More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2555 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2555  methyltransferase type 12  100 
 
 
226 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0699179  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3160  methyltransferase type 12  94.59 
 
 
222 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.657234  normal  0.0993246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3361  methyltransferase type 12  89.64 
 
 
222 aa  397  1e-110  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313906  normal  0.784273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2169  hypothetical protein  80.09 
 
 
223 aa  367  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2488  methyltransferase type 11  78.73 
 
 
223 aa  345  4e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.180957 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2699  methyltransferase type 12  50.23 
 
 
231 aa  221  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1721  Methyltransferase type 12  50.9 
 
 
226 aa  202  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.60081e-14 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54050  hypothetical protein  51.9 
 
 
221 aa  199  4e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1254  methyltransferase type 12  51.6 
 
 
226 aa  197  8e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.452774  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2281  Methyltransferase type 11  47.75 
 
 
237 aa  190  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3913  methyltransferase type 11  31.02 
 
 
232 aa  86.3  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119732  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5884  methyltransferase type 11  27.13 
 
 
264 aa  73.6  3e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1159  methyltransferase type 11  32 
 
 
260 aa  71.2  1e-11  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.255904  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1418  Methyltransferase type 11  33.48 
 
 
245 aa  70.1  3e-11  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.291463  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4338  methyltransferase type 11  33.12 
 
 
208 aa  67  2e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3030  type 12 methyltransferase  30.98 
 
 
258 aa  65.9  5e-10  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.788601  normal  0.081497 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0348  hypothetical protein  29.73 
 
 
208 aa  65.9  5e-10  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.11153  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1144  Methyltransferase type 11  31.25 
 
 
337 aa  65.5  7e-10  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.344527  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1219  Methyltransferase type 11  32.39 
 
 
269 aa  64.3  1e-09  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5190  hypothetical protein  30.82 
 
 
207 aa  64.7  1e-09  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1428  Methyltransferase type 11  30.73 
 
 
233 aa  63.9  2e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.258196 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3385  hypothetical protein  27.22 
 
 
251 aa  63.5  2e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.244132  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1321  Methyltransferase type 11  31.76 
 
 
269 aa  63.2  3e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2918  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  30.08 
 
 
241 aa  63.2  3e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536779  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0996  Methyltransferase type 11  25.27 
 
 
246 aa  63.2  4e-09  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3148  ubiE/COQ5 methyltransferase family protein  25.14 
 
 
251 aa  61.2  1e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.61441e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5124  methyltransferase type 11  30.84 
 
 
241 aa  61.6  1e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.306844 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3384  hypothetical protein  25.14 
 
 
251 aa  61.2  1e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3265  methyltransferase type 11  30.84 
 
 
241 aa  60.8  1e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2935  methyltransferase type 11  24.53 
 
 
249 aa  61.2  1e-08  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35300  hypothetical protein  27.42 
 
 
218 aa  60.5  2e-08  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4083  methyltransferase type 11  29.7 
 
 
257 aa  60.8  2e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.189475  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3033  hypothetical protein  30.39 
 
 
252 aa  59.7  3e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.274712  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3115  methyl transferase  30.39 
 
 
283 aa  60.1  3e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3087  hypothetical protein  30.39 
 
 
252 aa  59.7  3e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1330  Methyltransferase type 11  31.95 
 
 
252 aa  60.1  3e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4053  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase UbiE  27.75 
 
 
207 aa  59.3  4e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2034  hypothetical protein  30.39 
 
 
242 aa  59.7  4e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2164  hypothetical protein  30.39 
 
 
242 aa  59.7  4e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.883153  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2580  hypothetical protein  30.39 
 
 
242 aa  59.7  4e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0747  hypothetical protein  30.39 
 
 
242 aa  59.7  4e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8438  SAM-dependent methyltransferase, putative  28.26 
 
 
258 aa  58.9  6e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3389  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase ubie  24.85 
 
 
251 aa  58.9  7e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.232825  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1409  methyltransferase type 11  24.31 
 
 
243 aa  58.5  8e-08  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3164  hypothetical protein  24.58 
 
 
251 aa  58.5  9e-08  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0872868  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3414  hypothetical protein  24.58 
 
 
251 aa  58.5  9e-08  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0486  hypothetical protein  29.59 
 
 
208 aa  58.2  1e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0170  methyltransferase type 11  24.66 
 
 
269 aa  58.2  1e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000954595  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3362  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase ubie  24.29 
 
 
251 aa  57.8  1e-07  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3058  ubiE/COQ5 methyltransferase family protein  24.58 
 
 
251 aa  58.2  1e-07  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550662  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2300  methyltransferase type 11  27.68 
 
