31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2546 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2546  hypothetical protein  100 
 
 
123 aa  241  2e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  decreased coverage  0.00618755 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3169  hypothetical protein  98.37 
 
 
123 aa  236  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3370  hypothetical protein  87.8 
 
 
123 aa  184  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2217  hypothetical protein  80.83 
 
 
136 aa  151  3e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.409261 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3300  hypothetical protein  65.55 
 
 
128 aa  139  1e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20280  hypothetical protein  64.23 
 
 
121 aa  138  2e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.333652  normal  0.366346 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1243  hypothetical protein  62.5 
 
 
123 aa  134  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.833895  normal  0.479275 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3754  hypothetical protein  62.2 
 
 
126 aa  133  1e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.05576 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35010  hypothetical protein  59.66 
 
 
119 aa  130  7e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381514  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1626  hypothetical protein  58.41 
 
 
125 aa  121  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.341963  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2757  hypothetical protein  54.17 
 
 
134 aa  117  4e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.718868  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4875  hypothetical protein  48.74 
 
 
142 aa  116  1e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.701798 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3110  hypothetical protein  50.45 
 
 
120 aa  115  2e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1743  hypothetical protein  69.61 
 
 
122 aa  115  2e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3285  hypothetical protein  51.26 
 
 
120 aa  107  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2578  hypothetical protein  48.74 
 
 
119 aa  101  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.24522e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1613  hypothetical protein  43.44 
 
 
121 aa  97.1  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.88043e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1113  hypothetical protein  44.92 
 
 
123 aa  93.2  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0429  hypothetical protein  44.55 
 
 
125 aa  82  3e-15  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12081  hypothetical protein  38.1 
 
 
116 aa  73.6  9e-13  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1175  hypothetical protein  38.1 
 
 
128 aa  71.6  3e-12  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0936518  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2134  hypothetical protein  36.07 
 
 
137 aa  69.3  1e-11  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61144  normal  0.708059 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38480  hypothetical protein  33.64 
 
 
132 aa  66.6  1e-10  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3164  hypothetical protein  39.62 
 
 
127 aa  66.6  1e-10  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00413057  normal  0.13869 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6934  hypothetical protein  37.5 
 
 
129 aa  60.8  5e-09  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.772274  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2574  hypothetical protein  34.07 
 
 
138 aa  57.4  6e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0224  hypothetical protein  27.62 
 
 
120 aa  55.8  2e-07  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000354158  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1176  hypothetical protein  38.14 
 
 
151 aa  55.1  3e-07  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0740486  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2166  hypothetical protein  38 
 
 
132 aa  50.4  7e-06  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2022  hypothetical protein  35.48 
 
 
125 aa  48.5  3e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3704  hypothetical protein  32.76 
 
 
146 aa  47.8  5e-05  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.385221 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>