More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2548 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3167  major facilitator transporter  99.54 
 
 
438 aa  863  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3680  general substrate transporter  84.58 
 
 
441 aa  704  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2219  major facilitator transporter  93.84 
 
 
438 aa  785  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.964638 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2548  major facilitator transporter  100 
 
 
438 aa  867  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0350474  decreased coverage  0.00746695 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44190  putative sugar MFS transporter  71.3 
 
 
462 aa  634  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0069077  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3368  major facilitator transporter  98.4 
 
 
438 aa  856  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.422025 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3760  MFS family transporter  71.85 
 
 
447 aa  633  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4233  MFS family transporter  69.63 
 
 
445 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49610  MFS family transporter  71.77 
 
 
444 aa  554  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00430854  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000089  hexose phosphate uptake regulatory protein UhpC  27.74 
 
 
446 aa  147  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5978  sn-glycerol-3-phosphate transporter  30.89 
 
 
448 aa  146  8e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.207284  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69130  sn-glycerol-3-phosphate transporter  31.14 
 
 
448 aa  146  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5238  glycerol-3-phosphate transporter  27.29 
 
 
449 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0305  sn-glycerol-3-phosphate transporter  27.5 
 
 
449 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.886958 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3298  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.92 
 
 
457 aa  142  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4646  glycerol-3-phosphate transporter  26.04 
 
 
449 aa  142  1e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  7.91973e-08  unclonable  8.6547e-26 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0577  glycerol-3-phosphate transporter  25.95 
 
 
448 aa  141  2e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2870  glycerol-3-phosphate transporter  28.12 
 
 
445 aa  141  2e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0575  glycerol-3-phosphate transporter  26.67 
 
 
449 aa  141  2e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0424748  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1713  sn-glycerol-3-phosphate transporter  29.5 
 
 
483 aa  140  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0556  glycerol-3-phosphate transporter  25.85 
 
 
449 aa  140  5e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.67094e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0790  glycerol-3-phosphate transporter  26.56 
 
 
449 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.64698e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0661  glycerol-3-phosphate transporter  26.04 
 
 
449 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00772133  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0571  glycerol-3-phosphate transporter  26.56 
 
 
449 aa  139  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00198632  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0729  glycerol-3-phosphate transporter  26.82 
 
 
449 aa  139  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0628  glycerol-3-phosphate transporter  26.04 
 
 
449 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  2.15527e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0572  glycerol-3-phosphate transporter  25.78 
 
 
449 aa  138  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00224555  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0718  glycerol-3-phosphate transporter  25.78 
 
 
449 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70433e-14 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0692  glycerol-3-phosphate transporter  25.78 
 
 
449 aa  137  3e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00296748  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5451  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.47 
 
 
449 aa  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00923139 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0134  regulatory protein UhpC  28.04 
 
 
443 aa  136  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002677  glycerol-3-phosphate transporter  28.28 
 
 
454 aa  134  2e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03311  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.84 
 
 
455 aa  132  1e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0222  glycerol-3-phosphate transporter  27.63 
 
 
445 aa  131  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0222  glycerol-3-phosphate transporter  27.63 
 
 
445 aa  131  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.493626  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0385  glycerol-3-phosphate transporter  28.38 
 
 
452 aa  130  4e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  1.12087e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0395  glycerol-3-phosphate transporter  28.38 
 
 
452 aa  130  4e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3268  sn-glycerol-3-phosphate transporter  29.79 
 
 
446 aa  129  1e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02125  hypothetical protein  28.27 
 
 
452 aa  128  2e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2380  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.27 
 
 
452 aa  128  2e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2537  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.27 
 
 
452 aa  128  2e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02166  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.27 
 
 
452 aa  128  2e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2622  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.27 
 
 
452 aa  128  2e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4130  regulatory protein UhpC  26.36 
 
 
453 aa  128  2e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.543128  normal  0.246836 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1411  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.27 
 
 
452 aa  128  2e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.476503 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1419  glycerol-3-phosphate transporter  28.27 
 
 
452 aa  128  2e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2392  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.27 
 
 
452 aa  127  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0831  GlpT/PgpT/UhpT family protein  26.82 
 
 
456 aa  127  3e-28  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.571145  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4078  regulatory protein UhpC  26.3 
 
 
443 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0083  regulatory protein UhpC  26.3 
 
 
443 aa  128  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.644662  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3377  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.27 
 
 
452 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0001  sn-glycerol-3-phosphate transporter  28.67 
 
