More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2547 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
289 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  99.31 
 
 
298 aa  573  1e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  97.56 
 
 
298 aa  540  1e-152  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  95.5 
 
 
289 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  85.81 
 
 
299 aa  477  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  82.7 
 
 
293 aa  453  1e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  82.01 
 
 
293 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 
295 aa  262  5e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  42.59 
 
 
302 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  42.22 
 
 
294 aa  216  3e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
287 aa  198  1e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
287 aa  198  1e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
287 aa  197  1e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
287 aa  196  5e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 
291 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  42.91 
 
 
286 aa  189  3e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
283 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 
286 aa  189  6e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 
288 aa  188  9e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 
288 aa  188  9e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 
286 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 
292 aa  184  1e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
294 aa  184  1e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  39.43 
 
 
311 aa  184  2e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  39.43 
 
 
311 aa  184  2e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
288 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
288 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
287 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
286 aa  175  1e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 
295 aa  170  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
289 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
289 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
289 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
289 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 
295 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
304 aa  165  7e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
293 aa  165  7e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
274 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
295 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
316 aa  157  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
305 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 
316 aa  155  9e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 
294 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
305 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
305 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
314 aa  153  3e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 
309 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 
309 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
311 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
311 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
311 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  35.77 
 
 
318 aa  151  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
299 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
290 aa  149  7e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  33.88 
 
 
316 aa  147  1e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
294 aa  146  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 
293 aa  144  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
316 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 
295 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 
295 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 
326 aa  142  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  37.45 
 
 
305 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
318 aa  142  9e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  38.14 
 
 
302 aa  141  1e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
293 aa  141  1e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 
303 aa  140  2e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 
301 aa  140  2e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 
300 aa  140  2e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  41.63 
 
 
302 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  40.25 
 
 
289 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
296 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 
301 aa  137  3e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  33.33 
 
 
302 aa  136  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
313 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  5.47224e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
309 aa  136  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
316 aa  135  7e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  34.75 
 
 
323 aa  135  7e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
304 aa  135  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
297 aa  134  1e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
314 aa  135  1e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
311 aa  133  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 
315 aa  131  1e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  35.09 
 
 
332 aa  130  2e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
311 aa  130  2e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 
308 aa  131  2e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.02 
 
 
314 aa  131  2e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 
325 aa  130  2e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
329 aa  130  2e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 
305 aa  131  2e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
301 aa  130  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  5.02074e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  129  5e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
315 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
318 aa  129  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
314 aa  128  9e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 
308 aa  128  1e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 
298 aa  127  2e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
307 aa  127  2e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
326 aa  127  2e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
310 aa  127  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
296 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>