More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2553 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010084  Bmul_0634  major facilitator transporter  73.53 
 
 
461 aa  661  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3319  major facilitator superfamily MFS_1  70.4 
 
 
469 aa  653  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.621716  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0121  major facilitator superfamily MFS_1  74.11 
 
 
468 aa  668  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0299314  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4303  major facilitator superfamily MFS_1  72.99 
 
 
461 aa  671  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.625349  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3162  major facilitator transporter  99.34 
 
 
457 aa  922  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.688084  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5816  major facilitator superfamily MFS_1  74.22 
 
 
468 aa  672  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.349561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4438  major facilitator transporter  73.09 
 
 
464 aa  652  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357208  normal  0.925745 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4413  major facilitator superfamily MFS_1  72.99 
 
 
461 aa  671  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.906196  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3363  major facilitator transporter  98.25 
 
 
457 aa  912  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.124155  normal  0.451531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4754  major facilitator transporter  73.83 
 
 
467 aa  678  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.108309  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6411  major facilitator transporter  72.44 
 
 
461 aa  670  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.729723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2553  major facilitator family transporter  100 
 
 
457 aa  926  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0427116  decreased coverage  0.00798136 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2224  major facilitator transporter  94.31 
 
 
457 aa  887  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0671964  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0190  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  68.31 
 
 
459 aa  628  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5790  major facilitator superfamily MFS_1  65.32 
 
 
477 aa  608  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.339463  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5797  major facilitator transporter  63.31 
 
 
477 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2248  major facilitator superfamily MFS_1  67.95 
 
 
463 aa  585  1e-166  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.169754  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5800  major facilitator superfamily MFS_1  61.78 
 
 
477 aa  571  1e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.83558e-09  normal  0.391929 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2371  major facilitator transporter  65.34 
 
 
406 aa  530  1e-149  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.363547  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0102  major facilitator superfamily MFS_1  50.94 
 
 
456 aa  414  1e-114  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5092  major facilitator superfamily MFS_1  45.96 
 
 
493 aa  396  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.274415 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8642  major facilitator superfamily MFS_1  44.29 
 
 
453 aa  357  4e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0117  major facilitator superfamily MFS_1  43.74 
 
 
444 aa  345  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4082  major facilitator transporter  42.39 
 
 
439 aa  341  2e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3858  major facilitator superfamily MFS_1  42.11 
 
 
439 aa  336  6e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2289  major facilitator transporter  38.97 
 
 
458 aa  331  1e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21518  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2329  major facilitator superfamily MFS_1  40.36 
 
 
452 aa  330  3e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.126091  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3484  major facilitator transporter  40.23 
 
 
468 aa  325  9e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3499  major facilitator transporter  42.17 
 
 
442 aa  320  2e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1587  major facilitator transporter  38.51 
 
 
450 aa  304  2e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.891359  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3917  major facilitator superfamily MFS_1  36.72 
 
 
446 aa  270  3e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.981496  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1613  major facilitator superfamily protein  36.69 
 
 
482 aa  266  5e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4107  General substrate transporter  36.88 
 
 
447 aa  266  8e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7815  major facilitator superfamily MFS_1  39.66 
 
 
442 aa  258  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0076  major facilitator transporter  36.01 
 
 
450 aa  256  6e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2383  major facilitator transporter  37.4 
 
 
441 aa  255  1e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19080  arabinose efflux permease family protein  35.36 
 
 
443 aa  254  2e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.297545  normal  0.79631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1848  major facilitator transporter  36.94 
 
 
447 aa  253  5e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0276958 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0233  shikimate transporter  34.36 
 
 
433 aa  253  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.30942  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0249  shikimate transporter  34.36 
 
 
433 aa  252  9e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0251  shikimate transporter  34.36 
 
 
433 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30660  sugar phosphate permease  35.22 
 
 
466 aa  251  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488584  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0233  major facilitator family transporter  34.12 
 
 
433 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0442983  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1708  General substrate transporter  33.8 
 
 
430 aa  250  3e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2798  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  37.63 
 
 
437 aa  249  9e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.606232  normal  0.0553764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4431  putative transmembrane transport protein (general substrate transporter)  36.34 
 
 
468 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.90441  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0236  shikimate transporter  33.57 
 
 
433 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2256  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  34.61 
 
 
447 aa  247  3e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.650686  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5329  major facilitator superfamily MFS_1  35.23 
 