 
452 aa  126  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  5.30916e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5097  regulatory protein UhpC  28.37 
 
 
439 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.113676 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0247  sn-glycerol-3-phosphate transporter  27.65 
 
 
450 aa  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0274937  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3958  sn-glycerol-3-phosphate transporter  27.06 
 
 
449 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00220837  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2474  hypothetical protein  26.11 
 
 
455 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4032  regulatory protein UhpC  28.14 
 
 
439 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.47751 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2523  sn-glycerol-3-phosphate transporter  27.75 
 
 
452 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.791252 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2511  sn-glycerol-3-phosphate transporter  27.75 
 
 
452 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0032  regulatory protein UhpC  28.14 
 
 
439 aa  124  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3880  regulatory protein UhpC  28.14 
 
 
439 aa  124  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2623  hypothetical protein  26.11 
 
 
455 aa  124  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2419  sn-glycerol-3-phosphate transporter  27.75 
 
 
452 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03551  membrane protein regulates uhpT expression  28.14 
 
 
439 aa  124  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2627  sn-glycerol-3-phosphate transporter  27.75 
 
 
452 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.588856 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0036  phosphoglycerate transporter  28.14 
 
 
439 aa  124  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2468  sn-glycerol-3-phosphate transporter  27.75 
 
 
452 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0862405 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4252  regulatory protein UhpC  28.14 
 
 
439 aa  124  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03493  hypothetical protein  28.14 
 
 
439 aa  124  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5051  phosphoglycerate transporter  26.7 
 
 
444 aa  122  1e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0199  sn-glycerol-3-phosphate transporter  26.74 
 
 
449 aa  122  1e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000543007  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2629  phosphoglycerate transport: transporter  27.09 
 
 
463 aa  122  1e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0199  sn-glycerol-3-phosphate transporter  27.38 
 
 
451 aa  122  1e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.140488  normal  0.0295712 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2653  phosphoglycerate transport: transporter  27.09 
 
 
463 aa  122  1e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4175  regulatory protein UhpC  27.91 
 
 
439 aa  121  2e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0225  sn-glycerol-3-phosphate transporter  26.77 
 
 
450 aa  121  2e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2540  phosphoglycerate transport: transporter  27.37 
 
 
463 aa  121  2e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2759  phosphoglycerate transporter  27.37 
 
 
463 aa  121  2e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2588  phosphoglycerate transport: transporter  27.37 
 
 
463 aa  121  2e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0511  glycerol 3-phosphate transporter  24.76 
 
 
481 aa  120  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  6.1877e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4149  sn-glycerol-3-phosphate transporter  26.82 
 
 
449 aa  120  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  8.7639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1684  major facilitator superfamily MFS_1  25.78 
 
 
422 aa  120  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.597788  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2060  glycerol-3-phosphate transporter  27.02 
 
 
452 aa  119  9e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0640  major facilitator transporter  25.31 
 
 
480 aa  117  3e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0187826  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_94723  MFS family transporter: glycerol-3-phosphate  28.23 
 
 
424 aa  117  4e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  decreased coverage  0.000449836 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5381  phosphoglycerate transporter family protein  26.2 
 
 
444 aa  117  4e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4940  glycerol-3-phosphate transporter  25.69 
 
 
444 aa  117  4e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1773  major facilitator superfamily MFS_1  26.44 
 
 
441 aa  117  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2804  sn-glycerol-3-phosphate transporter  26.97 
 
 
450 aa  117  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.42488  normal  0.676266 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4955  glycerol-3-phosphate transporter  25.69 
 
 
444 aa  117  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5109  phosphoglycerate transporter family protein  25.94 
 
 
444 aa  117  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5500  phosphoglycerate transporter family protein  25.94 
 
 
444 aa  117  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5573  phosphoglycerate transporter family protein  25.94 
 
 
444 aa  116  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5375  phosphoglycerate transporter family protein  25.94 
 
 
444 aa  115  1e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5429  phosphoglycerate transporter family protein  25.94 
 
 
444 aa  115  1e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1367  major facilitator superfamily MFS_1  26.44 
 
 
446 aa  115  1e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5349  phosphoglycerate transporter family protein  25.44 
 
 
444 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3790  phosphoglycerate transporter  23.84 
 
 
446 aa  113  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2484  major facilitator superfamily MFS_1  27.01 
 
 
437 aa  110  4e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.371428  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1562  major facilitator transporter  26.77 
 
 
450 aa  108  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.796996 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>