639  amino acid permease-associated region  39.73 
 
 		 446 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00236467  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01917  predicted amino-acid transporter  36.04 
 
 		 452 aa  289  6e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1643  amino acid permease-associated region  36.04 
 
 		 452 aa  289  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.121061  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1218  amino acid permease  36.04 
 
 		 452 aa  289  6e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2947  amino acid permease  36.04 
 
 		 452 aa  289  6e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  hitchhiker  0.000000000177755 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2152  amino acid permease  36.04 
 
 		 452 aa  289  6e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1045  amino acid permease  36.04 
 
 		 452 aa  289  6e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0835245 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2305  amino acid permease  36.04 
 
 		 452 aa  289  6e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1626  amino acid permease-associated region  36.04 
 
 		 452 aa  289  6e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01903  hypothetical protein  36.04 
 
 		 452 aa  289  6e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2802  amino acid permease family protein  37.9 
 
 		 443 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35860  amino acid permease  38.11 
 
 		 434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332281  decreased coverage  9.326859999999999e-20 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  36.66 
 
 		 454 aa  274  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0116  amino acid transporter  33.49 
 
 		 443 aa  249  7e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  32.05 
 
 		 455 aa  239  9e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  33.49 
 
 		 468 aa  232  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  33.87 
 
 		 449 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  34.32 
 
 		 449 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  34.24 
 
 		 449 aa  227  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0187  amino acid permease-associated region  31.28 
 
 		 466 aa  222  9e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.20058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1963  amino acid permease-associated region  31.94 
 
 		 468 aa  212  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.281005 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3016  amino acid transporter  31.71 
 
 		 462 aa  211  3e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0154714 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1529  amino acid permease-associated region  31.45 
 
 		 473 aa  202  9e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.327796  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6300  amino acid permease-associated region  31.45 
 
 		 473 aa  202  9e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819384 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  30.02 
 
 		 465 aa  201  3e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6959  amino acid permease-associated region  30.79 
 
 		 473 aa  200  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0553  amino acid permease-associated region  35.82 
 
 		 466 aa  189  7e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.824768 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1476  amino acid transporter  31.84 
 
 		 447 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.161402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1513  amino acid transporter  31.84 
 
 		 447 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.490527  hitchhiker  0.0000000124915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1792  amino acid transporter  31.84 
 
 		 447 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000593149  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1492  amino acid transporter  31.6 
 
 		 447 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.488484  hitchhiker  0.0000000000000168224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>