 
440 aa  247  4e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4702  general substrate transporter  34.57 
 
 
461 aa  246  4e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.57172  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5087  general substrate transporter  34.57 
 
 
461 aa  246  4e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.829473 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4788  general substrate transporter  34.57 
 
 
461 aa  246  4e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2344  major facilitator transporter  35.91 
 
 
461 aa  245  1e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10040  nitrate/nitrite transporter  38.15 
 
 
439 aa  244  3e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1314  General substrate transporter  33.04 
 
 
470 aa  243  4e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.2233e-06 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1319  general substrate transporter  33.48 
 
 
484 aa  243  4e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1269  general substrate transporter  32.39 
 
 
470 aa  243  4e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11224  integral membrane transport protein  37.09 
 
 
425 aa  242  1e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000679327  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1111  General substrate transporter  36.78 
 
 
460 aa  241  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4675  major facilitator transporter  35.52 
 
 
628 aa  240  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.85896  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8895  General substrate transporter  35.08 
 
 
455 aa  239  6e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3159  general substrate transporter  35.02 
 
 
428 aa  239  7e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.761686  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3906  major facilitator superfamily transporter  40.87 
 
 
432 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.162053  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3832  major facilitator transporter  40.87 
 
 
432 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143168  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3818  major facilitator transporter  40.87 
 
 
432 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3897  general substrate transporter  36.82 
 
 
436 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4723  major facilitator superfamily MFS_1  37.14 
 
 
465 aa  237  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.238752  normal  0.508287 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5782  major facilitator superfamily MFS_1  34.73 
 
 
454 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4531  general substrate transporter  37.21 
 
 
456 aa  237  4e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1621  inner membrane metabolite transport protein ydfJ  33.63 
 
 
455 aa  236  6e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00533306  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4524  major facilitator transporter  33.72 
 
 
439 aa  236  7e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.063118  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2295  major facilitator superfamily MFS_1  35.07 
 
 
452 aa  236  7e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1047  major facilitator transporter  33.33 
 
 
451 aa  236  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3334  major facilitator superfamily protein  36.53 
 
 
439 aa  234  2e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.998489 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5098  putative MFS superfamily transport protein  33.18 
 
 
459 aa  234  2e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.393625 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1879  general substrate transporter  35.7 
 
 
463 aa  234  2e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1813  general substrate transporter  35.7 
 
 
463 aa  234  2e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0995372  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1832  general substrate transporter  35.7 
 
 
463 aa  234  2e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.326977  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02410  Major Facilitator Superfamily transporter  34.47 
 
 
467 aa  233  4e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.277787  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8515  putative transport protein  37.93 
 
 
438 aa  233  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.541584  normal  0.8077 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0314  major facilitator transporter  34.42 
 
 
457 aa  233  7e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0335  major facilitator transporter  34.42 
 
 
457 aa  233  7e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.280682 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2766  permease of the major facilitator superfamily  38.24 
 
 
427 aa  233  7e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0928432  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0325  major facilitator transporter  34.42 
 
 
457 aa  233  7e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1934  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  34.61 
 
 
459 aa  233  7e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1471  general substrate transporter  33.78 
 
 
447 aa  232  9e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.360609  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3998  General substrate transporter  32.4 
 
 
430 aa  232  1e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5743  major facilitator superfamily MFS_1  36.55 
 
 
461 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0804971  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2586  major facilitator superfamily MFS_1  36.55 
 
 
435 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.900551  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2899  major facilitator superfamily transporter  34.28 
 
 
430 aa  231  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.872832  normal  0.0447216 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3004  major facilitator transporter  35.94 
 
 
437 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1437  major facilitator superfamily MFS_1  35.94 
 
 
437 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0860  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  36.32 
 
 
441 aa  231  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3269  major facilitator superfamily MFS_1  36.79 
 
 
436 aa  231  3e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.643354  normal  0.0817814 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3577  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  36.94 
 
 
437 aa  230  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0216  major facilitator superfamily MFS_1  34.2 
 
 
449 aa  230  4e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4783  major facilitator superfamily MFS_1  34.56 
 
 
474 aa  230  4e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1038  major facilitator superfamily MFS_1  34 
 
 
457 aa  230  5e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2307  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  35.25 
 
 
452 aa  229  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20210  arabinose efflux permease family protein  36.88 
 
 
452 aa  229  9e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.272116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>