 
260 aa  57.4  2e-07  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1957  methyltransferase type 11  27.91 
 
 
236 aa  57  2e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.476882  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2561  Methyltransferase type 11  25.31 
 
 
261 aa  56.6  3e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.894983  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2548  thiopurine S-methyltransferase  26.01 
 
 
213 aa  56.6  3e-07  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.997429  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12280  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  29.24 
 
 
236 aa  56.2  4e-07  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0233  hypothetical protein  29.81 
 
 
209 aa  56.2  4e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.385291  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0249  Methyltransferase type 11  32.22 
 
 
244 aa  56.2  4e-07  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0629  methyltransferase type 11  28.17 
 
 
207 aa  55.8  5e-07  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2336  methyltransferase type 11  24.79 
 
 
280 aa  55.8  6e-07  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2832  methyl transferase  31.93 
 
 
259 aa  55.5  6e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1146  Methyltransferase type 11  31.82 
 
 
251 aa  55.5  7e-07  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114976  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3471  methyltransferase type 11  26.06 
 
 
207 aa  55.1  8e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00055475  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3704  methyltransferase type 11  29.66 
 
 
244 aa  55.1  9e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0257  Methyltransferase type 11  28.4 
 
 
208 aa  55.1  1e-06  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00403327 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2770  methyltransferase type 12  24.24 
 
 
408 aa  55.1  1e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3665  Methyltransferase type 11  31.61 
 
 
223 aa  54.7  1e-06  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2138  Methyltransferase type 11  40.32 
 
 
260 aa  53.5  2e-06  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1805  Methyltransferase type 11  26.46 
 
 
264 aa  54.3  2e-06  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.440612  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3059  Trans-aconitate 2-methyltransferase  32.43 
 
 
255 aa  53.5  2e-06  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000652441 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4181  methyltransferase type 11  29.39 
 
 
270 aa  54.3  2e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2130  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  36.79 
 
 
241 aa  53.9  2e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.874721 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4832  methyltransferase type 11  29.39 
 
 
270 aa  54.3  2e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3334  methyltransferase type 11  29.39 
 
 
270 aa  54.3  2e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06424  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  26.38 
 
 
234 aa  53.5  3e-06  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1916  hypothetical protein  29.01 
 
 
211 aa  53.5  3e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.193289  normal  0.326976 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3351  methyltransferase type 11  29.95 
 
 
257 aa  53.1  4e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2327  methylase  25.84 
 
 
241 aa  52.4  5e-06  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.102662  normal  0.330615 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2631  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  28.65 
 
 
265 aa  52.4  6e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3139  methyltransferase type 11  29.74 
 
 
244 aa  52.4  6e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.763715 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3197  methyltransferase type 11  22.83 
 
 
247 aa  52.4  6e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2775  Methyltransferase type 11  23.86 
 
 
277 aa  52  7e-06  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3333  C-methyltransferase  25.3 
 
 
413 aa  52  8e-06  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2784  C-methyltransferase  25.3 
 
 
413 aa  51.6  9e-06  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.611308 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1264  type 11 methyltransferase  30.29 
 
 
262 aa  51.2  1e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.086933  normal  0.147611 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1751  putative methyltransferase  33.83 
 
 
222 aa  51.2  1e-05  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0038  methyltransferase type 12  25.66 
 
 
220 aa  51.2  1e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1712  methyltransferase type 12  25.66 
 
 
220 aa  51.2  1e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1746  methyltransferase type 12  25.66 
 
 
220 aa  51.2  1e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0212667  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2512  hypothetical protein  25.66 
 
 
220 aa  51.2  1e-05  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.452599  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1218  Tn554 hypothetical protein  25.66 
 
 
220 aa  51.2  1e-05  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000635132  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1341  Tn554 hypothetical protein  25.66 
 
 
220 aa  51.2  1e-05  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.458469  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0038  methyltransferase type 12  25.66 
 
 
220 aa  51.2  1e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2003  methyltransferase type 11  27.65 
 
 
244 aa  50.4  2e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428029  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0368  Methyltransferase type 11  31.29 
 
 
365 aa  50.8  2e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0111  hypothetical protein  25.82 
 
 
262 aa  50.4  2e-05  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0314967  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2707  Methyltransferase type 12  39.81 
 
 
201 aa  50.4  2e-05  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.821475 
 
 
-
 
NC_004310  BR0114  hypothetical protein  25.82 
 
 
262 aa  50.4  2e-05  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1599  D-mycarose 3-C-methyltransferase  26.67 
 
 
416 aa  50.4  2e-05  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7304  hypothetical protein  27.62 
 
 
296 aa  50.1  3e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9984  predicted protein  30.4 
 
 
249 aa  50.1  3e-05  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0507609  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>